More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_4525 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  100 
 
 
387 aa  776    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  50.36 
 
 
440 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  48.85 
 
 
397 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  50.38 
 
 
399 aa  326  4.0000000000000003e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  49.87 
 
 
412 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.49 
 
 
411 aa  321  1.9999999999999998e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  46.06 
 
 
428 aa  317  3e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  46.34 
 
 
419 aa  314  9.999999999999999e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.78 
 
 
407 aa  314  9.999999999999999e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  46.81 
 
 
415 aa  314  9.999999999999999e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.91 
 
 
449 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  43.66 
 
 
455 aa  313  2.9999999999999996e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  50.26 
 
 
417 aa  296  3e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  46.06 
 
 
413 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.39 
 
 
433 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46 
 
 
450 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.6 
 
 
420 aa  279  7e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  43.89 
 
 
401 aa  271  1e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.68 
 
 
465 aa  267  2e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  43.6 
 
 
488 aa  265  8.999999999999999e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  38.64 
 
 
453 aa  265  1e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  44.39 
 
 
405 aa  263  3e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.59 
 
 
442 aa  263  4e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.82 
 
 
447 aa  256  7e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  39.34 
 
 
404 aa  246  3e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  39.34 
 
 
404 aa  246  4e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  39.34 
 
 
404 aa  246  4e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  37.83 
 
 
440 aa  238  1e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  39.29 
 
 
405 aa  237  3e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  36.36 
 
 
422 aa  224  3e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.11 
 
 
430 aa  212  1e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  36.02 
 
 
395 aa  209  8e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  34.5 
 
 
490 aa  207  2e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  38.72 
 
 
402 aa  205  9e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  33.95 
 
 
397 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  36.05 
 
 
443 aa  200  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  31.28 
 
 
405 aa  192  6e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  32.75 
 
 
471 aa  193  6e-48  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.38 
 
 
392 aa  186  6e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  29.35 
 
 
435 aa  181  2e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  28.29 
 
 
454 aa  172  7.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  28.34 
 
 
419 aa  170  4e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.63 
 
 
444 aa  169  5e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  29.82 
 
 
446 aa  169  9e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  58.33 
 
 
517 aa  166  5.9999999999999996e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  29.55 
 
 
439 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  29.76 
 
 
395 aa  162  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  30 
 
 
439 aa  161  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  30.89 
 
 
436 aa  161  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.02 
 
 
455 aa  161  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  28.05 
 
 
453 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  27.62 
 
 
453 aa  161  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  27.35 
 
 
460 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  29.98 
 
 
419 aa  157  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  24.15 
 
 
415 aa  153  4e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.57 
 
 
449 aa  152  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  24.55 
 
 
446 aa  152  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  29.75 
 
 
400 aa  151  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.14 
 
 
445 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  30.15 
 
 
407 aa  150  3e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  27.29 
 
 
446 aa  150  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0947  (Uracil-5)-methyltransferase  28.95 
 
 
393 aa  150  5e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.6 
 
 
463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.09 
 
 
463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.38 
 
 
443 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  25 
 
 
452 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1628  RNA methyltransferase, TrmA family  27.12 
 
 
415 aa  147  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  27.65 
 
 
441 aa  146  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  26.98 
 
 
460 aa  146  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  24.68 
 
 
460 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  29.2 
 
 
378 aa  145  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.6 
 
 
450 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.83 
 
 
450 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.83 
 
 
450 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  30.07 
 
 
465 aa  142  7e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  28.15 
 
 
456 aa  143  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2619  RNA methyltransferase  24.64 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  24.79 
 
 
485 aa  142  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  28.25 
 
 
476 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  25.34 
 
 
457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.82 
 
 
442 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.54 
 
 
450 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.38 
 
 
449 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  28.6 
 
 
457 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  30.11 
 
 
437 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  28.02 
 
 
438 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.05 
 
 
455 aa  139  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  30.07 
 
 
438 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  26.84 
 
 
457 aa  138  2e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  27.77 
 
 
439 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  25.49 
 
 
455 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.75 
 
 
445 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  29.09 
 
 
446 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.31 
 
 
449 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0615  RNA methyltransferase  27.79 
 
 
423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13964  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1755  (Uracil-5)-methyltransferase  32.1 
 
 
391 aa  137  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.38216 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.05 
 
 
450 aa  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0970  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.66 
 
 
432 aa  137  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1252  RNA methyltransferase  26.33 
 
 
440 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113803  normal  0.599775 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  25.77 
 
 
451 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>