280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2557 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2557  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  100 
 
 		 145 aa  290  4e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.89 
 
 		 170 aa  92.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  37.93 
 
 		 130 aa  90.9  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  37.3 
 
 		 141 aa  85.1  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  38.36 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  40.43 
 
 		 130 aa  83.6  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  37.68 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  36.88 
 
 		 133 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  36.5 
 
 		 130 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  36.18 
 
 		 147 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  40 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  35.2 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  35.2 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  33.1 
 
 		 144 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  35.21 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  32.93 
 
 		 153 aa  75.1  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  32.41 
 
 		 144 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  36.17 
 
 		 141 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.41 
 
 		 150 aa  73.9  0.0000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.75 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.04 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.33 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  34.92 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  35 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.33 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  33.57 
 
 		 146 aa  70.5  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  32.85 
 
 		 145 aa  70.5  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  26.83 
 
 		 164 aa  69.7  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  33.76 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  32.41 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  34.31 
 
 		 152 aa  68.6  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  29.93 
 
 		 149 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  29.93 
 
 		 149 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  33.1 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  32.88 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  32.88 
 
 		 140 aa  67  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  30.13 
 
 		 169 aa  67  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  29.19 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  34.27 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  34.27 
 
 		 151 aa  66.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  28.03 
 
 		 159 aa  65.5  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  29.8 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  35.92 
 
 		 167 aa  65.5  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  27.94 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  33.78 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  28.08 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  37.41 
 
 		 148 aa  64.7  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  34.42 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  33.83 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  36.43 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  30.5 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  33.82 
 
 		 122 aa  62  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  30.88 
 
 		 164 aa  60.5  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  35 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.25 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  27.15 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  36.36 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  31.69 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.71 
 
 		 152 aa  57  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  31.65 
 
 		 131 aa  57  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  34.4 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  28.57 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0933  hypothetical protein  31.11 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0960  hypothetical protein  31.11 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.63 
 
 		 157 aa  57  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1097  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.24 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.282151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  33.96 
 
 		 164 aa  55.5  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.96 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.11 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.56 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  43.1 
 
 		 164 aa  53.9  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  28.57 
 
 		 163 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.94 
 
 		 156 aa  53.5  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0204  type IV pilus assembly protein PilE  39.71 
 
 		 155 aa  53.5  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.71 
 
 		 161 aa  53.1  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  37.6 
 
 		 132 aa  53.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0612  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.18 
 
 		 161 aa  53.5  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0186796 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.46 
 
 		 175 aa  53.5  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  33.78 
 
 		 148 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0571  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  29.85 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  34.01 
 
 		 141 aa  51.6  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0345  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.24 
 
 		 156 aa  52  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000996245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1387  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.16 
 
 		 175 aa  52  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.29 
 
 		 158 aa  51.2  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1422  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.93 
 
 		 169 aa  51.2  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  35.62 
 
 		 138 aa  50.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1371  hypothetical protein  35.71 
 
 		 174 aa  50.8  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  28.21 
 
 		 142 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  26.95 
 
 		 129 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0093  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.38 
 
 		 169 aa  50.4  0.000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0563183 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  24.67 
 
 		 142 aa  50.1  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0717  putative type-4 frimbrial pilin-related signal peptide protein  27.2 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.57248 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0383  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.92 
 
 		 168 aa  49.7  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000492385 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  28.77 
 
 		 168 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0345  general secretion pathway protein H  32.94 
 
 		 176 aa  49.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177644  normal  0.0749297 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0800  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.68 
 
 		 167 aa  49.3  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.346386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1096  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  50 
 
 		 157 aa  48.9  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.292656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0265  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.24 
 
 		 166 aa  49.3  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.319115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  29.5 
 
 		 126 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0534  hypothetical protein  39.34 
 
 		 140 aa  48.5  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>