More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2259 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  100 
 
 
443 aa  862    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  42.83 
 
 
404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  42.38 
 
 
404 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  42.38 
 
 
404 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  40.05 
 
 
405 aa  254  3e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  40.72 
 
 
395 aa  248  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  41.39 
 
 
402 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.84 
 
 
411 aa  231  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.59 
 
 
387 aa  214  2.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.33 
 
 
392 aa  211  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  35.52 
 
 
399 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.58 
 
 
447 aa  188  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  36.74 
 
 
453 aa  187  3e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  36.64 
 
 
428 aa  187  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  35.35 
 
 
407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  33.33 
 
 
442 aa  182  9.000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.92 
 
 
449 aa  181  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  32.17 
 
 
430 aa  173  5e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  34.86 
 
 
419 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  34.67 
 
 
465 aa  172  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  35.62 
 
 
440 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  33.11 
 
 
440 aa  171  2e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  33.33 
 
 
415 aa  169  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  33.2 
 
 
517 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  35.4 
 
 
405 aa  164  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  34.84 
 
 
397 aa  162  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  32.97 
 
 
455 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.47 
 
 
450 aa  158  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  34.68 
 
 
412 aa  151  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  29.17 
 
 
422 aa  150  5e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  32.24 
 
 
490 aa  149  1.0000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  32.76 
 
 
488 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  31.32 
 
 
413 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  33.62 
 
 
420 aa  146  8.000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  24.79 
 
 
435 aa  145  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  35.67 
 
 
417 aa  144  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  29.33 
 
 
471 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  30.6 
 
 
439 aa  133  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  32.36 
 
 
401 aa  131  3e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  22.45 
 
 
446 aa  113  8.000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  25.58 
 
 
441 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  24.89 
 
 
419 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  24.62 
 
 
460 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  26.17 
 
 
397 aa  107  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  24.78 
 
 
446 aa  106  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  21.38 
 
 
415 aa  105  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  23.25 
 
 
448 aa  103  7e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  21.41 
 
 
419 aa  103  9e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  21.04 
 
 
468 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2619  RNA methyltransferase  21.97 
 
 
404 aa  102  2e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  26.64 
 
 
436 aa  102  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.62 
 
 
433 aa  101  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0428  RNA methyltransferase, TrmA family  23.97 
 
 
460 aa  100  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  23.68 
 
 
455 aa  99.4  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  22.03 
 
 
451 aa  99  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  27.48 
 
 
489 aa  99  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  23.47 
 
 
455 aa  97.8  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  30.35 
 
 
446 aa  97.4  4e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  24.83 
 
 
405 aa  97.1  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  26.85 
 
 
441 aa  96.7  7e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.36 
 
 
450 aa  96.7  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  26.96 
 
 
473 aa  96.3  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  24.18 
 
 
453 aa  96.3  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  23.18 
 
 
443 aa  95.5  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.89 
 
 
450 aa  95.1  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.15 
 
 
450 aa  94.7  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.91 
 
 
444 aa  94.4  3e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  24.74 
 
 
460 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  27.45 
 
 
468 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  23.57 
 
 
454 aa  94  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1636  (Uracil-5)-methyltransferase  25.16 
 
 
412 aa  92.4  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0103701  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  31.68 
 
 
439 aa  92.4  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.63 
 
 
450 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.21 
 
 
450 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  18.88 
 
 
473 aa  90.9  4e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  20.88 
 
 
452 aa  90.9  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1777  (Uracil-5)-methyltransferase  27.07 
 
 
410 aa  90.5  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0172693  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1755  (Uracil-5)-methyltransferase  26.86 
 
 
391 aa  89  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.38216 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1628  RNA methyltransferase, TrmA family  21.05 
 
 
415 aa  88.2  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  19.87 
 
 
451 aa  89  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  22.83 
 
 
455 aa  89  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.3 
 
 
449 aa  87.8  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  30.2 
 
 
439 aa  87.8  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2332  RNA methyltransferase, TrmA family  31.34 
 
 
478 aa  87.8  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.45026 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3618  RNA methyltransferase  23.44 
 
 
424 aa  88.2  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.22847  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0615  RNA methyltransferase  26.14 
 
 
423 aa  87.8  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13964  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  32.02 
 
 
479 aa  87.4  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.45 
 
 
443 aa  87.4  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2200  RNA methyltransferase, TrmA family  27.31 
 
 
414 aa  86.7  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  30.69 
 
 
476 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  33.5 
 
 
488 aa  86.3  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.4 
 
 
463 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2558  RNA methyltransferase, TrmA family  28 
 
 
480 aa  84.7  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1252  RNA methyltransferase  24.35 
 
 
440 aa  84.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113803  normal  0.599775 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  37.58 
 
 
437 aa  84  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.89 
 
 
463 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.89 
 
 
449 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0451  (Uracil-5)-methyltransferase  19.54 
 
 
397 aa  82.8  0.00000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.222179  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2518  RNA methyltransferase, TrmA family  29.61 
 
 
482 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.391256  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08576  putative RNA methyltransferase  29.51 
 
 
470 aa  82.8  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.695835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>