More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0493 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  100 
 
 
471 aa  955    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  54.89 
 
 
422 aa  486  1e-136  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  40.72 
 
 
442 aa  293  4e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  37.29 
 
 
430 aa  259  1e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  40.81 
 
 
447 aa  256  8e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  37.95 
 
 
405 aa  246  8e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.53 
 
 
420 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  35.12 
 
 
407 aa  227  4e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  36.14 
 
 
453 aa  226  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.02 
 
 
465 aa  222  9.999999999999999e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  36.29 
 
 
455 aa  221  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  37.39 
 
 
413 aa  209  1e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  36.36 
 
 
450 aa  207  2e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  35.07 
 
 
415 aa  206  7e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  36.5 
 
 
399 aa  205  1e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  33.54 
 
 
419 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  34.74 
 
 
428 aa  200  3.9999999999999996e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  33.27 
 
 
490 aa  195  1e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  33.61 
 
 
449 aa  194  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  32.75 
 
 
387 aa  193  7e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  33.89 
 
 
440 aa  189  9e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  33.41 
 
 
411 aa  185  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  32.76 
 
 
397 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  31.87 
 
 
440 aa  179  9e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  31.56 
 
 
401 aa  177  3e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  33.19 
 
 
412 aa  176  6e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  33.05 
 
 
433 aa  169  8e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  32.84 
 
 
417 aa  155  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  30.53 
 
 
402 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  28.51 
 
 
404 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  28.3 
 
 
404 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  28.3 
 
 
404 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  27.82 
 
 
473 aa  143  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  31.34 
 
 
488 aa  142  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  27.88 
 
 
405 aa  138  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  27.51 
 
 
439 aa  137  5e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  24.7 
 
 
435 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  27.71 
 
 
439 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  23.67 
 
 
473 aa  134  5e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  24.55 
 
 
446 aa  132  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  24.8 
 
 
444 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  23.42 
 
 
419 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  27.59 
 
 
436 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  27.98 
 
 
395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  28.03 
 
 
437 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  27.96 
 
 
443 aa  127  5e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.22 
 
 
440 aa  127  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  25.5 
 
 
468 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.75 
 
 
441 aa  125  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0844867 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  26.45 
 
 
439 aa  124  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  23.9 
 
 
454 aa  123  7e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  27.41 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  25.41 
 
 
446 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  27.08 
 
 
446 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2194  RNA methyltransferase  25.58 
 
 
407 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  26.09 
 
 
461 aa  118  1.9999999999999998e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  25.71 
 
 
443 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.01 
 
 
449 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  26.93 
 
 
438 aa  117  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  26.68 
 
 
397 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08576  putative RNA methyltransferase  21.22 
 
 
470 aa  116  6.9999999999999995e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.695835  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  24.05 
 
 
454 aa  116  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  25.63 
 
 
407 aa  116  8.999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  24.69 
 
 
442 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  21.66 
 
 
446 aa  115  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  24.39 
 
 
439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  25.91 
 
 
479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  30.69 
 
 
392 aa  114  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  27.04 
 
 
441 aa  114  4.0000000000000004e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  23.64 
 
 
460 aa  114  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  27.18 
 
 
434 aa  114  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.8 
 
 
463 aa  114  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.8 
 
 
463 aa  114  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  22.48 
 
 
415 aa  113  9e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  25.31 
 
 
419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  24.4 
 
 
455 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.56 
 
 
439 aa  111  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  24.56 
 
 
458 aa  111  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  26.2 
 
 
438 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  22.31 
 
 
451 aa  110  5e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  24.35 
 
 
453 aa  110  5e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.32 
 
 
443 aa  110  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  22.66 
 
 
448 aa  110  7.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  24.4 
 
 
455 aa  110  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2500  RNA methyltransferase  22.29 
 
 
470 aa  109  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0384  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.83 
 
 
516 aa  108  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00397678  unclonable  0.000000000598014 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0603  (Uracil-5)-methyltransferase  26.86 
 
 
416 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.675501 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  24.8 
 
 
459 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.5 
 
 
439 aa  108  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  24.48 
 
 
459 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1095  RNA methyltransferase  25.38 
 
 
465 aa  108  3e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.31205 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3004  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.1 
 
 
441 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202299  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  23.41 
 
 
453 aa  107  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  24.26 
 
 
395 aa  107  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  23.09 
 
 
445 aa  107  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2518  RNA methyltransferase  23.2 
 
 
479 aa  107  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  24.75 
 
 
459 aa  106  7e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  24.75 
 
 
459 aa  106  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  24.6 
 
 
459 aa  106  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  24.6 
 
 
459 aa  106  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>