More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1927 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  100 
 
 
419 aa  830    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  65.79 
 
 
428 aa  552  1e-156  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  60.73 
 
 
415 aa  488  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  58.73 
 
 
449 aa  473  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  59.76 
 
 
407 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  53.36 
 
 
455 aa  413  1e-114  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  47.86 
 
 
397 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  52.35 
 
 
399 aa  355  1e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.11 
 
 
411 aa  348  7e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.06 
 
 
450 aa  343  4e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  50.96 
 
 
412 aa  341  2e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  51.43 
 
 
417 aa  323  5e-87  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  48.12 
 
 
440 aa  318  1e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.34 
 
 
387 aa  318  2e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  46.58 
 
 
517 aa  316  4e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  44.88 
 
 
442 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  46.42 
 
 
488 aa  305  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.62 
 
 
465 aa  300  3e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  44.07 
 
 
453 aa  299  8e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  44.95 
 
 
413 aa  292  6e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.69 
 
 
433 aa  280  3e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  43.45 
 
 
405 aa  276  6e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.85 
 
 
447 aa  268  1e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  44.5 
 
 
440 aa  268  1e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.71 
 
 
420 aa  268  1e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  38.53 
 
 
490 aa  258  1e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  42.89 
 
 
401 aa  256  4e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  42.2 
 
 
430 aa  256  5e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  40.59 
 
 
405 aa  231  3e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  41.03 
 
 
402 aa  229  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  38.76 
 
 
404 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  38.97 
 
 
404 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  38.97 
 
 
404 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  33.65 
 
 
405 aa  218  1e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  39.26 
 
 
395 aa  216  9e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  35.85 
 
 
422 aa  210  5e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  29.45 
 
 
454 aa  208  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  33.89 
 
 
471 aa  203  5e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  33.18 
 
 
419 aa  200  3.9999999999999996e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  29.66 
 
 
453 aa  199  7.999999999999999e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  28.96 
 
 
454 aa  199  7.999999999999999e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  29.05 
 
 
460 aa  194  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  26.93 
 
 
419 aa  193  5e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  30.22 
 
 
397 aa  191  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  27.23 
 
 
435 aa  191  2e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  33.03 
 
 
434 aa  191  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  32.91 
 
 
473 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.66 
 
 
444 aa  190  5e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.43 
 
 
443 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  29.5 
 
 
439 aa  186  6e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  32.18 
 
 
436 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.34 
 
 
442 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  32.81 
 
 
438 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  31.32 
 
 
441 aa  184  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  29.5 
 
 
439 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.37 
 
 
468 aa  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  29.71 
 
 
457 aa  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  29.23 
 
 
460 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.29 
 
 
449 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  27.62 
 
 
453 aa  178  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.35 
 
 
450 aa  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.15 
 
 
449 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  33.49 
 
 
437 aa  178  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.96 
 
 
463 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.12 
 
 
450 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.96 
 
 
463 aa  177  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.89 
 
 
450 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  28.38 
 
 
446 aa  176  8e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  28.8 
 
 
439 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.67 
 
 
450 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  27.25 
 
 
459 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  25.95 
 
 
446 aa  173  3.9999999999999995e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.84 
 
 
455 aa  173  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  27.56 
 
 
452 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.67 
 
 
450 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32 
 
 
455 aa  172  9e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  32.73 
 
 
438 aa  172  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  29.68 
 
 
439 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  28.79 
 
 
470 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.47 
 
 
445 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.51 
 
 
449 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.92 
 
 
441 aa  170  5e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0844867 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.32 
 
 
445 aa  170  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.12 
 
 
443 aa  169  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  26.91 
 
 
468 aa  168  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  33.41 
 
 
461 aa  168  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  32.07 
 
 
407 aa  169  1e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  32.23 
 
 
468 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  30.75 
 
 
446 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.88 
 
 
439 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  29.86 
 
 
462 aa  167  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  32.64 
 
 
439 aa  167  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  34.63 
 
 
443 aa  166  5.9999999999999996e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0590  RNA methyltransferase, TrmA family  33.26 
 
 
452 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.121199 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  24.02 
 
 
415 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  31.84 
 
 
378 aa  166  8e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.41 
 
 
440 aa  166  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  31.43 
 
 
495 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  30.54 
 
 
488 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  31.28 
 
 
446 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>