More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1643 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  77.73 
 
 
465 aa  692    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  100 
 
 
453 aa  902    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  47.88 
 
 
490 aa  397  1e-109  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.25 
 
 
420 aa  319  7e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.12 
 
 
450 aa  318  9e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  43.93 
 
 
442 aa  318  2e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  41.27 
 
 
455 aa  302  8.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  43.47 
 
 
428 aa  297  3e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.92 
 
 
407 aa  295  8e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  44.3 
 
 
419 aa  292  8e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.83 
 
 
447 aa  290  3e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  44.42 
 
 
405 aa  288  2e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.55 
 
 
449 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  43.38 
 
 
415 aa  286  4e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.9 
 
 
387 aa  267  2.9999999999999995e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  40.86 
 
 
440 aa  264  3e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.38 
 
 
440 aa  256  5e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  40.45 
 
 
399 aa  256  7e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.82 
 
 
430 aa  255  1.0000000000000001e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  38.37 
 
 
397 aa  251  1e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  39.15 
 
 
413 aa  251  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  40.46 
 
 
411 aa  243  6e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  37.91 
 
 
488 aa  239  6.999999999999999e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.36 
 
 
433 aa  229  5e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  36.36 
 
 
471 aa  228  2e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  40.09 
 
 
412 aa  225  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  35.87 
 
 
517 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  38.01 
 
 
404 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  38.01 
 
 
404 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  38.24 
 
 
404 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  41.46 
 
 
417 aa  222  9e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  35.86 
 
 
422 aa  219  7.999999999999999e-56  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  37.64 
 
 
401 aa  216  8e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  34.16 
 
 
405 aa  200  5e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  35.91 
 
 
395 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  35.37 
 
 
402 aa  187  4e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  36.02 
 
 
443 aa  179  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  27.57 
 
 
405 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  24.68 
 
 
435 aa  161  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.61 
 
 
455 aa  160  4e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  25.22 
 
 
446 aa  147  4.0000000000000006e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  22.69 
 
 
473 aa  146  7.0000000000000006e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  23.57 
 
 
446 aa  145  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.01 
 
 
468 aa  143  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1371  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  24.27 
 
 
462 aa  144  5e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000610222  hitchhiker  0.00000000411743 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  26.27 
 
 
453 aa  142  9e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  27.19 
 
 
397 aa  141  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  27.19 
 
 
419 aa  140  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  26.71 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  26.55 
 
 
457 aa  139  7e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.75 
 
 
442 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  26.52 
 
 
395 aa  138  2e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.03 
 
 
444 aa  137  4e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  23.78 
 
 
419 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  23.61 
 
 
460 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  25.42 
 
 
453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  30.68 
 
 
439 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  29.09 
 
 
436 aa  131  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.89 
 
 
449 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.76 
 
 
449 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  25.37 
 
 
453 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0615  RNA methyltransferase  27.81 
 
 
423 aa  130  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13964  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.1 
 
 
441 aa  130  6e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0844867 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  29.36 
 
 
438 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2619  RNA methyltransferase  23.7 
 
 
404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.15 
 
 
463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.33 
 
 
445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.36 
 
 
463 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  28.21 
 
 
456 aa  127  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  24.05 
 
 
485 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  27.85 
 
 
441 aa  127  5e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  23.8 
 
 
454 aa  127  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.12 
 
 
444 aa  127  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  34.22 
 
 
392 aa  127  6e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1354  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  23.38 
 
 
456 aa  127  6e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.452487  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.74 
 
 
450 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.17 
 
 
449 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  26.33 
 
 
461 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  27.62 
 
 
473 aa  125  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  26.33 
 
 
461 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.82 
 
 
443 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  24.29 
 
 
468 aa  124  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2518  RNA methyltransferase  24.26 
 
 
479 aa  124  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.32 
 
 
450 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  30.06 
 
 
437 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.32 
 
 
450 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  27.77 
 
 
471 aa  124  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0947  (Uracil-5)-methyltransferase  32.11 
 
 
393 aa  123  9e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3237  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.72 
 
 
431 aa  123  9e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0193521  normal  0.0341148 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  28.54 
 
 
465 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.36 
 
 
450 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  26.04 
 
 
468 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  22.8 
 
 
452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  25 
 
 
459 aa  121  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  20.72 
 
 
415 aa  120  3e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.27 
 
 
439 aa  121  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  31.05 
 
 
400 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  26.42 
 
 
378 aa  120  3.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  29.84 
 
 
479 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  25.41 
 
 
458 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>