More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2930 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2930  type IV pilus assembly protein  100 
 
 		 149 aa  296  9e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  38.4 
 
 		 134 aa  90.9  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  41.41 
 
 		 140 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.56 
 
 		 141 aa  84.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.96 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  40.65 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  39.84 
 
 		 144 aa  80.1  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  34.43 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  34.43 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  30.61 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  30.61 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  36.61 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  30.46 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  35.33 
 
 		 161 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  35.65 
 
 		 164 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  31.2 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  31.17 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  28.08 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  32.64 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  32.92 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  30.71 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  31.5 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  35.67 
 
 		 164 aa  67.4  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  33.56 
 
 		 140 aa  67  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  35.34 
 
 		 130 aa  67  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.67 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  33.56 
 
 		 141 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  39.32 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  35.59 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  33.56 
 
 		 153 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  36.6 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  47.69 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  48.44 
 
 		 169 aa  62  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 152 aa  62  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  34.65 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  26.97 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  36.75 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  33.05 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  51.72 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.76 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  33.1 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  36.7 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  33.1 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  35.65 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  35.25 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  34.97 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0345  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  31.09 
 
 		 156 aa  57.4  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000996245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  34.25 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2557  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  35.37 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  33.1 
 
 		 146 aa  57  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0093  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.04 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0563183 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  31.54 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  32.17 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  43.28 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  32.54 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  32.54 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  33.55 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20891  pilin  29.01 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  32.88 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  30.61 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  31.15 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  33.02 
 
 		 163 aa  53.9  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  31.86 
 
 		 155 aa  53.9  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  27.56 
 
 		 147 aa  53.5  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0349  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.64 
 
 		 179 aa  53.5  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000875622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3584  fimbrial protein PilA  30 
 
 		 176 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2522  pilin  30 
 
 		 176 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  30.33 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0376  hypothetical protein  42.86 
 
 		 174 aa  52.8  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000272235  hitchhiker  0.0000000000782624 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.15 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  39.62 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2941  fimbrial biogenesis protein  39.19 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.639478 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  28.07 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  30.09 
 
 		 147 aa  51.6  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  42.86 
 
 		 126 aa  51.6  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  31.13 
 
 		 163 aa  51.6  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  33.79 
 
 		 167 aa  51.6  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0148  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.74 
 
 		 174 aa  51.6  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.11 
 
 		 141 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1436  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.68 
 
 		 171 aa  51.6  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  34.26 
 
 		 138 aa  51.2  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0449  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.68 
 
 		 167 aa  51.6  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000146857  hitchhiker  0.0000000193676 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0692  hypothetical protein  40 
 
 		 548 aa  51.2  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.0000000140435  unclonable  7.26108e-19 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  39.13 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  29.29 
 
 		 147 aa  50.8  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  40 
 
 		 154 aa  50.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  40 
 
 		 154 aa  50.8  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0265  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.62 
 
 		 166 aa  50.8  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.319115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1097  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  28.4 
 
 		 151 aa  50.8  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.282151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3370  putative major pilin subunit  40 
 
 		 154 aa  50.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.981789  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  27.19 
 
 		 142 aa  50.4  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36 
 
 		 165 aa  50.8  0.000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1422  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.25 
 
 		 169 aa  50.8  0.000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.1 
 
 		 158 aa  50.4  0.000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  32.22 
 
 		 141 aa  50.4  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  33.57 
 
 		 139 aa  50.1  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  26.32 
 
 		 154 aa  50.4  0.000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  38.18 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0059  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.33 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.230525 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.74 
 
 		 193 aa  49.7  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>