More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1643 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  100 
 
 
455 aa  899    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  55.4 
 
 
407 aa  424  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  52.09 
 
 
449 aa  410  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  54.82 
 
 
428 aa  408  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  53.5 
 
 
415 aa  402  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  53.36 
 
 
419 aa  404  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  56.62 
 
 
450 aa  387  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  48.26 
 
 
397 aa  360  3e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  49.77 
 
 
399 aa  334  2e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  45.76 
 
 
442 aa  328  9e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  45.94 
 
 
488 aa  327  4.0000000000000003e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.33 
 
 
440 aa  325  8.000000000000001e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  49.77 
 
 
412 aa  323  3e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  45.32 
 
 
413 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  48.45 
 
 
411 aa  317  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  45.67 
 
 
517 aa  317  4e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.71 
 
 
465 aa  315  9e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.66 
 
 
387 aa  313  3.9999999999999997e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  45.56 
 
 
405 aa  305  7e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  49.66 
 
 
417 aa  306  7e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  41.05 
 
 
453 aa  296  4e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  48.07 
 
 
447 aa  292  1e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  44.91 
 
 
401 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.19 
 
 
430 aa  283  3.0000000000000004e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.12 
 
 
420 aa  279  7e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.25 
 
 
433 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  39.79 
 
 
490 aa  259  6e-68  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.85 
 
 
440 aa  247  3e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  37.53 
 
 
405 aa  240  4e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  38.04 
 
 
422 aa  231  3e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  36.29 
 
 
471 aa  221  9.999999999999999e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  38.53 
 
 
395 aa  218  2e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  39.04 
 
 
402 aa  218  2e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  38.85 
 
 
404 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  38.25 
 
 
404 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  38.25 
 
 
404 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  31.68 
 
 
454 aa  209  7e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  31.94 
 
 
453 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  30.88 
 
 
405 aa  200  6e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  28.16 
 
 
454 aa  196  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  27.65 
 
 
460 aa  194  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.32 
 
 
444 aa  191  2e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.04 
 
 
455 aa  186  8e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  29.82 
 
 
455 aa  186  8e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  32.37 
 
 
439 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  31.9 
 
 
397 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  30.92 
 
 
439 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  34.85 
 
 
441 aa  182  1e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0844867 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  27.77 
 
 
468 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  27.95 
 
 
419 aa  181  2e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  31.79 
 
 
457 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  32.48 
 
 
473 aa  179  7e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  30.26 
 
 
439 aa  178  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  32.22 
 
 
436 aa  177  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  28.6 
 
 
446 aa  176  7e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  30.09 
 
 
459 aa  176  8e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  29.18 
 
 
435 aa  176  8e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.39 
 
 
455 aa  176  8e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  35.84 
 
 
438 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.67 
 
 
439 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  32.1 
 
 
419 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  33.79 
 
 
441 aa  174  1.9999999999999998e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.25 
 
 
443 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  29.27 
 
 
439 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  31.63 
 
 
438 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1435  RNA methyltransferase  26.8 
 
 
456 aa  172  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  25.66 
 
 
446 aa  171  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.09 
 
 
445 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  30.74 
 
 
441 aa  171  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0344  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.72 
 
 
512 aa  169  9e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.660641  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.74 
 
 
485 aa  169  1e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  28.57 
 
 
457 aa  168  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  30.8 
 
 
471 aa  168  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  27.29 
 
 
460 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.82 
 
 
513 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  33.92 
 
 
461 aa  167  2.9999999999999998e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  29.37 
 
 
572 aa  167  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  27.12 
 
 
453 aa  167  5e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  27.12 
 
 
453 aa  167  5e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  31.05 
 
 
446 aa  167  5e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  32.25 
 
 
456 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  29.35 
 
 
447 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  28.54 
 
 
460 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  27.68 
 
 
453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.93 
 
 
449 aa  165  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.79 
 
 
442 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1504  (Uracil-5)-methyltransferase  35.22 
 
 
438 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.695075  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1599  (Uracil-5)-methyltransferase  35.22 
 
 
438 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514377  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  22.46 
 
 
415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.97 
 
 
449 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  28.73 
 
 
457 aa  163  7e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.67 
 
 
468 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  29.17 
 
 
488 aa  162  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  30.23 
 
 
462 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.97 
 
 
463 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  28.6 
 
 
446 aa  162  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  26.24 
 
 
453 aa  162  1e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  26.5 
 
 
458 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  26.46 
 
 
448 aa  161  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  34.22 
 
 
438 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>