More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1523 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  100 
 
 
411 aa  813    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  59.66 
 
 
399 aa  443  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  53.48 
 
 
415 aa  382  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  50.48 
 
 
407 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  50.72 
 
 
419 aa  348  7e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.18 
 
 
440 aa  342  1e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  48.79 
 
 
428 aa  338  9.999999999999999e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.74 
 
 
449 aa  332  7.000000000000001e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  49.63 
 
 
387 aa  328  8e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  48.83 
 
 
455 aa  328  1.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  48.44 
 
 
450 aa  318  2e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  45.43 
 
 
442 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.61 
 
 
433 aa  300  3e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  44.1 
 
 
404 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  44.34 
 
 
404 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  44.34 
 
 
404 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  42.57 
 
 
517 aa  290  3e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  44.36 
 
 
397 aa  289  7e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  47.77 
 
 
412 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.98 
 
 
447 aa  285  8e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  46.76 
 
 
413 aa  283  6.000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  42.28 
 
 
405 aa  278  1e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  42.61 
 
 
395 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  49.75 
 
 
417 aa  269  7e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.97 
 
 
420 aa  268  2e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  43.58 
 
 
402 aa  262  8e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  43.77 
 
 
401 aa  258  9e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  40.84 
 
 
488 aa  258  2e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  39.51 
 
 
453 aa  245  9e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  40.77 
 
 
465 aa  245  9.999999999999999e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  41.79 
 
 
405 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  38.53 
 
 
422 aa  236  6e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  40.47 
 
 
430 aa  228  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  37.22 
 
 
443 aa  225  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  37.26 
 
 
490 aa  221  3e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  38.94 
 
 
440 aa  220  5e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1888  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.61 
 
 
392 aa  206  7e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0458735  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  33.05 
 
 
471 aa  187  4e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  28.44 
 
 
454 aa  182  8.000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  31.14 
 
 
405 aa  177  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.82 
 
 
444 aa  175  9.999999999999999e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  24.83 
 
 
435 aa  172  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  32.96 
 
 
438 aa  169  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  27.71 
 
 
457 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4045  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.5 
 
 
433 aa  167  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000364507  normal  0.378409 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  26.87 
 
 
460 aa  166  5e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.98 
 
 
455 aa  166  6.9999999999999995e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0903  RNA methyltransferase, TrmA family  32.27 
 
 
433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000019395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3089  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.65 
 
 
433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000243199  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0927  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.65 
 
 
433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000132702  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2929  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.27 
 
 
433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000010107  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  30.7 
 
 
436 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2923  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.27 
 
 
433 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164007  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  30.3 
 
 
457 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  30.02 
 
 
397 aa  164  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3088  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.95 
 
 
433 aa  164  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  27.74 
 
 
459 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  30.52 
 
 
419 aa  163  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  32.38 
 
 
473 aa  163  6e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.98 
 
 
442 aa  163  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  30.75 
 
 
407 aa  162  8.000000000000001e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  27.95 
 
 
454 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.41 
 
 
445 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02630  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  32.05 
 
 
433 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00985329  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  26.74 
 
 
453 aa  161  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02592  hypothetical protein  32.05 
 
 
433 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00971306  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  26.95 
 
 
453 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  25.58 
 
 
419 aa  161  3e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  27.15 
 
 
460 aa  160  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.12 
 
 
444 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.36 
 
 
443 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  25.78 
 
 
458 aa  159  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2058  RNA methyltransferase, TrmA family  32.88 
 
 
438 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.44 
 
 
449 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.03 
 
 
468 aa  158  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  27.97 
 
 
460 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.46 
 
 
455 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.54 
 
 
450 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  27.17 
 
 
458 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  27.17 
 
 
458 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.64 
 
 
450 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  27.39 
 
 
454 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.7 
 
 
463 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  27.17 
 
 
458 aa  156  6e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  27.17 
 
 
458 aa  156  6e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  27.03 
 
 
455 aa  156  6e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.64 
 
 
450 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1354  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  27.77 
 
 
456 aa  156  6e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.452487  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  27.17 
 
 
458 aa  156  8e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  27.17 
 
 
458 aa  156  8e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1435  RNA methyltransferase  25.55 
 
 
456 aa  155  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3237  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.89 
 
 
431 aa  155  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0193521  normal  0.0341148 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  32.13 
 
 
439 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  27.17 
 
 
458 aa  155  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3163  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.36 
 
 
431 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0558904  normal  0.0471726 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  27.01 
 
 
458 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3098  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.36 
 
 
431 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000185167  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  27.39 
 
 
454 aa  155  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0571  RNA methyltransferase, TrmA family  22 
 
 
473 aa  154  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  29.81 
 
 
465 aa  154  4e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>