More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_15760 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  100 
 
 
401 aa  775    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.64 
 
 
450 aa  296  4e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  44.91 
 
 
455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  47.12 
 
 
399 aa  279  8e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  45.04 
 
 
428 aa  277  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.89 
 
 
387 aa  271  2e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  45.5 
 
 
405 aa  266  4e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.35 
 
 
449 aa  265  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.71 
 
 
407 aa  260  4e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  46.38 
 
 
412 aa  259  4e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  44.29 
 
 
415 aa  256  5e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  42.82 
 
 
419 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  47.03 
 
 
417 aa  251  1e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  42.38 
 
 
442 aa  250  3e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.03 
 
 
411 aa  250  4e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  41.4 
 
 
413 aa  248  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.88 
 
 
440 aa  241  1e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  41.54 
 
 
397 aa  231  2e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.72 
 
 
420 aa  229  6e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  40.94 
 
 
433 aa  222  7e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  41.52 
 
 
488 aa  222  9.999999999999999e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.18 
 
 
465 aa  219  5e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  37.64 
 
 
453 aa  210  4e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.05 
 
 
447 aa  205  1e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.98 
 
 
430 aa  199  7e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  37.97 
 
 
405 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  39.51 
 
 
404 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  39.51 
 
 
404 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  39.51 
 
 
404 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  33.64 
 
 
422 aa  192  7e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  34.63 
 
 
490 aa  192  1e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  35.75 
 
 
440 aa  182  1e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  31.56 
 
 
471 aa  177  3e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  37.37 
 
 
402 aa  171  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  58.6 
 
 
517 aa  171  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  26.97 
 
 
435 aa  169  8e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  36.87 
 
 
395 aa  166  8e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  26.86 
 
 
446 aa  163  6e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  25.57 
 
 
419 aa  155  2e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.41 
 
 
444 aa  144  4e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  28.11 
 
 
419 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  29.8 
 
 
407 aa  140  3e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  28.64 
 
 
405 aa  139  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  29.68 
 
 
397 aa  139  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.1 
 
 
392 aa  139  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4218  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.86 
 
 
461 aa  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.076322  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1216  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.1 
 
 
452 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374519  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1898  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.79 
 
 
443 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.75216  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4063  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.11 
 
 
452 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.395804  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  29.07 
 
 
441 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.54 
 
 
449 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1655  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.87 
 
 
452 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.200595  normal  0.381128 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  31.29 
 
 
436 aa  133  5e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1755  (Uracil-5)-methyltransferase  32.27 
 
 
391 aa  133  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.38216 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37070  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.02 
 
 
454 aa  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.584008  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0970  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.91 
 
 
432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.28 
 
 
439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.58 
 
 
449 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1256  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.33 
 
 
452 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00437734 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0590  RNA methyltransferase, TrmA family  32.21 
 
 
452 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.121199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52190  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.87 
 
 
450 aa  130  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.159289 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0451  (Uracil-5)-methyltransferase  19.66 
 
 
397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.222179  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.59 
 
 
439 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.97 
 
 
463 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  29.3 
 
 
446 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  30.07 
 
 
438 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.97 
 
 
463 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1734  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.15 
 
 
450 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.203726  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  26.77 
 
 
439 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1637  RNA methyltransferase  33.94 
 
 
475 aa  126  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4577  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.18 
 
 
452 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.25 
 
 
443 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1252  RNA methyltransferase  28.01 
 
 
440 aa  126  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113803  normal  0.599775 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  28.09 
 
 
438 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  29.53 
 
 
437 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2194  RNA methyltransferase  28.19 
 
 
407 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0028  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.8 
 
 
434 aa  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  30.65 
 
 
438 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1835  23S rRNA methyltransferase/RumA  28.03 
 
 
440 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0118794  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.23 
 
 
450 aa  124  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3004  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.85 
 
 
441 aa  124  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202299  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  25.99 
 
 
453 aa  122  8e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1610  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  30.81 
 
 
389 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0247661  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  20.43 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.5 
 
 
449 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.73 
 
 
445 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  24 
 
 
455 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  30.96 
 
 
443 aa  120  3e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0344  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.88 
 
 
512 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.660641  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  25.56 
 
 
458 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2619  RNA methyltransferase  23.67 
 
 
404 aa  120  4.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  28.82 
 
 
468 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.01 
 
 
450 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.79 
 
 
450 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  24 
 
 
455 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  24.83 
 
 
454 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  25.22 
 
 
458 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  25.22 
 
 
458 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.34 
 
 
444 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  24.61 
 
 
458 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>