More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_24220 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  100 
 
 		 399 aa  785    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  59.66 
 
 		 411 aa  431  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  54.18 
 
 		 440 aa  370  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  52.44 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  52.2 
 
 		 407 aa  354  1e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  51.09 
 
 		 419 aa  348  1e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.53 
 
 		 450 aa  343  4e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  51.45 
 
 		 428 aa  342  8e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  49.77 
 
 		 455 aa  334  1e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.71 
 
 		 449 aa  327  3e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  50.38 
 
 		 387 aa  326  4.0000000000000003e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.89 
 
 		 433 aa  319  6e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  52.76 
 
 		 412 aa  317  2e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  49.49 
 
 		 397 aa  317  2e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  48.91 
 
 		 413 aa  316  5e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  48.43 
 
 		 442 aa  312  4.999999999999999e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  52.88 
 
 		 417 aa  303  5.000000000000001e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.64 
 
 		 447 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.39 
 
 		 420 aa  282  6.000000000000001e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  47.12 
 
 		 401 aa  279  8e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  44.22 
 
 		 488 aa  277  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  41.77 
 
 		 405 aa  273  5.000000000000001e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  42.71 
 
 		 404 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  42.46 
 
 		 404 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  42.46 
 
 		 404 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  41.83 
 
 		 402 aa  266  5e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  45.04 
 
 		 405 aa  263  4e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  41.43 
 
 		 395 aa  252  8.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  40.58 
 
 		 453 aa  251  2e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.31 
 
 		 465 aa  250  3e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.84 
 
 		 440 aa  249  5e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.18 
 
 		 430 aa  247  3e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  39.34 
 
 		 422 aa  240  4e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  35.76 
 
 		 490 aa  224  2e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  36.5 
 
 		 471 aa  205  1e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.4 
 
 		 392 aa  194  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  32.67 
 
 		 405 aa  194  3e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  32.22 
 
 		 397 aa  189  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  34.62 
 
 		 443 aa  186  6e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  64.74 
 
 		 517 aa  182  9.000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  27.43 
 
 		 454 aa  178  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  33.12 
 
 		 457 aa  178  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  34.55 
 
 		 436 aa  176  7e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.61 
 
 		 485 aa  174  1.9999999999999998e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  28.7 
 
 		 453 aa  172  7.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  31.92 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  27.57 
 
 		 419 aa  170  5e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  26.62 
 
 		 468 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.49 
 
 		 463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  32.3 
 
 		 419 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.26 
 
 		 449 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.31 
 
 		 449 aa  164  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.35 
 
 		 443 aa  163  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  30.46 
 
 		 446 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  28.23 
 
 		 461 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  28.23 
 
 		 461 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.34 
 
 		 463 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  30.31 
 
 		 441 aa  160  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  28.57 
 
 		 439 aa  159  8e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  28.51 
 
 		 460 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  29.48 
 
 		 460 aa  158  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  25.23 
 
 		 435 aa  158  2e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  26.71 
 
 		 452 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.44 
 
 		 450 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.96 
 
 		 468 aa  157  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2619  RNA methyltransferase  26.81 
 
 		 404 aa  157  5.0000000000000005e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.9 
 
 		 450 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  32.45 
 
 		 437 aa  156  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  28.9 
 
 		 395 aa  156  7e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  29.65 
 
 		 457 aa  156  7e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  26.26 
 
 		 446 aa  155  8e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  27.41 
 
 		 453 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.67 
 
 		 450 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.54 
 
 		 442 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.67 
 
 		 450 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  27.35 
 
 		 455 aa  154  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.98 
 
 		 445 aa  155  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  27.56 
 
 		 454 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  30.14 
 
 		 446 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.9 
 
 		 439 aa  154  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.67 
 
 		 450 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  30.29 
 
 		 378 aa  152  8e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.07 
 
 		 455 aa  152  8e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2200  RNA methyltransferase, TrmA family  33.33 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  28.77 
 
 		 400 aa  151  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  26.62 
 
 		 455 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  29.24 
 
 		 439 aa  150  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  24.67 
 
 		 446 aa  150  6e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3004  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.81 
 
 		 441 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202299  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3618  RNA methyltransferase  28.7 
 
 		 424 aa  147  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.22847  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  28.08 
 
 		 439 aa  146  5e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  22.79 
 
 		 451 aa  146  6e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1354  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  27.05 
 
 		 456 aa  146  6e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.452487  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  30.41 
 
 		 438 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  31.59 
 
 		 465 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2194  RNA methyltransferase  29.74 
 
 		 407 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.41 
 
 		 455 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  30.96 
 
 		 438 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37070  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.49 
 
 		 454 aa  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.584008  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  28.25 
 
 		 439 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>