More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3170 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  100 
 
 		 155 aa  321  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03022  general secretion pathway protein H  54.05 
 
 		 154 aa  146  8e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  44.81 
 
 		 164 aa  121  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  44 
 
 		 152 aa  95.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  35.48 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  43.66 
 
 		 151 aa  67  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  43.66 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  47.46 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  32.9 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  32.76 
 
 		 159 aa  65.5  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  32.88 
 
 		 144 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.26 
 
 		 170 aa  65.1  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  32.19 
 
 		 144 aa  64.7  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  39.1 
 
 		 150 aa  64.3  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  46.15 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  47.46 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  34.19 
 
 		 145 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  43.28 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  43.28 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  28.76 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  35.87 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  36.96 
 
 		 130 aa  60.5  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  38.96 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.62 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  50 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  50.85 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  43.75 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  34.86 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  42.65 
 
 		 164 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  33.03 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  33.03 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  48.28 
 
 		 164 aa  58.2  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  38.67 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  54.24 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  41.89 
 
 		 160 aa  57.4  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  36.84 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  34.78 
 
 		 130 aa  57  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  46.77 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  44.62 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  33.02 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  48.28 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  45.76 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01136  Tfp pilus assembly protein PilE  29.25 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  32.48 
 
 		 148 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  45.76 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  31.62 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  45.76 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  45.76 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.63 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  39.44 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  33.57 
 
 		 141 aa  53.9  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  42.86 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  42.03 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  42.03 
 
 		 149 aa  53.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  28.17 
 
 		 129 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  59.52 
 
 		 167 aa  53.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  36.11 
 
 		 168 aa  52.4  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  29.58 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  46.15 
 
 		 122 aa  52  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  36.79 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24020  general secretion pathway protein G  26.72 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0239  pilus assembly protein PilE  45.16 
 
 		 145 aa  51.6  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.179125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  29.58 
 
 		 129 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  45.28 
 
 		 138 aa  51.6  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2032  general secretion pathway protein G  28.42 
 
 		 142 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2024  hypothetical protein  31.03 
 
 		 173 aa  50.8  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.833436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0268  putative pilin protein PilE  45.76 
 
 		 157 aa  51.2  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.405094  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  33.8 
 
 		 149 aa  50.8  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  49.09 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  37.5 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  28.57 
 
 		 129 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  31.03 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  50 
 
 		 167 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  40.58 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1495  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  26.81 
 
 		 167 aa  49.7  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.70798  normal  0.112729 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  34.92 
 
 		 147 aa  49.7  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  40.74 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  42.37 
 
 		 142 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  58.82 
 
 		 173 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  38.98 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  42.62 
 
 		 182 aa  48.9  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  52.63 
 
 		 179 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2019  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.71 
 
 		 130 aa  48.9  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  31.4 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  66.67 
 
 		 142 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  48.78 
 
 		 137 aa  48.5  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  46.67 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2686  pilus assembly protein PilE  31.43 
 
 		 158 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.516424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  35.96 
 
 		 146 aa  48.1  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  57.58 
 
 		 147 aa  47.8  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  60.61 
 
 		 146 aa  48.1  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  60.61 
 
 		 178 aa  48.1  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  37.25 
 
 		 153 aa  48.1  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  45.45 
 
 		 131 aa  47.8  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  57.58 
 
 		 169 aa  47.4  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  57.58 
 
 		 170 aa  47.8  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  39.44 
 
 		 174 aa  47.8  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  41.82 
 
 		 148 aa  47.4  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  32.73 
 
 		 140 aa  47.4  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  33.67 
 
 		 151 aa  47.4  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>