More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3639 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0496  twitching motility protein PilU  79.53 
 
 		 387 aa  642    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3639  orotate phosphoribosyl transferase  100 
 
 		 380 aa  783    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.472544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05190  twitching motility protein PilU  79.53 
 
 		 382 aa  642    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4148  twitching motility protein  77.37 
 
 		 381 aa  626  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0538  twitching motility protein  75.07 
 
 		 373 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0343  twitching motility protein  67.37 
 
 		 385 aa  539  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0932  twitching motility protein  66.58 
 
 		 405 aa  535  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0641529  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01994  twitching motility protein  67.39 
 
 		 376 aa  535  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.460173  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0292  twitching motility protein  65.14 
 
 		 373 aa  517  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1538  twitching motility protein PilU  65.05 
 
 		 372 aa  513  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0266  putative twitching motility protein PilU  64.32 
 
 		 373 aa  506  9.999999999999999e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1254  twitching motility protein  60.65 
 
 		 376 aa  487  1e-136  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2917  twitching motility protein  64.76 
 
 		 388 aa  486  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.183371  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1139  twitching motility protein  62.46 
 
 		 370 aa  482  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0768436 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1222  twitching motility protein  60.11 
 
 		 376 aa  481  1e-134  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03296  twitching motility protein PilU (type IV pili)  61.46 
 
 		 370 aa  479  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2475  twitching motility protein PilU  61.8 
 
 		 370 aa  477  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.770515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3350  twitching motility protein PilU  62.11 
 
 		 370 aa  472  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1129  twitching motility protein  62.11 
 
 		 370 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0511874  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2106  twitching motility protein  61.1 
 
 		 378 aa  474  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1234  twitching motility protein  61.54 
 
 		 370 aa  474  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00304221  normal  0.458065 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1195  twitching motility protein  61.82 
 
 		 370 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0633873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1266  twitching motility protein  61.82 
 
 		 370 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0126026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1196  twitching motility protein  61.82 
 
 		 370 aa  471  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0761458  normal  0.595068 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1340  twitching motility protein  61.82 
 
 		 370 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0289531  hitchhiker  0.0000000718635 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3023  twitching motility protein  61.82 
 
 		 370 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138917  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4814  twitching motility protein  61.93 
 
 		 378 aa  468  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3181  twitching motility protein  61.82 
 
 		 370 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000438946  normal  0.0177066 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3038  twitching motility protein  61.82 
 
 		 370 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000184557  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2685  twitching motility protein  61.82 
 
 		 370 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0418  twitching motility protein  62.5 
 
 		 378 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2799  pilus retraction protein PilT  61.8 
 
 		 379 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1334  twitching motility protein  61.47 
 
 		 370 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446449 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0410  twitching motility protein  62.22 
 
 		 378 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0635  twitching motility protein  62.78 
 
 		 378 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2935  twitching motility protein  61.52 
 
 		 381 aa  465  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0429351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2505  twitching motility protein  62.75 
 
 		 379 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.85199 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3762  Pili biogenesis ATPase  61.54 
 
 		 378 aa  464  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2917  twitching motility protein  61.89 
 
 		 379 aa  461  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1842  twitching motility protein  60.54 
 
 		 381 aa  462  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236681  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2420  pilus retraction protein PilT  61.37 
 
 		 377 aa  464  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3877  twitching motility protein  62.96 
 
 		 378 aa  463  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0828189  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2680  twitching motility protein  61.25 
 
 		 370 aa  461  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.595329  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1066  twitching motility protein  61.93 
 
 		 378 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360926 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2681  twitching motility protein  62.18 
 
 		 379 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.197859 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3661  twitching motility protein PilU  60.34 
 
 		 375 aa  460  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0313  twitching motility protein  61.98 
 
 		 372 aa  454  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3882  pilus retraction protein PilT  62.74 
 
 		 378 aa  457  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1691  twitching motility protein  60.23 
 
 		 378 aa  455  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0395  twitching motility protein  61.6 
 
 		 378 aa  456  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2413  twitching motility protein  59.49 
 
 		 390 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3716  twitching motility protein  58.19 
 
 		 370 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3052  twitching motility protein  59.78 
 
 		 385 aa  450  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.316107  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1632  twitching motility protein  60.97 
 
 		 378 aa  449  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0705804 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3704  twitching motility protein  62.36 
 
 		 378 aa  436  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2271  hypothetical protein  54.64 
 
 		 373 aa  424  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1111  twitching motility protein  56.1 
 
 		 390 aa  428  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03576  hypothetical protein  57.43 
 
 		 368 aa  421  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2243  hypothetical protein  54.64 
 
 		 373 aa  423  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3038  type II secretion system protein (twitching motility protein) (PilU)  55.84 
 
 		 371 aa  418  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0015  twitching motility protein PilU  55.56 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0442  twitching motility protein  57.76 
 
 		 376 aa  420  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000650677 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0265  twitching motility protein PilT  57.76 
 
 		 376 aa  420  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002459  type IV pilus (Tfp) assembly protein ATPase component PilU  57.14 
 
 		 368 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1361  pilus retraction protein PilT  55.65 
 
 		 390 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.678263  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0545  twitching motility protein PilU, type II/IV secretion system protein  54.57 
 
 		 368 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1362  Sodium:galactoside symporter  54.65 
 
 		 397 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3082  pilus retraction protein PilT  54.65 
 
 		 370 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.184525  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3033  twitching motility protein  53.46 
 
 		 391 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0402494  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2906  pilus retraction protein PilT  53.46 
 
 		 389 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.146208 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0494  type II secretion system protein (twitching motility protein)  53.85 
 
 		 375 aa  392  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0124637  normal  0.766223 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2026  twitching motility protein  54.13 
 
 		 409 aa  388  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.166451 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03150  Tfp pilus assembly protein  50.53 
 
 		 377 aa  386  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.602648  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0077  twitching motility protein  52.42 
 
 		 384 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2916  type II secretion system protein (twitching motility protein)  48.27 
 
 		 402 aa  375  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.465688  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1387  twitching motility protein  50.14 
 
 		 364 aa  374  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0483  twitching motility protein  49.3 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2412  twitching motility protein  50 
 
 		 372 aa  359  5e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1725  pilus retraction protein PilT  48.2 
 
 		 395 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.544613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2195  twitching motility protein  48 
 
 		 390 aa  353  4e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1843  twitching motility protein  46.33 
 
 		 387 aa  341  1e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0110864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3615  twitching motility protein  48.62 
 
 		 389 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.326241  normal  0.111826 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2855  type II secretion system protein E  70.51 
 
 		 247 aa  332  5e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000216889  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1995  twitching motility protein  46.94 
 
 		 401 aa  332  7.000000000000001e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.206221 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2068  twitching motility protein  47.23 
 
 		 387 aa  330  3e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0618461  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1891  twitching motility protein  47.23 
 
 		 387 aa  330  3e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4442  twitching motility protein  46.67 
 
 		 376 aa  330  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1805  hypothetical protein  49.01 
 
 		 392 aa  326  5e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00695665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1811  twitching motility protein  45.48 
 
 		 380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.148684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2045  twitching motility protein  46.94 
 
 		 395 aa  318  1e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2718  twitching motility protein  46.06 
 
 		 382 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0507108  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2215  twitching motility protein  44.86 
 
 		 368 aa  317  2e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2517  twitching motility protein  46.36 
 
 		 404 aa  316  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242978 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2223  twitching motility protein  45.95 
 
 		 366 aa  315  7e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.659766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0276  twitching motility protein  45.77 
 
 		 388 aa  313  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2681  twitching motility protein  42.9 
 
 		 368 aa  312  7.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2483  twitching motility protein  45.19 
 
 		 387 aa  310  2e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0708894  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1391  twitching motility protein  43.59 
 
 		 375 aa  304  1.0000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.899661  normal  0.0234159 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1632  twitching motility protein  42.09 
 
 		 366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2594  twitching motility protein  42.09 
 
 		 366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>