More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1879 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  100 
 
 		 440 aa  846    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  54.18 
 
 		 399 aa  392  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  52.56 
 
 		 428 aa  352  1e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.34 
 
 		 387 aa  351  2e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  49.25 
 
 		 455 aa  347  3e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.47 
 
 		 411 aa  343  2.9999999999999997e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  53.12 
 
 		 412 aa  331  1e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  48.69 
 
 		 415 aa  329  6e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  48.36 
 
 		 419 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.81 
 
 		 449 aa  326  6e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  48.93 
 
 		 397 aa  318  2e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.27 
 
 		 407 aa  315  7e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  50.11 
 
 		 450 aa  315  8e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  52.76 
 
 		 417 aa  313  4.999999999999999e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  47.33 
 
 		 413 aa  306  6e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.42 
 
 		 433 aa  289  6e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  46.05 
 
 		 488 aa  281  1e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  45.62 
 
 		 517 aa  279  7e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  43.61 
 
 		 442 aa  278  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  42.73 
 
 		 453 aa  272  9e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.08 
 
 		 465 aa  268  1e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.68 
 
 		 447 aa  265  2e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  43.19 
 
 		 405 aa  256  4e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.67 
 
 		 420 aa  257  4e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  44.81 
 
 		 401 aa  256  5e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  41.55 
 
 		 404 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  41.06 
 
 		 404 aa  230  4e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  41.06 
 
 		 404 aa  230  4e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  38.67 
 
 		 440 aa  226  7e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  37.67 
 
 		 422 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  38.07 
 
 		 405 aa  219  7e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  38.22 
 
 		 490 aa  214  2.9999999999999995e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  38.74 
 
 		 395 aa  206  6e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  35.27 
 
 		 471 aa  205  1e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.95 
 
 		 430 aa  201  3e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  37.17 
 
 		 402 aa  199  7.999999999999999e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  29.44 
 
 		 454 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  32.62 
 
 		 397 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  30.43 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  35.38 
 
 		 443 aa  177  5e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  29.39 
 
 		 453 aa  171  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  26.21 
 
 		 419 aa  171  3e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  33.33 
 
 		 437 aa  171  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.43 
 
 		 468 aa  167  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  32.63 
 
 		 473 aa  167  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  29.63 
 
 		 441 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  29.96 
 
 		 459 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  26.41 
 
 		 452 aa  162  9e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  25.17 
 
 		 435 aa  160  4e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  28.85 
 
 		 439 aa  159  9e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  28.14 
 
 		 460 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2619  RNA methyltransferase  26.05 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  30.02 
 
 		 419 aa  158  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  30.72 
 
 		 436 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  28.82 
 
 		 460 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  26.28 
 
 		 454 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  28.26 
 
 		 458 aa  155  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  29.17 
 
 		 488 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.15 
 
 		 485 aa  155  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  27.53 
 
 		 395 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  33.48 
 
 		 438 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.14 
 
 		 445 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  28.04 
 
 		 446 aa  154  2.9999999999999998e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  30.99 
 
 		 407 aa  154  4e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.64 
 
 		 455 aa  154  4e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0005  TrmA family RNA methyltransferase  27.85 
 
 		 468 aa  153  7e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  27.92 
 
 		 453 aa  153  8e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.95 
 
 		 444 aa  152  1e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  30.11 
 
 		 456 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.73 
 
 		 439 aa  150  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  29.89 
 
 		 457 aa  149  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.17 
 
 		 443 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  31.28 
 
 		 457 aa  149  8e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  27.13 
 
 		 439 aa  149  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.17 
 
 		 442 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  29.85 
 
 		 457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  25.96 
 
 		 455 aa  147  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  22.12 
 
 		 415 aa  147  3e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  23.9 
 
 		 446 aa  146  7.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.96 
 
 		 455 aa  146  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  29.93 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  27.37 
 
 		 458 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  25.27 
 
 		 451 aa  144  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4116  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase  26.28 
 
 		 469 aa  144  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  25.27 
 
 		 453 aa  144  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  25.27 
 
 		 453 aa  144  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  29.08 
 
 		 439 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  32.44 
 
 		 438 aa  143  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  27.57 
 
 		 446 aa  143  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  27.84 
 
 		 400 aa  143  6e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  31.26 
 
 		 457 aa  143  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.87 
 
 		 449 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.51 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  27.95 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  27.95 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  27.95 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  27.95 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.78 
 
 		 449 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.95 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.3 
 
 		 449 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>