More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_16200 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  100 
 
 
442 aa  872    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  66.59 
 
 
447 aa  521  1e-147  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  65.79 
 
 
420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  52.47 
 
 
430 aa  405  1e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  55.74 
 
 
405 aa  400  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.43 
 
 
450 aa  343  4e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  45.76 
 
 
455 aa  328  9e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  43.49 
 
 
422 aa  325  1e-87  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.66 
 
 
407 aa  325  1e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.15 
 
 
465 aa  314  1.9999999999999998e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  48.43 
 
 
399 aa  312  5.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  42.76 
 
 
453 aa  310  2.9999999999999997e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  45.96 
 
 
428 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  44.19 
 
 
419 aa  297  2e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.32 
 
 
411 aa  297  3e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.24 
 
 
490 aa  296  5e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  40.72 
 
 
471 aa  293  3e-78  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.57 
 
 
449 aa  292  6e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  43.85 
 
 
415 aa  290  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  42.25 
 
 
413 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  45.08 
 
 
397 aa  282  1e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  43.85 
 
 
440 aa  281  2e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  41 
 
 
517 aa  266  4e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.25 
 
 
433 aa  263  4.999999999999999e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.59 
 
 
387 aa  263  4.999999999999999e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.19 
 
 
440 aa  262  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  41.3 
 
 
488 aa  252  1e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  42.38 
 
 
401 aa  250  3e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  37.47 
 
 
405 aa  236  7e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  39.68 
 
 
404 aa  233  5e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  39.21 
 
 
404 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  39.21 
 
 
404 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  39.17 
 
 
395 aa  226  9e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  41.19 
 
 
412 aa  223  6e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  42.14 
 
 
417 aa  213  7.999999999999999e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  39.02 
 
 
402 aa  207  4e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  33.55 
 
 
443 aa  177  4e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  31 
 
 
378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.26 
 
 
392 aa  162  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  28.15 
 
 
453 aa  158  2e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  27.15 
 
 
419 aa  157  4e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  29.3 
 
 
405 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  30.39 
 
 
441 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  32.46 
 
 
436 aa  153  5e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  27.93 
 
 
434 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  28.95 
 
 
459 aa  152  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  26.57 
 
 
460 aa  151  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  27.02 
 
 
454 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  29.89 
 
 
457 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  27.41 
 
 
453 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  25.32 
 
 
446 aa  147  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.07 
 
 
444 aa  146  6e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  29.65 
 
 
455 aa  145  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  29.57 
 
 
419 aa  145  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  29.12 
 
 
397 aa  145  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  29.49 
 
 
439 aa  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  29.22 
 
 
453 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  23.88 
 
 
473 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  30.24 
 
 
461 aa  140  4.999999999999999e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  30.77 
 
 
439 aa  140  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.37 
 
 
449 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  26.78 
 
 
460 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0633  RNA methyltransferase  26.69 
 
 
451 aa  138  2e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.449857  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  27.6 
 
 
468 aa  138  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2194  RNA methyltransferase  29.34 
 
 
407 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1134  23S rRNA methyltransferase/RumA  28.48 
 
 
469 aa  137  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  31.84 
 
 
465 aa  136  9e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  28.86 
 
 
407 aa  136  9e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  28.38 
 
 
446 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  29.36 
 
 
438 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.76 
 
 
468 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  28.98 
 
 
460 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  23.33 
 
 
451 aa  134  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  30.96 
 
 
438 aa  134  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  31.64 
 
 
438 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0344  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.2 
 
 
512 aa  133  6e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.660641  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  28.18 
 
 
468 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  26.21 
 
 
460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  27.43 
 
 
458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.15 
 
 
513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.07 
 
 
444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  26.77 
 
 
458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.29 
 
 
445 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  31.09 
 
 
447 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.99 
 
 
443 aa  131  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3618  RNA methyltransferase  28.48 
 
 
424 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.22847  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  26.55 
 
 
458 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  26.55 
 
 
458 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.46 
 
 
485 aa  130  5.0000000000000004e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  26.15 
 
 
446 aa  130  7.000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.95 
 
 
444 aa  130  7.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.88 
 
 
443 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  30.52 
 
 
572 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  26.55 
 
 
458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  31.52 
 
 
437 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  26.55 
 
 
458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  26.55 
 
 
458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.07 
 
 
449 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  26.16 
 
 
458 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0384  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.54 
 
 
516 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00397678  unclonable  0.000000000598014 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>