More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2058 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  92.68 
 
 
438 aa  790    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  100 
 
 
438 aa  875    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  51.61 
 
 
439 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  52.51 
 
 
438 aa  442  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1835  23S rRNA methyltransferase/RumA  50.68 
 
 
440 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0118794  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  46.76 
 
 
437 aa  368  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  43.02 
 
 
446 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  42.49 
 
 
434 aa  312  7.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  35.57 
 
 
436 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  33.49 
 
 
439 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3618  RNA methyltransferase  32.25 
 
 
424 aa  230  3e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.22847  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  34.02 
 
 
419 aa  229  7e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.56 
 
 
439 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  34.95 
 
 
457 aa  226  7e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  32.37 
 
 
453 aa  226  8e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  35.65 
 
 
471 aa  223  4e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  31.75 
 
 
419 aa  223  7e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  35.14 
 
 
466 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1480  RNA methyltransferase, TrmA family  34.86 
 
 
442 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  31.25 
 
 
458 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.34 
 
 
439 aa  219  5e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  31.25 
 
 
454 aa  219  5e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  31.4 
 
 
458 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  34.39 
 
 
473 aa  218  1e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  31.03 
 
 
458 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  31.25 
 
 
454 aa  219  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1095  RNA methyltransferase  32.54 
 
 
465 aa  218  2e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.31205 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1102  RNA methyltransferase, TrmA family  35.62 
 
 
446 aa  218  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  31.25 
 
 
458 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  30.67 
 
 
460 aa  217  4e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2923  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.24 
 
 
433 aa  216  5e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164007  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  33.49 
 
 
405 aa  216  7e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  31.03 
 
 
458 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  31.03 
 
 
458 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  31.42 
 
 
453 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  31.17 
 
 
458 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  33.26 
 
 
489 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0927  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.09 
 
 
433 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000132702  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3089  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.09 
 
 
433 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000243199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0903  RNA methyltransferase, TrmA family  34.86 
 
 
433 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000019395  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2929  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.86 
 
 
433 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000010107  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  31.03 
 
 
458 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  31.03 
 
 
458 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  33.26 
 
 
441 aa  213  3.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  34.85 
 
 
446 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  36.05 
 
 
445 aa  213  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  33.56 
 
 
468 aa  213  7e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  33.18 
 
 
455 aa  213  7e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.61 
 
 
443 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.51 
 
 
444 aa  212  9e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  31.47 
 
 
460 aa  212  1e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1572  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.64 
 
 
444 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3237  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.27 
 
 
431 aa  211  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0193521  normal  0.0341148 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  33.72 
 
 
457 aa  209  5e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3163  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.88 
 
 
431 aa  210  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0558904  normal  0.0471726 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.42 
 
 
440 aa  210  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3088  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.4 
 
 
433 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4045  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.63 
 
 
433 aa  209  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000364507  normal  0.378409 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3179  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.12 
 
 
431 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0330224  normal  0.448815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.22 
 
 
449 aa  209  7e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3098  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.65 
 
 
431 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000185167  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3277  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.88 
 
 
431 aa  209  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0400124  normal  0.0635589 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3116  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.12 
 
 
431 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0559824  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0848  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.48 
 
 
442 aa  208  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000210259  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.32 
 
 
449 aa  209  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02630  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  34.63 
 
 
433 aa  208  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00985329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3696  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.27 
 
 
451 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.116143  hitchhiker  0.00123497 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02592  hypothetical protein  34.63 
 
 
433 aa  208  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00971306  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  31.24 
 
 
459 aa  208  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2519  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.98 
 
 
438 aa  207  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163711  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2194  RNA methyltransferase  32.35 
 
 
407 aa  207  3e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1693  RNA methyltransferase, TrmA family  34.94 
 
 
451 aa  207  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1412  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.18 
 
 
444 aa  207  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  31.22 
 
 
454 aa  207  4e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.26 
 
 
443 aa  207  4e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  32.86 
 
 
397 aa  206  5e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.57 
 
 
442 aa  206  9e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  30.11 
 
 
454 aa  205  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0801  23S rRNA methyltransferase/RumA  32.28 
 
 
447 aa  205  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  36.34 
 
 
461 aa  205  1e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2500  RNA methyltransferase  30.41 
 
 
470 aa  205  1e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2971  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.24 
 
 
444 aa  205  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.422086  hitchhiker  0.0000745246 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1628  RNA methyltransferase, TrmA family  31.35 
 
 
415 aa  205  2e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.03 
 
 
463 aa  205  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  30.79 
 
 
488 aa  205  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.79 
 
 
449 aa  204  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2216  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.33 
 
 
439 aa  203  4e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00316265  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.95 
 
 
459 aa  203  5e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.65 
 
 
444 aa  203  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.03 
 
 
449 aa  203  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0970  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  34.53 
 
 
432 aa  203  6e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3004  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  36.32 
 
 
441 aa  203  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202299  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.18 
 
 
459 aa  202  7e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  30.18 
 
 
459 aa  202  7e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  30.18 
 
 
459 aa  202  7e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.18 
 
 
459 aa  202  7e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.8 
 
 
463 aa  202  7e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  29.95 
 
 
459 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  31.17 
 
 
446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.48 
 
 
487 aa  201  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>