More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3754 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  100 
 
 
433 aa  837    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  48.8 
 
 
399 aa  330  4e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  48.2 
 
 
411 aa  305  1.0000000000000001e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  45.66 
 
 
428 aa  300  3e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.9 
 
 
387 aa  300  4e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.76 
 
 
450 aa  294  2e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  45.69 
 
 
419 aa  292  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  45.29 
 
 
415 aa  291  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.07 
 
 
449 aa  287  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.46 
 
 
407 aa  286  4e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.82 
 
 
440 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  43.54 
 
 
413 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  43.08 
 
 
455 aa  285  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  43.19 
 
 
397 aa  273  3e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  42.17 
 
 
442 aa  269  8e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  44.52 
 
 
412 aa  257  3e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  39.77 
 
 
440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  38.65 
 
 
453 aa  239  5.999999999999999e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.15 
 
 
430 aa  238  1e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  43.79 
 
 
417 aa  236  8e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  41.81 
 
 
488 aa  236  8e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.48 
 
 
447 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.91 
 
 
465 aa  233  5e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  40.75 
 
 
401 aa  230  5e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.71 
 
 
420 aa  228  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  38.48 
 
 
405 aa  208  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  35.56 
 
 
490 aa  206  7e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  35.75 
 
 
404 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  35.75 
 
 
404 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  35.75 
 
 
404 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  35.46 
 
 
405 aa  195  1e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  35.63 
 
 
422 aa  191  2e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  33.2 
 
 
471 aa  181  2e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  34.78 
 
 
395 aa  178  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  31.85 
 
 
397 aa  177  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  35.75 
 
 
402 aa  176  7e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  29.98 
 
 
405 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  33.41 
 
 
443 aa  163  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  31.07 
 
 
419 aa  160  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  52.38 
 
 
517 aa  159  7e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.47 
 
 
513 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  29.54 
 
 
460 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  33.26 
 
 
439 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.36 
 
 
468 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  30.86 
 
 
436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  24.49 
 
 
435 aa  145  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  28.88 
 
 
395 aa  144  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  26.91 
 
 
446 aa  144  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  30.3 
 
 
461 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  30.3 
 
 
461 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  25.56 
 
 
454 aa  143  7e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.3 
 
 
460 aa  142  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2194  RNA methyltransferase  28.34 
 
 
407 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.46 
 
 
442 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  34.81 
 
 
392 aa  140  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  28.29 
 
 
439 aa  140  6e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  27.33 
 
 
439 aa  139  7e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  28.6 
 
 
453 aa  139  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.01 
 
 
445 aa  139  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  27.47 
 
 
458 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  28.81 
 
 
407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  23.56 
 
 
419 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  22.7 
 
 
446 aa  136  6.0000000000000005e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3618  RNA methyltransferase  29.75 
 
 
424 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.22847  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  23.56 
 
 
452 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.18 
 
 
455 aa  134  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  28.82 
 
 
378 aa  133  6e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  28.1 
 
 
459 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4218  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.18 
 
 
461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.076322  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  29.8 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.44 
 
 
455 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  26.94 
 
 
458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  28.76 
 
 
439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  27.79 
 
 
400 aa  130  6e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.93 
 
 
443 aa  130  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  24.07 
 
 
451 aa  129  8.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.07 
 
 
455 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0028  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.24 
 
 
434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0947  (Uracil-5)-methyltransferase  28.67 
 
 
393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  29.82 
 
 
455 aa  128  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  25 
 
 
455 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.54 
 
 
445 aa  128  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  24.34 
 
 
451 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.44 
 
 
440 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  27.85 
 
 
457 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  26.85 
 
 
453 aa  126  7e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  26.85 
 
 
453 aa  126  7e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  29.92 
 
 
468 aa  126  7e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.6 
 
 
443 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  28.54 
 
 
438 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  27.39 
 
 
458 aa  125  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  20.51 
 
 
415 aa  125  2e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  27.17 
 
 
454 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.93 
 
 
444 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  30 
 
 
457 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.82 
 
 
439 aa  124  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.85 
 
 
449 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  27.06 
 
 
458 aa  124  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.57 
 
 
444 aa  123  5e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  27.39 
 
 
454 aa  123  5e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>