More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2680 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3350  twitching motility protein PilU  90 
 
 		 370 aa  690    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3038  twitching motility protein  89.73 
 
 		 370 aa  695    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000184557  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1340  twitching motility protein  89.46 
 
 		 370 aa  694    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0289531  hitchhiker  0.0000000718635 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1334  twitching motility protein  88.92 
 
 		 370 aa  684    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446449 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3181  twitching motility protein  89.73 
 
 		 370 aa  695    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000438946  normal  0.0177066 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1139  twitching motility protein  88.11 
 
 		 370 aa  684    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0768436 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3023  twitching motility protein  89.46 
 
 		 370 aa  694    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138917  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2680  twitching motility protein  100 
 
 		 370 aa  761    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.595329  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1234  twitching motility protein  89.19 
 
 		 370 aa  689    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00304221  normal  0.458065 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1129  twitching motility protein  88.92 
 
 		 370 aa  678    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0511874  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2685  twitching motility protein  89.73 
 
 		 370 aa  691    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2475  twitching motility protein PilU  88.38 
 
 		 370 aa  685    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.770515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1195  twitching motility protein  89.73 
 
 		 370 aa  689    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0633873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1266  twitching motility protein  89.73 
 
 		 370 aa  689    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0126026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1196  twitching motility protein  89.73 
 
 		 370 aa  689    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0761458  normal  0.595068 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3661  twitching motility protein PilU  66.85 
 
 		 375 aa  510  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0538  twitching motility protein  63.84 
 
 		 373 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03296  twitching motility protein PilU (type IV pili)  64.11 
 
 		 370 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3716  twitching motility protein  61.89 
 
 		 370 aa  484  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4148  twitching motility protein  60.94 
 
 		 381 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0496  twitching motility protein PilU  61.54 
 
 		 387 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3639  orotate phosphoribosyl transferase  61.25 
 
 		 380 aa  461  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.472544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05190  twitching motility protein PilU  59.03 
 
 		 382 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0015  twitching motility protein PilU  58.11 
 
 		 368 aa  455  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1538  twitching motility protein PilU  61.82 
 
 		 372 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2420  pilus retraction protein PilT  58.33 
 
 		 377 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2917  twitching motility protein  58.33 
 
 		 388 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.183371  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0343  twitching motility protein  60.11 
 
 		 385 aa  452  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002459  type IV pilus (Tfp) assembly protein ATPase component PilU  58.11 
 
 		 368 aa  450  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2505  twitching motility protein  57.94 
 
 		 379 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.85199 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2106  twitching motility protein  58.13 
 
 		 378 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0932  twitching motility protein  57.95 
 
 		 405 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0641529  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2917  twitching motility protein  57.94 
 
 		 379 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2799  pilus retraction protein PilT  57.94 
 
 		 379 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0292  twitching motility protein  56.99 
 
 		 373 aa  443  1e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2935  twitching motility protein  59.48 
 
 		 381 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0429351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03576  hypothetical protein  57.22 
 
 		 368 aa  444  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2855  type II secretion system protein E  88.75 
 
 		 247 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000216889  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2681  twitching motility protein  57.38 
 
 		 379 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.197859 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0545  twitching motility protein PilU, type II/IV secretion system protein  56.49 
 
 		 368 aa  439  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1111  twitching motility protein  58.15 
 
 		 390 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01994  twitching motility protein  56.3 
 
 		 376 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.460173  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0266  putative twitching motility protein PilU  55.65 
 
 		 373 aa  429  1e-119  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0313  twitching motility protein  57.57 
 
 		 372 aa  428  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4814  twitching motility protein  56.55 
 
 		 378 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3762  Pili biogenesis ATPase  57.1 
 
 		 378 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2413  twitching motility protein  55.49 
 
 		 390 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3882  pilus retraction protein PilT  58.33 
 
 		 378 aa  424  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0395  twitching motility protein  56.55 
 
 		 378 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1066  twitching motility protein  57.51 
 
 		 378 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360926 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0635  twitching motility protein  55.43 
 
 		 378 aa  423  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3877  twitching motility protein  55.43 
 
 		 378 aa  423  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0828189  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0410  twitching motility protein  55.43 
 
 		 378 aa  423  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1842  twitching motility protein  56.82 
 
 		 381 aa  422  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236681  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0418  twitching motility protein  55.71 
 
 		 378 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1632  twitching motility protein  56.27 
 
 		 378 aa  418  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0705804 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1254  twitching motility protein  54.74 
 
 		 376 aa  416  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1691  twitching motility protein  54.87 
 
 		 378 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3038  type II secretion system protein (twitching motility protein) (PilU)  55.12 
 
 		 371 aa  414  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1222  twitching motility protein  55.24 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0442  twitching motility protein  54.2 
 
 		 376 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000650677 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0265  twitching motility protein PilT  54.2 
 
 		 376 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3052  twitching motility protein  53.85 
 
 		 385 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.316107  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2271  hypothetical protein  51.28 
 
 		 373 aa  388  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2243  hypothetical protein  51.28 
 
 		 373 aa  388  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2906  pilus retraction protein PilT  53.33 
 
 		 389 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.146208 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2026  twitching motility protein  54.99 
 
 		 409 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.166451 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1361  pilus retraction protein PilT  54.32 
 
 		 390 aa  381  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.678263  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3704  twitching motility protein  52.65 
 
 		 378 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1362  Sodium:galactoside symporter  54.34 
 
 		 397 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3033  twitching motility protein  52.91 
 
 		 391 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0402494  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3082  pilus retraction protein PilT  53.78 
 
 		 370 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.184525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03150  Tfp pilus assembly protein  49.3 
 
 		 377 aa  366  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.602648  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2916  type II secretion system protein (twitching motility protein)  49.57 
 
 		 402 aa  360  2e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.465688  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0077  twitching motility protein  50.29 
 
 		 384 aa  359  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2412  twitching motility protein  48.99 
 
 		 372 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0483  twitching motility protein  48.18 
 
 		 375 aa  353  2e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1387  twitching motility protein  48.32 
 
 		 364 aa  353  4e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0494  type II secretion system protein (twitching motility protein)  48.66 
 
 		 375 aa  348  1e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0124637  normal  0.766223 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2195  twitching motility protein  46.38 
 
 		 390 aa  340  2e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1843  twitching motility protein  48.39 
 
 		 387 aa  339  4e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0110864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1725  pilus retraction protein PilT  45.25 
 
 		 395 aa  320  3e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.544613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4442  twitching motility protein  44.48 
 
 		 376 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3615  twitching motility protein  45.85 
 
 		 389 aa  312  5.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.326241  normal  0.111826 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0146  twitching motility protein PilT  45.17 
 
 		 386 aa  310  2e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4827  twitching motility protein  44.1 
 
 		 366 aa  310  2.9999999999999997e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.465197  normal  0.272437 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1995  twitching motility protein  43.79 
 
 		 401 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.206221 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0199  pilus retraction protein PilT  44.32 
 
 		 387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.035098 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1805  hypothetical protein  46.35 
 
 		 392 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00695665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0669  twitching motility protein  45.95 
 
 		 358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.278448 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0220  twitching motility protein  44.89 
 
 		 383 aa  306  3e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2718  twitching motility protein  44.54 
 
 		 382 aa  306  4.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0507108  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2223  twitching motility protein  44.51 
 
 		 366 aa  305  7e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.659766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0276  twitching motility protein  44.99 
 
 		 388 aa  305  7e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2068  twitching motility protein  44.13 
 
 		 387 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0618461  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1891  twitching motility protein  44.13 
 
 		 387 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1811  twitching motility protein  43.43 
 
 		 380 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.148684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2215  twitching motility protein  43.9 
 
 		 368 aa  302  7.000000000000001e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1505  twitching motility protein  42.12 
 
 		 349 aa  299  5e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.831858  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2045  twitching motility protein  43.84 
 
 		 395 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>