More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1403 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  100 
 
 
430 aa  863    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  52.47 
 
 
442 aa  405  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.74 
 
 
447 aa  350  3e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.82 
 
 
420 aa  331  2e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  47.64 
 
 
405 aa  329  7e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  42.19 
 
 
455 aa  283  3.0000000000000004e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  42.76 
 
 
422 aa  283  6.000000000000001e-75  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.99 
 
 
450 aa  268  1e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  43.38 
 
 
428 aa  265  2e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  37.29 
 
 
471 aa  259  9e-68  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  42.53 
 
 
419 aa  252  1e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  39.37 
 
 
453 aa  249  6e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.59 
 
 
407 aa  247  4e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  41.18 
 
 
399 aa  247  4e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  39.95 
 
 
415 aa  245  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.5 
 
 
465 aa  245  9.999999999999999e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  38.95 
 
 
397 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  37.39 
 
 
440 aa  225  1e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  40.68 
 
 
411 aa  223  7e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  38.84 
 
 
413 aa  222  8e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.15 
 
 
433 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  34.45 
 
 
490 aa  221  3e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.5 
 
 
449 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.11 
 
 
387 aa  212  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  36.98 
 
 
401 aa  199  7.999999999999999e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  36.02 
 
 
517 aa  195  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  38.53 
 
 
412 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  36.15 
 
 
488 aa  190  4e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  34.67 
 
 
405 aa  187  3e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.01 
 
 
440 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  35.12 
 
 
404 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  35.12 
 
 
404 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  34.88 
 
 
404 aa  177  4e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  36.34 
 
 
402 aa  176  8e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  35.21 
 
 
395 aa  171  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  37.47 
 
 
417 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  29.81 
 
 
460 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  31.86 
 
 
443 aa  158  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.38 
 
 
392 aa  157  4e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.19 
 
 
455 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.93 
 
 
450 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.44 
 
 
449 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  29.77 
 
 
405 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.16 
 
 
450 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  31.86 
 
 
378 aa  154  2.9999999999999998e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.93 
 
 
450 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.44 
 
 
449 aa  154  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  32.31 
 
 
439 aa  154  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.93 
 
 
450 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  32.69 
 
 
437 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  27.29 
 
 
454 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.44 
 
 
463 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  30.75 
 
 
457 aa  151  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  28.51 
 
 
439 aa  151  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.44 
 
 
463 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  30.21 
 
 
461 aa  151  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  32.52 
 
 
438 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.8 
 
 
455 aa  151  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  26.81 
 
 
453 aa  150  3e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  27.74 
 
 
460 aa  150  5e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  28.26 
 
 
439 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  32.31 
 
 
438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  29.76 
 
 
455 aa  148  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  26.36 
 
 
455 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  28.21 
 
 
453 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.8 
 
 
450 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1134  23S rRNA methyltransferase/RumA  26.98 
 
 
469 aa  147  4.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  26.57 
 
 
446 aa  147  4.0000000000000006e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  27.52 
 
 
419 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.02 
 
 
439 aa  147  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  27.7 
 
 
461 aa  146  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  31.03 
 
 
436 aa  146  8.000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  23.82 
 
 
419 aa  146  8.000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  27.7 
 
 
461 aa  146  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  26.89 
 
 
454 aa  145  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  27.05 
 
 
446 aa  145  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.32 
 
 
485 aa  145  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1340  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.73 
 
 
465 aa  144  4e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.308627 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  29.83 
 
 
460 aa  143  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  21.87 
 
 
473 aa  143  7e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  30.71 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2450  RNA methyltransferase, TrmA family  32.16 
 
 
440 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.211683  normal  0.124468 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2828  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  32.16 
 
 
440 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  27.1 
 
 
458 aa  140  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.51 
 
 
449 aa  139  7e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.29 
 
 
443 aa  139  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1412  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.45 
 
 
444 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  28.73 
 
 
434 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  28.04 
 
 
453 aa  138  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.24 
 
 
441 aa  138  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0844867 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3004  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.6 
 
 
441 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202299  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.7 
 
 
440 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  25.65 
 
 
458 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1572  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.56 
 
 
444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  30.49 
 
 
441 aa  134  1.9999999999999998e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  25.65 
 
 
458 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  25.65 
 
 
458 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.18 
 
 
445 aa  134  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  25.65 
 
 
458 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  22.46 
 
 
451 aa  134  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>