More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_14530 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  100 
 
 
440 aa  856    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.69 
 
 
420 aa  290  4e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  43.85 
 
 
442 aa  281  2e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  42.62 
 
 
428 aa  270  5e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  43.29 
 
 
415 aa  266  5e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  44.5 
 
 
419 aa  264  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.34 
 
 
449 aa  263  6e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  39.95 
 
 
453 aa  261  1e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  40.09 
 
 
465 aa  259  5.0000000000000005e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  44.01 
 
 
405 aa  258  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.94 
 
 
407 aa  257  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.74 
 
 
447 aa  249  5e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  41.84 
 
 
399 aa  249  6e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  41.85 
 
 
455 aa  247  3e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  40.79 
 
 
397 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.99 
 
 
450 aa  243  3.9999999999999997e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.83 
 
 
387 aa  238  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.49 
 
 
433 aa  233  8.000000000000001e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  38.24 
 
 
404 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  37.77 
 
 
404 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  37.77 
 
 
404 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.39 
 
 
430 aa  225  1e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  36.02 
 
 
490 aa  219  6e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.34 
 
 
411 aa  217  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  36.82 
 
 
405 aa  216  5e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.67 
 
 
440 aa  211  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  39.96 
 
 
488 aa  209  7e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  39.9 
 
 
402 aa  209  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  38.54 
 
 
517 aa  207  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  37.71 
 
 
395 aa  205  2e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  34.81 
 
 
413 aa  203  5e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  37.73 
 
 
412 aa  195  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  33.64 
 
 
422 aa  188  2e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  39.03 
 
 
417 aa  186  7e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  35.75 
 
 
401 aa  182  1e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  31.87 
 
 
471 aa  179  8e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  32.89 
 
 
443 aa  162  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  29.79 
 
 
439 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  35.42 
 
 
392 aa  151  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  29.33 
 
 
439 aa  151  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  28.44 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  25.06 
 
 
446 aa  139  7.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  25.45 
 
 
435 aa  137  4e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  28.18 
 
 
457 aa  134  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2200  RNA methyltransferase, TrmA family  30.97 
 
 
414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.96 
 
 
468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  23.21 
 
 
446 aa  132  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  24.29 
 
 
454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  29.64 
 
 
438 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  29.03 
 
 
468 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  29.36 
 
 
439 aa  130  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  27.4 
 
 
397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  30.96 
 
 
436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.03 
 
 
455 aa  128  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2161  (Uracil-5)-methyltransferase  30.28 
 
 
398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.243415 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  27.92 
 
 
441 aa  127  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.22 
 
 
449 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf754  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  22.57 
 
 
449 aa  126  9e-28  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.42 
 
 
444 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2332  RNA methyltransferase, TrmA family  26.48 
 
 
478 aa  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.45026 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  29.77 
 
 
479 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.41 
 
 
439 aa  124  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.31 
 
 
463 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  25.39 
 
 
419 aa  124  5e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  28.88 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.39 
 
 
444 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  29.4 
 
 
434 aa  121  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.09 
 
 
463 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  20.17 
 
 
473 aa  121  3e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2737  RNA methyltransferase  27.56 
 
 
476 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  26.98 
 
 
419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.38 
 
 
449 aa  120  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.09 
 
 
449 aa  120  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  23.71 
 
 
452 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1636  (Uracil-5)-methyltransferase  28.98 
 
 
412 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0103701  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.85 
 
 
445 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  25.65 
 
 
460 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.17 
 
 
449 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2450  RNA methyltransferase, TrmA family  30.66 
 
 
440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.211683  normal  0.124468 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  26.69 
 
 
489 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2828  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  30.66 
 
 
440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  26.28 
 
 
453 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2518  RNA methyltransferase, TrmA family  27.74 
 
 
482 aa  118  3e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.391256  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.51 
 
 
444 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  25.33 
 
 
460 aa  116  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  28.63 
 
 
473 aa  116  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  21.48 
 
 
415 aa  116  7.999999999999999e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  26.98 
 
 
476 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1777  (Uracil-5)-methyltransferase  30.11 
 
 
410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0172693  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  25.28 
 
 
439 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0344  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.96 
 
 
512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.660641  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  28.69 
 
 
461 aa  115  2.0000000000000002e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.62 
 
 
513 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0352  RNA methyltransferase  29.22 
 
 
434 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.94 
 
 
450 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.96 
 
 
443 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  22.89 
 
 
395 aa  114  5e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  26.79 
 
 
488 aa  114  5e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.59 
 
 
442 aa  113  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.17 
 
 
443 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>