More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1488 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  89.93 
 
 
417 aa  658    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  100 
 
 
412 aa  798    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.89 
 
 
449 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  50.96 
 
 
419 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  49.64 
 
 
428 aa  351  1e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.87 
 
 
387 aa  344  2e-93  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  49.77 
 
 
455 aa  343  2.9999999999999997e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  52.76 
 
 
399 aa  339  5e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  49.5 
 
 
397 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  52.29 
 
 
440 aa  336  5e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  47.6 
 
 
415 aa  333  4e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.33 
 
 
407 aa  330  2e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.21 
 
 
411 aa  301  1e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  47.59 
 
 
488 aa  298  1e-79  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  47.46 
 
 
413 aa  296  7e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  48.37 
 
 
450 aa  293  5e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  46.38 
 
 
401 aa  276  5e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  43.8 
 
 
517 aa  275  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  45.15 
 
 
405 aa  263  4e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.5 
 
 
433 aa  258  2e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  40.67 
 
 
465 aa  251  2e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.17 
 
 
420 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  39.41 
 
 
453 aa  242  9e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  40.86 
 
 
442 aa  242  9e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.71 
 
 
447 aa  237  3e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  39.81 
 
 
405 aa  225  1e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  39.66 
 
 
404 aa  222  7e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  39.66 
 
 
404 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  39.66 
 
 
404 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  37.73 
 
 
440 aa  213  7e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.53 
 
 
430 aa  209  6e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  36.08 
 
 
422 aa  205  1e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  39.9 
 
 
395 aa  202  6e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  34.25 
 
 
471 aa  198  1.0000000000000001e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  38.08 
 
 
402 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  31.27 
 
 
397 aa  186  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  27.73 
 
 
454 aa  183  6e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  33.55 
 
 
490 aa  182  1e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  28.14 
 
 
405 aa  177  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  29.27 
 
 
419 aa  177  4e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  25.93 
 
 
453 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.75 
 
 
444 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  30.4 
 
 
439 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0970  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  33.33 
 
 
432 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  25.91 
 
 
435 aa  164  3e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  34.54 
 
 
443 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  38.46 
 
 
392 aa  162  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  24.45 
 
 
454 aa  158  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.15 
 
 
439 aa  157  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  24.6 
 
 
419 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2828  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  30.52 
 
 
440 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2450  RNA methyltransferase, TrmA family  30.52 
 
 
440 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.211683  normal  0.124468 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  24.22 
 
 
455 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  28.57 
 
 
395 aa  153  5e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  20.92 
 
 
415 aa  151  2e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  23.97 
 
 
468 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  29.98 
 
 
407 aa  151  2e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  23.28 
 
 
446 aa  150  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  24.22 
 
 
455 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  25.34 
 
 
446 aa  150  4e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.73 
 
 
449 aa  150  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  26.92 
 
 
439 aa  149  6e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2619  RNA methyltransferase  25.37 
 
 
404 aa  149  1.0000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.04 
 
 
468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1102  RNA methyltransferase, TrmA family  31.24 
 
 
446 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.15 
 
 
449 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  26.01 
 
 
439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  23.71 
 
 
485 aa  147  4.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  29.44 
 
 
437 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3390  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.37 
 
 
449 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02988  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  27.02 
 
 
457 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  30.67 
 
 
378 aa  145  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.9 
 
 
443 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0028  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.54 
 
 
434 aa  144  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2360  (Uracil-5)-methyltransferase  32.66 
 
 
438 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  27.46 
 
 
457 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.89 
 
 
450 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1898  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.56 
 
 
443 aa  144  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.75216  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0947  (Uracil-5)-methyltransferase  27.48 
 
 
393 aa  143  5e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.36 
 
 
444 aa  143  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  30.63 
 
 
436 aa  143  7e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.31 
 
 
513 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.75 
 
 
449 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  25.68 
 
 
459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.27 
 
 
445 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.26 
 
 
455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52190  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.66 
 
 
450 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.159289 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.08 
 
 
442 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  27.21 
 
 
446 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  29.33 
 
 
441 aa  140  3e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0855  RNA methyltransferase  30.79 
 
 
493 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  29.84 
 
 
439 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  25.9 
 
 
400 aa  140  3e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1504  (Uracil-5)-methyltransferase  32.66 
 
 
438 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.695075  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0590  RNA methyltransferase, TrmA family  30.31 
 
 
452 aa  139  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.121199 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  23.73 
 
 
460 aa  139  8.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1599  (Uracil-5)-methyltransferase  32.28 
 
 
438 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514377  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.55 
 
 
440 aa  138  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  19.78 
 
 
473 aa  138  2e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.12 
 
 
450 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>