More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_1944 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  100 
 
 
405 aa  765    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  55.74 
 
 
442 aa  400  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  58.98 
 
 
420 aa  382  1e-105  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  57.38 
 
 
447 aa  377  1e-103  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.64 
 
 
430 aa  329  6e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  45.56 
 
 
455 aa  305  6e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.07 
 
 
450 aa  298  1e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  47.06 
 
 
428 aa  293  5e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.32 
 
 
407 aa  292  7e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.04 
 
 
465 aa  290  3e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  45.19 
 
 
415 aa  287  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  44.42 
 
 
453 aa  281  2e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  39.32 
 
 
490 aa  274  2.0000000000000002e-72  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  43.2 
 
 
419 aa  272  8.000000000000001e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  44.28 
 
 
413 aa  271  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  45.5 
 
 
401 aa  266  4e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  43.14 
 
 
397 aa  265  2e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.39 
 
 
387 aa  263  3e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  45.04 
 
 
399 aa  263  4e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.95 
 
 
449 aa  261  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  44.01 
 
 
440 aa  258  1e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  38.61 
 
 
422 aa  251  2e-65  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  37.95 
 
 
471 aa  246  6e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  45.54 
 
 
412 aa  244  3e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.46 
 
 
440 aa  243  3e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.64 
 
 
411 aa  238  2e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  42.92 
 
 
488 aa  230  4e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  46.75 
 
 
417 aa  225  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  40.25 
 
 
404 aa  212  7.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  40.25 
 
 
404 aa  212  7.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  40.25 
 
 
404 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  37.44 
 
 
405 aa  205  1e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  40.05 
 
 
402 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  39.51 
 
 
395 aa  192  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.56 
 
 
433 aa  190  4e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  28.79 
 
 
439 aa  156  6e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.07 
 
 
444 aa  155  2e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.47 
 
 
439 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  28.37 
 
 
439 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  31.9 
 
 
436 aa  151  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  29.85 
 
 
405 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  25.92 
 
 
446 aa  150  4e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  34.07 
 
 
443 aa  150  4e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  25.23 
 
 
419 aa  150  5e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  27.63 
 
 
453 aa  150  5e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.98 
 
 
455 aa  149  6e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  27.29 
 
 
454 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  31.11 
 
 
378 aa  145  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  29.21 
 
 
459 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1898  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  33.18 
 
 
443 aa  144  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.75216  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.14 
 
 
449 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.77 
 
 
443 aa  142  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.05 
 
 
463 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.82 
 
 
463 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  28.7 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  27.43 
 
 
439 aa  140  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  27.91 
 
 
446 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  32.75 
 
 
461 aa  140  3.9999999999999997e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  29.2 
 
 
447 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  30.36 
 
 
397 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  29.66 
 
 
434 aa  139  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  26.7 
 
 
460 aa  139  7e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  30.62 
 
 
438 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.69 
 
 
442 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  27.39 
 
 
441 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1354  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  26.36 
 
 
456 aa  139  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.452487  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.53 
 
 
485 aa  138  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0028  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.96 
 
 
434 aa  137  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  25.8 
 
 
453 aa  138  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.68 
 
 
441 aa  137  3.0000000000000003e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0844867 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  26.54 
 
 
458 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  26.58 
 
 
458 aa  137  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  26.58 
 
 
458 aa  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  30.41 
 
 
437 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  26.58 
 
 
458 aa  137  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  26.58 
 
 
458 aa  137  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.86 
 
 
392 aa  136  5e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  26.58 
 
 
458 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  26.2 
 
 
460 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.7 
 
 
440 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  26.54 
 
 
458 aa  136  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  26.81 
 
 
439 aa  136  8e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.18 
 
 
444 aa  136  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  26.75 
 
 
454 aa  135  9e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  47.09 
 
 
517 aa  136  9e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1412  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.92 
 
 
444 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.78 
 
 
513 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  24.22 
 
 
435 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0352  RNA methyltransferase  32.72 
 
 
434 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0851  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  30.84 
 
 
432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0954916  hitchhiker  0.000117621 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  25.44 
 
 
446 aa  134  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  32.49 
 
 
439 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1572  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.69 
 
 
444 aa  134  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  26.54 
 
 
454 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  29.2 
 
 
446 aa  132  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  29.54 
 
 
460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  29.82 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.37 
 
 
445 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  31.58 
 
 
438 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2828  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  32.41 
 
 
440 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>