More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1325 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  100 
 
 		 488 aa  927    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  54.6 
 
 		 517 aa  429  1e-119  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  46.34 
 
 		 455 aa  347  4e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  46.81 
 
 		 397 aa  333  6e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  47.29 
 
 		 428 aa  330  3e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.46 
 
 		 407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.13 
 
 		 449 aa  322  9.000000000000001e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  46.42 
 
 		 419 aa  317  4e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  45.49 
 
 		 415 aa  307  3e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.23 
 
 		 450 aa  299  1e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  47.59 
 
 		 412 aa  295  1e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  44.22 
 
 		 399 aa  291  2e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.04 
 
 		 387 aa  289  8e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  49.45 
 
 		 417 aa  288  1e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.71 
 
 		 440 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  41.01 
 
 		 413 aa  282  9e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.14 
 
 		 411 aa  265  1e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.3 
 
 		 442 aa  263  4e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.49 
 
 		 420 aa  252  8.000000000000001e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  42.92 
 
 		 405 aa  250  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.19 
 
 		 433 aa  248  2e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  37.91 
 
 		 453 aa  244  3e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.99 
 
 		 465 aa  233  4.0000000000000004e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.52 
 
 		 401 aa  233  5e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  39.54 
 
 		 440 aa  228  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.51 
 
 		 447 aa  223  6e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.88 
 
 		 430 aa  206  7e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  36.24 
 
 		 404 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  35.92 
 
 		 404 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  35.92 
 
 		 404 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  33.8 
 
 		 490 aa  197  3e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  37.25 
 
 		 405 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  36.53 
 
 		 395 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  28.04 
 
 		 405 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  31.99 
 
 		 479 aa  167  5e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  32.61 
 
 		 422 aa  163  7e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  26.29 
 
 		 454 aa  162  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  35.68 
 
 		 402 aa  162  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  31.26 
 
 		 397 aa  161  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  31.48 
 
 		 436 aa  160  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  25.1 
 
 		 453 aa  157  4e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.53 
 
 		 455 aa  154  2.9999999999999998e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2200  RNA methyltransferase, TrmA family  33.62 
 
 		 414 aa  154  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  31.74 
 
 		 471 aa  153  5.9999999999999996e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  26.72 
 
 		 439 aa  152  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  27.13 
 
 		 446 aa  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  25.35 
 
 		 453 aa  146  8.000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  26.34 
 
 		 439 aa  146  8.000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.71 
 
 		 449 aa  146  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  26.64 
 
 		 460 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0855  RNA methyltransferase  31.87 
 
 		 493 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  31.86 
 
 		 443 aa  145  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.4 
 
 		 449 aa  144  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.54 
 
 		 445 aa  144  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  25.88 
 
 		 458 aa  143  6e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  25.88 
 
 		 458 aa  143  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  25.88 
 
 		 458 aa  143  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  25.88 
 
 		 458 aa  143  6e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.51 
 
 		 463 aa  143  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  25.52 
 
 		 460 aa  143  7e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  25.88 
 
 		 458 aa  143  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.1 
 
 		 463 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  26.29 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  25.88 
 
 		 454 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  30.28 
 
 		 407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  24.36 
 
 		 460 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  25.67 
 
 		 458 aa  141  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  25.47 
 
 		 458 aa  141  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  28.96 
 
 		 468 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.2 
 
 		 468 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  26.49 
 
 		 400 aa  140  6e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  28.88 
 
 		 419 aa  140  7e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  30.26 
 
 		 471 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2518  RNA methyltransferase  26 
 
 		 479 aa  139  8.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  22.74 
 
 		 468 aa  139  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  28.31 
 
 		 470 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  27.57 
 
 		 488 aa  139  1e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2737  RNA methyltransferase  27.82 
 
 		 476 aa  139  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  26.09 
 
 		 458 aa  138  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  22.4 
 
 		 446 aa  137  5e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  23.94 
 
 		 451 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1308  RNA methyltransferase, TrmA family  27.31 
 
 		 467 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0947  (Uracil-5)-methyltransferase  26.3 
 
 		 393 aa  136  7.000000000000001e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  23.92 
 
 		 454 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.19 
 
 		 450 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2558  RNA methyltransferase, TrmA family  27.5 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  22.81 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.99 
 
 		 450 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.46 
 
 		 450 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2518  RNA methyltransferase, TrmA family  28.1 
 
 		 482 aa  134  5e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.391256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.46 
 
 		 450 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  26.33 
 
 		 572 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0428  RNA methyltransferase, TrmA family  26.35 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  26.83 
 
 		 378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  27.96 
 
 		 462 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  25.95 
 
 		 395 aa  131  3e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  30.78 
 
 		 437 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.42 
 
 		 443 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  26.52 
 
 		 461 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  26.52 
 
 		 461 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>