More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03296 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03296  twitching motility protein PilU (type IV pili)  100 
 
 		 370 aa  761    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3716  twitching motility protein  80.43 
 
 		 370 aa  622  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3661  twitching motility protein PilU  67.76 
 
 		 375 aa  523  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1234  twitching motility protein  65.75 
 
 		 370 aa  509  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00304221  normal  0.458065 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2475  twitching motility protein PilU  64.93 
 
 		 370 aa  502  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.770515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1139  twitching motility protein  63.56 
 
 		 370 aa  499  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0768436 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1195  twitching motility protein  64.11 
 
 		 370 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0633873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1266  twitching motility protein  64.11 
 
 		 370 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0126026  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3350  twitching motility protein PilU  64.11 
 
 		 370 aa  496  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1340  twitching motility protein  63.84 
 
 		 370 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0289531  hitchhiker  0.0000000718635 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3038  twitching motility protein  63.56 
 
 		 370 aa  494  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000184557  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1334  twitching motility protein  64.11 
 
 		 370 aa  496  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446449 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3181  twitching motility protein  63.56 
 
 		 370 aa  494  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000438946  normal  0.0177066 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1196  twitching motility protein  63.84 
 
 		 370 aa  496  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0761458  normal  0.595068 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2685  twitching motility protein  63.29 
 
 		 370 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2680  twitching motility protein  64.11 
 
 		 370 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.595329  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3023  twitching motility protein  63.29 
 
 		 370 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138917  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1129  twitching motility protein  64.93 
 
 		 370 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0511874  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3639  orotate phosphoribosyl transferase  61.46 
 
 		 380 aa  479  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.472544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0538  twitching motility protein  63.32 
 
 		 373 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0496  twitching motility protein PilU  59.57 
 
 		 387 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4148  twitching motility protein  60.5 
 
 		 381 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05190  twitching motility protein PilU  59.57 
 
 		 382 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0343  twitching motility protein  56.94 
 
 		 385 aa  448  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0292  twitching motility protein  59.15 
 
 		 373 aa  444  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1538  twitching motility protein PilU  59.21 
 
 		 372 aa  444  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03576  hypothetical protein  57.88 
 
 		 368 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4814  twitching motility protein  56.3 
 
 		 378 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2106  twitching motility protein  58.4 
 
 		 378 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01994  twitching motility protein  56.82 
 
 		 376 aa  436  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.460173  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0932  twitching motility protein  56.94 
 
 		 405 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0641529  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0266  putative twitching motility protein PilU  58.59 
 
 		 373 aa  436  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2505  twitching motility protein  57.63 
 
 		 379 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.85199 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002459  type IV pilus (Tfp) assembly protein ATPase component PilU  57.07 
 
 		 368 aa  436  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2917  twitching motility protein  57.34 
 
 		 379 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1111  twitching motility protein  58.99 
 
 		 390 aa  433  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1066  twitching motility protein  57.26 
 
 		 378 aa  432  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360926 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2799  pilus retraction protein PilT  58.24 
 
 		 379 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3762  Pili biogenesis ATPase  56.09 
 
 		 378 aa  425  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0015  twitching motility protein PilU  55.43 
 
 		 368 aa  426  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2917  twitching motility protein  56.32 
 
 		 388 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.183371  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3877  twitching motility protein  55.46 
 
 		 378 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0828189  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1632  twitching motility protein  56.09 
 
 		 378 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0705804 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2681  twitching motility protein  56.3 
 
 		 379 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.197859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0410  twitching motility protein  55.68 
 
 		 378 aa  423  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0635  twitching motility protein  55.74 
 
 		 378 aa  422  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0395  twitching motility protein  56.09 
 
 		 378 aa  423  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2935  twitching motility protein  57.59 
 
 		 381 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0429351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0418  twitching motility protein  55.97 
 
 		 378 aa  424  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2420  pilus retraction protein PilT  56.65 
 
 		 377 aa  420  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0313  twitching motility protein  57.06 
 
 		 372 aa  418  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0545  twitching motility protein PilU, type II/IV secretion system protein  54.35 
 
 		 368 aa  419  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1254  twitching motility protein  55.15 
 
 		 376 aa  418  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1691  twitching motility protein  54.9 
 
 		 378 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3882  pilus retraction protein PilT  59.25 
 
 		 378 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2413  twitching motility protein  54.89 
 
 		 390 aa  414  1e-114  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1842  twitching motility protein  55.84 
 
 		 381 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236681  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3038  type II secretion system protein (twitching motility protein) (PilU)  53.64 
 
 		 371 aa  411  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1222  twitching motility protein  54.32 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3052  twitching motility protein  53.15 
 
 		 385 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.316107  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3704  twitching motility protein  54.25 
 
 		 378 aa  402  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1362  Sodium:galactoside symporter  54.08 
 
 		 397 aa  392  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1361  pilus retraction protein PilT  53.55 
 
 		 390 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.678263  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0442  twitching motility protein  51 
 
 		 376 aa  376  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000650677 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2271  hypothetical protein  50.29 
 
 		 373 aa  375  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2243  hypothetical protein  50.58 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2026  twitching motility protein  53.58 
 
 		 409 aa  375  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.166451 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0265  twitching motility protein PilT  51 
 
 		 376 aa  376  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2906  pilus retraction protein PilT  52.26 
 
 		 389 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.146208 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3033  twitching motility protein  52.41 
 
 		 391 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0402494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0494  type II secretion system protein (twitching motility protein)  50.43 
 
 		 375 aa  362  5.0000000000000005e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0124637  normal  0.766223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03150  Tfp pilus assembly protein  50.28 
 
 		 377 aa  362  5.0000000000000005e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.602648  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0483  twitching motility protein  49.86 
 
 		 375 aa  360  2e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3082  pilus retraction protein PilT  52.05 
 
 		 370 aa  359  5e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.184525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1387  twitching motility protein  49.13 
 
 		 364 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2412  twitching motility protein  49.56 
 
 		 372 aa  350  2e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2916  type II secretion system protein (twitching motility protein)  47.26 
 
 		 402 aa  347  2e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.465688  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2195  twitching motility protein  47.28 
 
 		 390 aa  346  5e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0077  twitching motility protein  48.71 
 
 		 384 aa  344  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2855  type II secretion system protein E  67.08 
 
 		 247 aa  343  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000216889  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1843  twitching motility protein  47.23 
 
 		 387 aa  333  2e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0110864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1725  pilus retraction protein PilT  45.4 
 
 		 395 aa  333  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.544613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4442  twitching motility protein  45.95 
 
 		 376 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3615  twitching motility protein  45.63 
 
 		 389 aa  316  5e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.326241  normal  0.111826 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2718  twitching motility protein  44.19 
 
 		 382 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0507108  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0276  twitching motility protein  44.6 
 
 		 388 aa  309  5e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1891  twitching motility protein  43.75 
 
 		 387 aa  308  9e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2068  twitching motility protein  43.75 
 
 		 387 aa  308  9e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0618461  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1805  hypothetical protein  45.38 
 
 		 392 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00695665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1995  twitching motility protein  43.71 
 
 		 401 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.206221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1811  twitching motility protein  43.47 
 
 		 380 aa  302  6.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.148684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2483  twitching motility protein  43.18 
 
 		 387 aa  301  9e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0708894  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2223  twitching motility protein  45.38 
 
 		 366 aa  298  1e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.659766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2045  twitching motility protein  44 
 
 		 395 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4827  twitching motility protein  40.8 
 
 		 366 aa  294  2e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.465197  normal  0.272437 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0669  twitching motility protein  44.7 
 
 		 358 aa  294  2e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.278448 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1492  twitching motility protein PilT  40.8 
 
 		 365 aa  291  1e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144768  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1391  twitching motility protein  42.82 
 
 		 375 aa  290  4e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.899661  normal  0.0234159 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0758  twitching motility protein  42.21 
 
 		 366 aa  289  6e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0178166 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1631  twitching motility protein  41.4 
 
 		 347 aa  288  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>