More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1835 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1835  23S rRNA methyltransferase/RumA  100 
 
 		 440 aa  897    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0118794  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  61.5 
 
 		 438 aa  555  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  50.92 
 
 		 439 aa  477  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  49.54 
 
 		 438 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  50.23 
 
 		 438 aa  409  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  44.95 
 
 		 446 aa  409  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  45.14 
 
 		 437 aa  376  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  40 
 
 		 434 aa  298  9e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3618  RNA methyltransferase  32.26 
 
 		 424 aa  247  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.22847  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  33.55 
 
 		 453 aa  246  8e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  34.16 
 
 		 436 aa  244  3e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3004  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  35.47 
 
 		 441 aa  240  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202299  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1572  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.54 
 
 		 444 aa  237  4e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  31.76 
 
 		 457 aa  236  4e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  34.07 
 
 		 468 aa  236  4e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  31.63 
 
 		 460 aa  236  7e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1412  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.77 
 
 		 444 aa  233  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  30.87 
 
 		 453 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  32.73 
 
 		 454 aa  233  5e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  30.79 
 
 		 454 aa  231  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0801  23S rRNA methyltransferase/RumA  33.71 
 
 		 447 aa  228  1e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2216  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.56 
 
 		 439 aa  227  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00316265  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.18 
 
 		 439 aa  227  3e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  32.72 
 
 		 419 aa  227  3e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1898  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  34.32 
 
 		 443 aa  226  7e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.75216  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  34.98 
 
 		 455 aa  226  7e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.83 
 
 		 449 aa  226  7e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  31.42 
 
 		 460 aa  224  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  30.75 
 
 		 458 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  32.14 
 
 		 459 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1480  RNA methyltransferase, TrmA family  32.21 
 
 		 442 aa  224  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0851  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  33.11 
 
 		 432 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0954916  hitchhiker  0.000117621 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1102  RNA methyltransferase, TrmA family  34.54 
 
 		 446 aa  220  5e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52190  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.56 
 
 		 450 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.159289 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  31.18 
 
 		 458 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1527  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.92 
 
 		 443 aa  218  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.334033  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  31.18 
 
 		 458 aa  219  1e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  31.18 
 
 		 458 aa  218  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  31.18 
 
 		 458 aa  218  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  31.18 
 
 		 454 aa  218  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  31.18 
 
 		 458 aa  218  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  32.83 
 
 		 468 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  28.6 
 
 		 419 aa  216  5e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1851  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.99 
 
 		 445 aa  216  5e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  30.51 
 
 		 458 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  30.96 
 
 		 454 aa  216  7e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  32.51 
 
 		 457 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2112  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.19 
 
 		 491 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0203471  normal  0.384395 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  29.63 
 
 		 455 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  30.96 
 
 		 458 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1470  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.04 
 
 		 468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00598904  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  30.96 
 
 		 458 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2092  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.97 
 
 		 463 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.14 
 
 		 445 aa  212  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  29.41 
 
 		 446 aa  211  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.11 
 
 		 440 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.98 
 
 		 455 aa  211  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  29.54 
 
 		 448 aa  211  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2971  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.97 
 
 		 444 aa  211  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.422086  hitchhiker  0.0000745246 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  32.46 
 
 		 471 aa  211  3e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1209  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.85 
 
 		 450 aa  210  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01722  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.78 
 
 		 418 aa  210  5e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  29.71 
 
 		 439 aa  210  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02630  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  31.05 
 
 		 433 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00985329  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0927  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.28 
 
 		 433 aa  209  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000132702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02592  hypothetical protein  31.05 
 
 		 433 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00971306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3089  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.28 
 
 		 433 aa  209  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000243199  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  32.68 
 
 		 457 aa  209  7e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1256  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.48 
 
 		 454 aa  209  7e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.193423 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0903  RNA methyltransferase, TrmA family  31.05 
 
 		 433 aa  208  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000019395  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.82 
 
 		 496 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.297742  normal  0.611309 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3237  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.07 
 
 		 431 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0193521  normal  0.0341148 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  32 
 
 		 473 aa  208  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2929  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.05 
 
 		 433 aa  208  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000010107  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2450  RNA methyltransferase, TrmA family  35.14 
 
 		 440 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.211683  normal  0.124468 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2828  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  35.14 
 
 		 440 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  32.15 
 
 		 435 aa  207  2e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2923  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.05 
 
 		 433 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4577  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.64 
 
 		 452 aa  206  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1919  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.68 
 
 		 498 aa  206  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1628  RNA methyltransferase, TrmA family  31.74 
 
 		 415 aa  206  8e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0590  RNA methyltransferase, TrmA family  34.52 
 
 		 452 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.121199 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1053  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.82 
 
 		 450 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0704597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3088  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.98 
 
 		 433 aa  205  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  29.78 
 
 		 458 aa  204  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.49 
 
 		 444 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  32.34 
 
 		 446 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2194  RNA methyltransferase  31.52 
 
 		 407 aa  204  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0848  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.96 
 
 		 442 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000210259  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0028  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.33 
 
 		 434 aa  204  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2413  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.95 
 
 		 482 aa  203  6e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.798593  normal  0.546422 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.97 
 
 		 487 aa  203  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4045  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.59 
 
 		 433 aa  203  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000364507  normal  0.378409 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1308  RNA methyltransferase, TrmA family  31.11 
 
 		 467 aa  202  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.33 
 
 		 459 aa  202  7e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  29.33 
 
 		 459 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  29.33 
 
 		 459 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1295  RNA methyltransferase  29.94 
 
 		 476 aa  202  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293917  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.33 
 
 		 459 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0965  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.19 
 
 		 473 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>