More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2909 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2558  RNA methyltransferase, TrmA family  66.17 
 
 		 480 aa  658    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2518  RNA methyltransferase, TrmA family  69.43 
 
 		 482 aa  694    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.391256  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  73.09 
 
 		 476 aa  726    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2028  23S rRNA methyltransferase/RumA  68.58 
 
 		 477 aa  683    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2332  RNA methyltransferase, TrmA family  67.16 
 
 		 478 aa  674    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.45026 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  100 
 
 		 488 aa  1016    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2737  RNA methyltransferase  65.11 
 
 		 476 aa  646    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  44.99 
 
 		 471 aa  380  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  44.47 
 
 		 466 aa  374  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0005  TrmA family RNA methyltransferase  41.18 
 
 		 468 aa  348  9e-95  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2518  RNA methyltransferase  38.64 
 
 		 479 aa  348  1e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  40.88 
 
 		 488 aa  343  2.9999999999999997e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1688  RNA methyltransferase, TrmA family  38.74 
 
 		 476 aa  326  6e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.618499 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2157  RNA methyltransferase, TrmA family  38.12 
 
 		 471 aa  318  2e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.615925  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3623  RNA methyltransferase, TrmA family  37.4 
 
 		 481 aa  317  4e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  39.19 
 
 		 472 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2500  RNA methyltransferase  37.28 
 
 		 470 aa  304  3.0000000000000004e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08576  putative RNA methyltransferase  35.17 
 
 		 470 aa  303  4.0000000000000003e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.695835  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1095  RNA methyltransferase  37.66 
 
 		 465 aa  302  8.000000000000001e-81  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.31205 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1077  RNA methyltransferase, TrmA family  36.42 
 
 		 465 aa  302  8.000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000901811  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  36.15 
 
 		 457 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  36.4 
 
 		 454 aa  290  6e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  37.95 
 
 		 456 aa  287  4e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  35.63 
 
 		 455 aa  284  3.0000000000000004e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  35.41 
 
 		 455 aa  281  2e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  36.89 
 
 		 453 aa  281  3e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  34.26 
 
 		 453 aa  276  7e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  37.18 
 
 		 465 aa  274  3e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  34.62 
 
 		 457 aa  274  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  32.37 
 
 		 468 aa  271  2e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  33.33 
 
 		 460 aa  270  5e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  36.44 
 
 		 452 aa  266  7e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  36.39 
 
 		 459 aa  266  8e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  33.87 
 
 		 479 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  32.35 
 
 		 458 aa  260  4e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  32.41 
 
 		 468 aa  259  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  34.4 
 
 		 462 aa  257  4e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  33.12 
 
 		 457 aa  256  5e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  31.92 
 
 		 458 aa  256  9e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  31.92 
 
 		 458 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  31.92 
 
 		 458 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.48 
 
 		 459 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2258  RNA methyltransferase, TrmA family  33.47 
 
 		 456 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0702589  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  31.71 
 
 		 460 aa  254  3e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  31.71 
 
 		 458 aa  254  3e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  32.48 
 
 		 459 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  32.48 
 
 		 459 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  31.71 
 
 		 458 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.48 
 
 		 459 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.48 
 
 		 459 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  32.26 
 
 		 459 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  32.61 
 
 		 459 aa  253  7e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  31.71 
 
 		 454 aa  253  7e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  32.61 
 
 		 459 aa  253  7e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  32.61 
 
 		 459 aa  253  7e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1435  RNA methyltransferase  32.78 
 
 		 456 aa  252  8.000000000000001e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  32.26 
 
 		 459 aa  253  8.000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2903  RNA methyltransferase, TrmA family  35.82 
 
 		 438 aa  252  8.000000000000001e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  31.41 
 
 		 458 aa  252  9.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  31.71 
 
 		 454 aa  252  1e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  33.19 
 
 		 451 aa  251  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  32.49 
 
 		 460 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  34.93 
 
 		 436 aa  251  2e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  30.82 
 
 		 454 aa  249  7e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  31.5 
 
 		 458 aa  249  1e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  31.5 
 
 		 458 aa  249  1e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  34.28 
 
 		 473 aa  248  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  33.33 
 
 		 455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  31.32 
 
 		 457 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  32.4 
 
 		 459 aa  244  3.9999999999999997e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  33.33 
 
 		 572 aa  243  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  34.32 
 
 		 495 aa  243  7.999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2082  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  33.76 
 
 		 452 aa  241  2e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2370  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  34.12 
 
 		 451 aa  240  4e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  31.49 
 
 		 453 aa  239  5.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  31.49 
 
 		 453 aa  239  5.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0428  RNA methyltransferase, TrmA family  32.7 
 
 		 460 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  33.93 
 
 		 448 aa  237  3e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  31 
 
 		 455 aa  237  4e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  31.96 
 
 		 461 aa  236  8e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  31.96 
 
 		 461 aa  236  8e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  32.68 
 
 		 458 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.38 
 
 		 485 aa  234  3e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0406  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 387 aa  234  3e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.59395  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1493  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  32.63 
 
 		 450 aa  234  3e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00115343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  34.89 
 
 		 401 aa  231  2e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.368035  normal  0.582976 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.92 
 
 		 460 aa  230  4e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  31.5 
 
 		 489 aa  230  6e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1308  RNA methyltransferase, TrmA family  31.22 
 
 		 467 aa  229  6e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  32.33 
 
 		 397 aa  228  1e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  32.11 
 
 		 447 aa  229  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0643  RNA methyltransferase, TrmA family  30.33 
 
 		 466 aa  228  2e-58  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1355  RNA methyltransferase  32.51 
 
 		 463 aa  227  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.547923  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  32.02 
 
 		 457 aa  227  4e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39526  predicted protein  31.07 
 
 		 536 aa  224  4e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.612078  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  32.42 
 
 		 493 aa  224  4e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  30.8 
 
 		 453 aa  219  7.999999999999999e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  30.25 
 
 		 470 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0633  RNA methyltransferase  30.87 
 
 		 451 aa  216  9.999999999999999e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.449857  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  34.84 
 
 		 446 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>