More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3498 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  100 
 
 
154 aa  317  3e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3370  putative major pilin subunit  100 
 
 
154 aa  317  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.981789  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  100 
 
 
154 aa  317  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0114  putative major pilin subunit  57.45 
 
 
146 aa  177  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00878541  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00107  predicted major pilin subunit  56.74 
 
 
146 aa  176  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3494  putative major pilin subunit  56.74 
 
 
146 aa  176  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3551  putative major pilin subunit  56.74 
 
 
146 aa  176  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00106  hypothetical protein  56.74 
 
 
146 aa  176  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0110  putative major pilin subunit  56.74 
 
 
146 aa  176  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000976692  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0111  putative major pilin subunit  56.03 
 
 
146 aa  174  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273778  normal  0.482641 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  55.71 
 
 
145 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  55 
 
 
145 aa  167  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  55 
 
 
145 aa  167  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  55 
 
 
145 aa  167  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  55 
 
 
145 aa  166  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0778  putative major pilin subunit  58.16 
 
 
149 aa  165  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0652  putative major pilin subunit  52.48 
 
 
145 aa  162  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  51.35 
 
 
148 aa  159  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  53.47 
 
 
147 aa  157  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0666  putative major pilin subunit  50 
 
 
147 aa  151  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3762  putative major pilin subunit  52.41 
 
 
148 aa  141  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  42.19 
 
 
152 aa  111  4.0000000000000004e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  35.29 
 
 
139 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  43.37 
 
 
142 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  33.99 
 
 
157 aa  72  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0248  type IV-A pilin protein PilA  37.9 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1950  type 4 major prepilin protein  37.9 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  34.65 
 
 
147 aa  67  0.00000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  41.54 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3604  methylation site containing protein  45.68 
 
 
150 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0981563  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  41.27 
 
 
148 aa  63.9  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  52.83 
 
 
148 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  47.27 
 
 
160 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  35.26 
 
 
168 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  30.99 
 
 
136 aa  60.1  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  42.19 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  35.81 
 
 
138 aa  59.3  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  43.28 
 
 
153 aa  58.2  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0548  hypothetical protein  36.59 
 
 
169 aa  58.2  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  40.91 
 
 
164 aa  58.2  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  32.41 
 
 
170 aa  57.8  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  33.33 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  30.71 
 
 
138 aa  55.8  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  33 
 
 
165 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0926  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  34.18 
 
 
171 aa  55.5  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000619994  hitchhiker  8.71814e-18 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  47.73 
 
 
169 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  32.65 
 
 
168 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1890  hypothetical protein  40.16 
 
 
136 aa  54.7  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  37.11 
 
 
162 aa  54.7  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  30.63 
 
 
162 aa  53.9  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1143  fimbrillin  46.15 
 
 
180 aa  53.9  0.0000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  35.78 
 
 
179 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  37.84 
 
 
196 aa  53.9  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  51.16 
 
 
174 aa  53.9  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  34.44 
 
 
178 aa  53.5  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  39.24 
 
 
179 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  56.1 
 
 
169 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  48 
 
 
151 aa  53.9  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  40.62 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  48.94 
 
 
166 aa  53.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  37.66 
 
 
111 aa  53.5  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  51.16 
 
 
188 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0638  fimbrillin  48.08 
 
 
177 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.37134  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  61.76 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  60 
 
 
169 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2019  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  63.16 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  52.38 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1524  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  29.17 
 
 
159 aa  52.4  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584644  unclonable  2.6975300000000003e-19 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  33.8 
 
 
168 aa  52.4  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0896  fimbrillin  44.23 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  55.56 
 
 
166 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0533  general secretion pathway protein H  34.38 
 
 
161 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  50 
 
 
163 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  45.45 
 
 
160 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03231  type IV pilin  32.64 
 
 
141 aa  52  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0578635  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  50 
 
 
174 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  43.1 
 
 
141 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  45.76 
 
 
169 aa  51.6  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  35.8 
 
 
164 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.11 
 
 
157 aa  51.6  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  53.85 
 
 
167 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  37.5 
 
 
182 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  41.18 
 
 
179 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  42.31 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  33.33 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1879  hypothetical protein  35.9 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  46.15 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  30.65 
 
 
147 aa  50.8  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04886  pilin  33.06 
 
 
141 aa  50.8  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.969324  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0370  prepilin-type cleavage/methylation  42.65 
 
 
157 aa  50.8  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000439379  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  36.67 
 
 
198 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  43.64 
 
 
161 aa  50.4  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  57.14 
 
 
146 aa  50.4  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  42 
 
 
131 aa  50.4  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  42 
 
 
131 aa  50.4  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1230  hypothetical protein  43.94 
 
 
178 aa  50.4  0.000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  36.67 
 
 
198 aa  50.4  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  36.67 
 
 
198 aa  50.4  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  52.63 
 
 
141 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  40.38 
 
 
165 aa  50.1  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0934015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>