More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1914 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  100 
 
 
447 aa  855    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  66.59 
 
 
442 aa  538  9.999999999999999e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  65.64 
 
 
420 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  57.38 
 
 
405 aa  390  1e-107  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.74 
 
 
430 aa  364  1e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.76 
 
 
450 aa  327  3e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  46.77 
 
 
455 aa  309  6.999999999999999e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  44.19 
 
 
422 aa  305  8.000000000000001e-82  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.45 
 
 
465 aa  303  5.000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.65 
 
 
407 aa  300  5e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  49.64 
 
 
399 aa  298  2e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  44.6 
 
 
415 aa  295  1e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  45.61 
 
 
453 aa  294  2e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  47.14 
 
 
428 aa  292  1e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.82 
 
 
411 aa  288  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  44.87 
 
 
413 aa  287  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.91 
 
 
490 aa  281  2e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  44.85 
 
 
419 aa  278  1e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.1 
 
 
449 aa  278  1e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  45.06 
 
 
387 aa  274  3e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  45.61 
 
 
397 aa  271  1e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  41.03 
 
 
471 aa  271  2e-71  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.68 
 
 
440 aa  269  5.9999999999999995e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  43.74 
 
 
440 aa  262  8e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  41.27 
 
 
405 aa  243  6e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  41.18 
 
 
404 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  41.41 
 
 
517 aa  238  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  41.18 
 
 
404 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  41.18 
 
 
404 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.71 
 
 
433 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  45.71 
 
 
412 aa  233  5e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  41.56 
 
 
488 aa  223  4.9999999999999996e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  46.19 
 
 
417 aa  218  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.05 
 
 
401 aa  216  5e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  39.38 
 
 
395 aa  207  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  38.92 
 
 
402 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  36.64 
 
 
443 aa  176  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  27 
 
 
454 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  32.81 
 
 
436 aa  159  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  26.76 
 
 
419 aa  158  1e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  31.58 
 
 
419 aa  157  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  23.11 
 
 
473 aa  155  1e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  28.14 
 
 
460 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  24.3 
 
 
446 aa  155  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.35 
 
 
468 aa  155  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  27.49 
 
 
460 aa  151  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.87 
 
 
442 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  29.8 
 
 
378 aa  148  2.0000000000000003e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  29.32 
 
 
457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  32.95 
 
 
439 aa  147  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.52 
 
 
444 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.04 
 
 
450 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.82 
 
 
450 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.82 
 
 
450 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  39.02 
 
 
392 aa  145  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  27.25 
 
 
468 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.93 
 
 
463 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.82 
 
 
450 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.07 
 
 
455 aa  143  6e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  27.9 
 
 
459 aa  142  8e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  30.6 
 
 
473 aa  142  9e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.93 
 
 
463 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.48 
 
 
449 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  26.56 
 
 
446 aa  141  1.9999999999999998e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  23.54 
 
 
451 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  28.57 
 
 
405 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.04 
 
 
450 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  28.88 
 
 
457 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.72 
 
 
444 aa  140  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.67 
 
 
443 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  30.25 
 
 
434 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.34 
 
 
443 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  28.82 
 
 
460 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.54 
 
 
445 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.25 
 
 
449 aa  137  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  26.51 
 
 
455 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  25.6 
 
 
460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  26.27 
 
 
458 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  26.39 
 
 
453 aa  133  7.999999999999999e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.48 
 
 
513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0615  RNA methyltransferase  28.09 
 
 
423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13964  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  26.37 
 
 
458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0344  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.1 
 
 
512 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.660641  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  28.39 
 
 
441 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  25.83 
 
 
458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  26.37 
 
 
458 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  26.37 
 
 
458 aa  131  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  29.52 
 
 
456 aa  131  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  26.37 
 
 
458 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  26.37 
 
 
458 aa  131  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  25.17 
 
 
458 aa  131  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  26.22 
 
 
455 aa  131  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  29.56 
 
 
438 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  30.9 
 
 
465 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3004  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.11 
 
 
441 aa  130  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202299  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2194  RNA methyltransferase  28.33 
 
 
407 aa  130  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  31.89 
 
 
461 aa  129  7.000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  25.39 
 
 
454 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  25.17 
 
 
454 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  27.66 
 
 
493 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>