More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_2016 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009712  Mboo_2016  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
589 aa  1204    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.115165 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0984  putative PAS/PAC sensor protein  36.84 
 
 
445 aa  169  2e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0111157  normal  0.198492 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1776  signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
535 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2466  putative PAS/PAC sensor protein  25.05 
 
 
558 aa  144  4e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1057  putative PAS/PAC sensor protein  26.62 
 
 
449 aa  139  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0334247  normal  0.158346 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  27.4 
 
 
821 aa  136  9.999999999999999e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2764  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 
593 aa  136  9.999999999999999e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.359165  normal  0.516163 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0782  putative PAS/PAC sensor protein  28.42 
 
 
468 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.102287  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0201  iron dependent repressor  34.01 
 
 
715 aa  130  6e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.132112  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0220  putative PAS/PAC sensor protein  32.48 
 
 
432 aa  128  3e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.22 
 
 
843 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0333  putative PAS/PAC sensor protein  26.72 
 
 
477 aa  117  5e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.522963  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.58 
 
 
1184 aa  117  6e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.656273  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
871 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1398  putative PAS/PAC sensor protein  28.18 
 
 
451 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2234  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.8 
 
 
935 aa  110  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0770  putative PAS/PAC sensor protein  32.2 
 
 
439 aa  105  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0798004  normal  0.2382 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1412  putative PAS/PAC sensor protein  24.55 
 
 
596 aa  105  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144483  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2475  putative PAS/PAC sensor protein  34.5 
 
 
626 aa  104  5e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.732483  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2875  putative PAS/PAC sensor protein  28.96 
 
 
707 aa  103  7e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.510483  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2272  putative PAS/PAC sensor protein  22.78 
 
 
925 aa  103  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2741  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 
490 aa  100  6e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2789  sensory box histidine kinase  30.88 
 
 
770 aa  99.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
489 aa  99.4  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2724  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.07 
 
 
827 aa  97.8  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2656  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
759 aa  96.3  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1250  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.93 
 
 
559 aa  95.5  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.89 
 
 
1134 aa  94  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.74 
 
 
844 aa  93.6  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1421  putative PAS/PAC sensor protein  22.94 
 
 
588 aa  88.6  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0454368  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5112  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.3 
 
 
1252 aa  88.6  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.758591 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5159  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.54 
 
 
750 aa  88.2  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0655785  normal  0.0151156 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 
1439 aa  87.4  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  23.57 
 
 
1065 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0027  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
917 aa  85.9  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 
1168 aa  85.1  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3243  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
784 aa  85.5  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.21 
 
 
828 aa  84.7  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174312  normal  0.520145 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0011  putative PAS/PAC sensor protein  25.93 
 
 
969 aa  84.3  0.000000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161167  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2750  putative PAS/PAC sensor protein  22.54 
 
 
883 aa  82.8  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3035  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
773 aa  83.2  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.2 
 
 
916 aa  83.6  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  22.13 
 
 
1676 aa  82.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  27.99 
 
 
1019 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3792  putative PAS/PAC sensor protein  28.39 
 
 
406 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.200151 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2038  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25 
 
 
524 aa  81.3  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.032498  normal  0.0495143 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.41 
 
 
1177 aa  81.3  0.00000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1101  putative PAS/PAC sensor protein  23.73 
 
 
690 aa  80.9  0.00000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.770779  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0079  signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 
909 aa  80.9  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.29 
 
 
1501 aa  80.5  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 
608 aa  80.5  0.00000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.21 
 
 
1222 aa  79.3  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 
1055 aa  79  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.44 
 
 
1085 aa  79  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.65 
 
 
1140 aa  79  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.5 
 
 
768 aa  78.2  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  31.45 
 
 
1289 aa  77.4  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.39 
 
 
1051 aa  77.4  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.9 
 
 
1051 aa  77  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5176  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  28.17 
 
 
1404 aa  77  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.190634 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  26.54 
 
 
888 aa  77  0.0000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1440  putative PAS/PAC sensor protein  26.97 
 
 
477 aa  76.6  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  24.68 
 
 
637 aa  76.6  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.94 
 
 
1419 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1989  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  22.73 
 
 
1110 aa  76.6  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175442  normal  0.013335 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  23.3 
 
 
1258 aa  75.9  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 
748 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 
1390 aa  75.9  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.16 
 
 
1053 aa  75.1  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3548  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.27 
 
 
1007 aa  75.5  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508984  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  23.49 
 
 
2693 aa  75.1  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  26.36 
 
 
853 aa  75.1  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.92 
 
 
1669 aa  74.7  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3278  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  25.46 
 
 
2468 aa  74.3  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0267066 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.96 
 
 
971 aa  74.3  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1706  putative PAS/PAC sensor protein  23.25 
 
 
605 aa  74.3  0.000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  24.63 
 
 
815 aa  73.9  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2879  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.43 
 
 
819 aa  73.6  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000152143 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1286  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 
859 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.33 
 
 
1007 aa  73.2  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  25.76 
 
 
804 aa  73.2  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  25.39 
 
 
1086 aa  72.8  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.54 
 
 
1262 aa  72.4  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 
1428 aa  72.8  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1071  hypothetical protein  26.21 
 
 
160 aa  72.4  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0728316  normal  0.146966 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2997  putative PAS/PAC sensor protein  30.04 
 
 
423 aa  72.8  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3242  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  24.85 
 
 
880 aa  72.8  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.69 
 
 
1089 aa  72  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1943  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
596 aa  72  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.2 
 
 
1075 aa  72  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.32 
 
 
1191 aa  71.6  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.65 
 
 
1017 aa  71.6  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  23.19 
 
 
1379 aa  71.2  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  26.86 
 
 
433 aa  71.2  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0967  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.54 
 
 
1004 aa  70.9  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1739  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.26 
 
 
841 aa  70.9  0.00000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.165697  normal  0.509542 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1464  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.71 
 
 
663 aa  70.5  0.00000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.27 
 
 
1353 aa  70.5  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  28.51 
 
 
1561 aa  70.5  0.00000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.76 
 
 
1244 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>