More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3877 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1066  twitching motility protein  82.54 
 
 		 378 aa  684    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360926 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0410  twitching motility protein  86.24 
 
 		 378 aa  696    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3762  Pili biogenesis ATPase  81.22 
 
 		 378 aa  660    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3877  twitching motility protein  100 
 
 		 378 aa  780    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0828189  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0395  twitching motility protein  83.86 
 
 		 378 aa  688    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1691  twitching motility protein  80.95 
 
 		 378 aa  661    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0635  twitching motility protein  85.45 
 
 		 378 aa  693    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4814  twitching motility protein  82.01 
 
 		 378 aa  671    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0418  twitching motility protein  86.51 
 
 		 378 aa  696    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1632  twitching motility protein  76.98 
 
 		 378 aa  626  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0705804 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3882  pilus retraction protein PilT  73.28 
 
 		 378 aa  580  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2505  twitching motility protein  68.52 
 
 		 379 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.85199 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2106  twitching motility protein  69.31 
 
 		 378 aa  566  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2681  twitching motility protein  67.99 
 
 		 379 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.197859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2917  twitching motility protein  67.99 
 
 		 379 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2420  pilus retraction protein PilT  70.24 
 
 		 377 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3704  twitching motility protein  69.31 
 
 		 378 aa  557  1e-157  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2799  pilus retraction protein PilT  66.93 
 
 		 379 aa  550  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2935  twitching motility protein  65.87 
 
 		 381 aa  547  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0429351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2917  twitching motility protein  68.48 
 
 		 388 aa  546  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.183371  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1842  twitching motility protein  63.4 
 
 		 381 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236681  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1111  twitching motility protein  63.66 
 
 		 390 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2413  twitching motility protein  61.62 
 
 		 390 aa  493  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0538  twitching motility protein  62.19 
 
 		 373 aa  476  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01994  twitching motility protein  61.37 
 
 		 376 aa  477  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.460173  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4148  twitching motility protein  63.51 
 
 		 381 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0932  twitching motility protein  60.27 
 
 		 405 aa  470  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0641529  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0496  twitching motility protein PilU  61.1 
 
 		 387 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05190  twitching motility protein PilU  60.82 
 
 		 382 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3639  orotate phosphoribosyl transferase  62.96 
 
 		 380 aa  463  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.472544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0292  twitching motility protein  59.89 
 
 		 373 aa  459  9.999999999999999e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0343  twitching motility protein  58.92 
 
 		 385 aa  457  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0266  putative twitching motility protein PilU  58.81 
 
 		 373 aa  449  1e-125  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1538  twitching motility protein PilU  58.5 
 
 		 372 aa  442  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1254  twitching motility protein  54.1 
 
 		 376 aa  434  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0442  twitching motility protein  54.82 
 
 		 376 aa  433  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000650677 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0265  twitching motility protein PilT  54.82 
 
 		 376 aa  433  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1222  twitching motility protein  53.83 
 
 		 376 aa  431  1e-120  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1361  pilus retraction protein PilT  57.38 
 
 		 390 aa  430  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.678263  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1234  twitching motility protein  57.43 
 
 		 370 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00304221  normal  0.458065 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1334  twitching motility protein  57.55 
 
 		 370 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446449 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2475  twitching motility protein PilU  56.73 
 
 		 370 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.770515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03296  twitching motility protein PilU (type IV pili)  55.46 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1129  twitching motility protein  57.43 
 
 		 370 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0511874  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2680  twitching motility protein  55.43 
 
 		 370 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.595329  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1139  twitching motility protein  54.97 
 
 		 370 aa  424  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0768436 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2685  twitching motility protein  56.13 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3661  twitching motility protein PilU  53.69 
 
 		 375 aa  420  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3350  twitching motility protein PilU  54.42 
 
 		 370 aa  419  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3038  twitching motility protein  56.61 
 
 		 370 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000184557  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1195  twitching motility protein  54.42 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0633873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3181  twitching motility protein  56.61 
 
 		 370 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000438946  normal  0.0177066 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1266  twitching motility protein  54.42 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0126026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1340  twitching motility protein  56.32 
 
 		 370 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0289531  hitchhiker  0.0000000718635 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1196  twitching motility protein  54.42 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0761458  normal  0.595068 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3023  twitching motility protein  56.32 
 
 		 370 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138917  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2026  twitching motility protein  57.8 
 
 		 409 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.166451 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3033  twitching motility protein  56.37 
 
 		 391 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0402494  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2906  pilus retraction protein PilT  56.13 
 
 		 389 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.146208 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0313  twitching motility protein  56.57 
 
 		 372 aa  408  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2271  hypothetical protein  52.72 
 
 		 373 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1362  Sodium:galactoside symporter  55.71 
 
 		 397 aa  404  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3052  twitching motility protein  53.3 
 
 		 385 aa  404  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.316107  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0494  type II secretion system protein (twitching motility protein)  56.48 
 
 		 375 aa  401  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0124637  normal  0.766223 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2243  hypothetical protein  52.72 
 
 		 373 aa  401  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0015  twitching motility protein PilU  54.31 
 
 		 368 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3716  twitching motility protein  53.12 
 
 		 370 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0077  twitching motility protein  54.15 
 
 		 384 aa  396  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0545  twitching motility protein PilU, type II/IV secretion system protein  54.02 
 
 		 368 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002459  type IV pilus (Tfp) assembly protein ATPase component PilU  53.09 
 
 		 368 aa  385  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3082  pilus retraction protein PilT  55.26 
 
 		 370 aa  388  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.184525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03576  hypothetical protein  53.63 
 
 		 368 aa  384  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03150  Tfp pilus assembly protein  51.1 
 
 		 377 aa  378  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.602648  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1387  twitching motility protein  49.58 
 
 		 364 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2916  type II secretion system protein (twitching motility protein)  51.3 
 
 		 402 aa  379  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.465688  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3038  type II secretion system protein (twitching motility protein) (PilU)  50 
 
 		 371 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0483  twitching motility protein  50.28 
 
 		 375 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2412  twitching motility protein  50.57 
 
 		 372 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1843  twitching motility protein  47.96 
 
 		 387 aa  360  3e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0110864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1725  pilus retraction protein PilT  50.56 
 
 		 395 aa  355  8.999999999999999e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.544613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4442  twitching motility protein  48.87 
 
 		 376 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2195  twitching motility protein  48.14 
 
 		 390 aa  345  7e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1995  twitching motility protein  47.04 
 
 		 401 aa  331  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.206221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1811  twitching motility protein  47.18 
 
 		 380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.148684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3615  twitching motility protein  48.99 
 
 		 389 aa  327  3e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.326241  normal  0.111826 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2068  twitching motility protein  46.8 
 
 		 387 aa  322  5e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0618461  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1891  twitching motility protein  46.8 
 
 		 387 aa  322  5e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2718  twitching motility protein  46.24 
 
 		 382 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0507108  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0220  twitching motility protein  44.29 
 
 		 383 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2517  twitching motility protein  44.72 
 
 		 404 aa  317  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242978 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2215  twitching motility protein  46.22 
 
 		 368 aa  317  2e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2045  twitching motility protein  48 
 
 		 395 aa  316  3e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2681  twitching motility protein  43.18 
 
 		 368 aa  315  8e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0276  twitching motility protein  47.25 
 
 		 388 aa  313  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0199  pilus retraction protein PilT  43.43 
 
 		 387 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.035098 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2223  twitching motility protein  43.85 
 
 		 366 aa  313  2.9999999999999996e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.659766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2406  twitching motility protein, PilT-like  44.86 
 
 		 388 aa  312  4.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.776095  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0146  twitching motility protein PilT  44.16 
 
 		 386 aa  311  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2483  twitching motility protein  47.83 
 
 		 387 aa  311  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0708894  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1805  hypothetical protein  48.12 
 
 		 392 aa  311  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00695665  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>