More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Haur_2953 on replicon NC_009972
Organism: Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
549 aa  1124    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  74.54 
 
 
538 aa  833    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  35.65 
 
 
694 aa  279  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  43 
 
 
424 aa  230  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  38.06 
 
 
667 aa  212  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  30.87 
 
 
653 aa  190  7e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  43.36 
 
 
430 aa  186  8e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  31.32 
 
 
655 aa  186  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  41.51 
 
 
428 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  30.98 
 
 
653 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  30.9 
 
 
653 aa  171  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  53.46 
 
 
509 aa  169  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  49.15 
 
 
290 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  40.29 
 
 
562 aa  162  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  38.99 
 
 
323 aa  162  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  47.34 
 
 
428 aa  156  9e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  33.42 
 
 
429 aa  153  8e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  48.15 
 
 
312 aa  151  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  33.13 
 
 
433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.5 
 
 
1051 aa  147  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  40.95 
 
 
295 aa  147  7.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.28 
 
 
1047 aa  144  4e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  47.4 
 
 
357 aa  143  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  52 
 
 
272 aa  140  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  46.84 
 
 
388 aa  139  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  47.14 
 
 
638 aa  136  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  49.66 
 
 
376 aa  136  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  31.03 
 
 
783 aa  133  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  42.33 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  46.21 
 
 
271 aa  131  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  47.62 
 
 
271 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  41.1 
 
 
315 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
971 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  42.33 
 
 
293 aa  126  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  47.69 
 
 
282 aa  126  9e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  46.27 
 
 
284 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  41.72 
 
 
280 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  48.46 
 
 
281 aa  125  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.23 
 
 
1168 aa  125  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  43.33 
 
 
291 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.47 
 
 
1034 aa  124  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  44.27 
 
 
288 aa  123  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  44.85 
 
 
510 aa  123  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1671  anti-sigma-factor antagonist  44.88 
 
 
288 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.128227 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  46.27 
 
 
288 aa  123  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.85 
 
 
1432 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  49.19 
 
 
271 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6567  anti-sigma-factor antagonist  48.48 
 
 
286 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967653  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
3706 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.87 
 
 
1114 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  36.32 
 
 
283 aa  120  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  40.94 
 
 
299 aa  120  7.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  39.62 
 
 
358 aa  119  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  42.25 
 
 
287 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  41.13 
 
 
279 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  44.9 
 
 
559 aa  118  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4858  anti-sigma-factor antagonist  48.31 
 
 
295 aa  117  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  44.09 
 
 
315 aa  117  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  43.38 
 
 
275 aa  117  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  42.25 
 
 
291 aa  117  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  42.75 
 
 
439 aa  117  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  40.22 
 
 
255 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 
951 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  42.42 
 
 
285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  40.56 
 
 
272 aa  116  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  42.14 
 
 
568 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0799  anti-sigma-factor antagonist  41.67 
 
 
286 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224753  hitchhiker  0.00639287 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  42.75 
 
 
288 aa  114  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  45.38 
 
 
285 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 
640 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  43.31 
 
 
284 aa  114  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
1466 aa  114  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.69 
 
 
890 aa  113  9e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2486  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  45.3 
 
 
294 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  37.18 
 
 
445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.18 
 
 
1301 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  45.04 
 
 
252 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3137  anti-sigma-factor antagonist  44.44 
 
 
283 aa  111  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225193  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  40.6 
 
 
689 aa  111  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 
890 aa  111  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  41.54 
 
 
283 aa  110  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  44.85 
 
 
361 aa  110  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  42.76 
 
 
231 aa  110  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  38.85 
 
 
372 aa  110  6e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1316  anti-sigma-factor antagonist  30.12 
 
 
284 aa  110  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.63 
 
 
867 aa  110  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4058  anti-sigma-factor antagonist  48.28 
 
 
370 aa  110  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  28.85 
 
 
286 aa  109  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  40.94 
 
 
286 aa  109  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 
1560 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.03 
 
 
935 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  43.51 
 
 
292 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  42.75 
 
 
291 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  42.22 
 
 
388 aa  107  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.03 
 
 
935 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3859  anti-sigma-factor antagonist  42.97 
 
 
295 aa  107  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.24 
 
 
791 aa  107  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  42.75 
 
 
292 aa  107  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  43.54 
 
 
377 aa  107  8e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4153  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 
425 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.893474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>