More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_3925 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  100 
 
 
402 aa  791    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  81.86 
 
 
395 aa  594  1e-169  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  69.06 
 
 
404 aa  511  1e-144  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  68.81 
 
 
404 aa  510  1e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  68.81 
 
 
404 aa  510  1e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  65.68 
 
 
405 aa  500  1e-140  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  41.83 
 
 
399 aa  286  5e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.43 
 
 
411 aa  286  5.999999999999999e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.61 
 
 
407 aa  281  1e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  40.96 
 
 
415 aa  264  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  40.1 
 
 
428 aa  248  1e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  40.79 
 
 
419 aa  247  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  41.07 
 
 
443 aa  243  5e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.88 
 
 
449 aa  241  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  39.04 
 
 
455 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.61 
 
 
392 aa  233  4.0000000000000004e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  39.61 
 
 
397 aa  231  1e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  39.9 
 
 
440 aa  228  1e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.72 
 
 
387 aa  228  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  39.02 
 
 
442 aa  226  4e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  40.05 
 
 
405 aa  221  1.9999999999999999e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.92 
 
 
447 aa  208  1e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  35.63 
 
 
465 aa  208  1e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.17 
 
 
440 aa  203  3e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  34.47 
 
 
453 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.97 
 
 
450 aa  197  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.34 
 
 
430 aa  193  5e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  38.08 
 
 
412 aa  192  9e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.32 
 
 
420 aa  189  5e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  37.37 
 
 
401 aa  188  2e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  38.77 
 
 
417 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  35.51 
 
 
433 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  36.54 
 
 
413 aa  181  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  35.15 
 
 
488 aa  172  7.999999999999999e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  31.16 
 
 
471 aa  172  1e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  32.54 
 
 
422 aa  168  2e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  33.04 
 
 
490 aa  167  2.9999999999999998e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  30.34 
 
 
436 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  27.59 
 
 
397 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  23.96 
 
 
435 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  24.54 
 
 
446 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  26.99 
 
 
405 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  40.35 
 
 
517 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  20.33 
 
 
415 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  27.85 
 
 
456 aa  121  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  22.95 
 
 
395 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  25 
 
 
453 aa  119  7e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  23.72 
 
 
446 aa  117  3e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  23.7 
 
 
460 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  24.35 
 
 
453 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  25.17 
 
 
460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  23.24 
 
 
419 aa  114  3e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.51 
 
 
449 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0615  RNA methyltransferase  27.19 
 
 
423 aa  114  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13964  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.82 
 
 
440 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.51 
 
 
463 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  26.64 
 
 
439 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.69 
 
 
449 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf754  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  21.54 
 
 
449 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.28 
 
 
463 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  20.7 
 
 
446 aa  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2619  RNA methyltransferase  23.56 
 
 
404 aa  110  3e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.05 
 
 
449 aa  111  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  23.69 
 
 
451 aa  111  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  24.55 
 
 
458 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  27.84 
 
 
437 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0590  RNA methyltransferase, TrmA family  28.98 
 
 
452 aa  109  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.121199 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  26.99 
 
 
407 aa  109  9.000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1835  23S rRNA methyltransferase/RumA  28.48 
 
 
440 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0118794  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  28.22 
 
 
446 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.01 
 
 
444 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  25.28 
 
 
439 aa  107  4e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  24.59 
 
 
439 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  26.82 
 
 
438 aa  106  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  23.28 
 
 
485 aa  106  7e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  25.42 
 
 
419 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  25.68 
 
 
439 aa  105  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  30 
 
 
439 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.72 
 
 
455 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  27.95 
 
 
438 aa  103  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0028  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.67 
 
 
434 aa  102  8e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  23.45 
 
 
454 aa  102  9e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  26.46 
 
 
457 aa  102  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1628  RNA methyltransferase, TrmA family  24.11 
 
 
415 aa  102  1e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0402  tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase  26.04 
 
 
417 aa  102  1e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  22.47 
 
 
400 aa  101  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.53 
 
 
445 aa  102  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.66 
 
 
445 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  27.55 
 
 
452 aa  101  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.24 
 
 
468 aa  101  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2157  (Uracil-5)-methyltransferase  30.17 
 
 
408 aa  100  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0223783 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14811  SAM-dependent methyltransferase  24.45 
 
 
465 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0686712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  20.26 
 
 
454 aa  100  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.6 
 
 
442 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3618  RNA methyltransferase  22.81 
 
 
424 aa  99.8  8e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.22847  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.59 
 
 
444 aa  99  1e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  31.82 
 
 
457 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.44 
 
 
513 aa  99  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  21.03 
 
 
455 aa  99  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0005  TrmA family RNA methyltransferase  23.91 
 
 
468 aa  99  1e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>