More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1564 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  100 
 
 
450 aa  867    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  55.1 
 
 
455 aa  414  1e-114  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  55.95 
 
 
415 aa  389  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  53.19 
 
 
428 aa  374  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  52.14 
 
 
407 aa  362  6e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  54.44 
 
 
420 aa  362  7.0000000000000005e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  51.53 
 
 
399 aa  359  5e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  49.43 
 
 
442 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  51.06 
 
 
419 aa  348  1e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  48.07 
 
 
449 aa  345  1e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  48.19 
 
 
413 aa  336  5.999999999999999e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  45.68 
 
 
453 aa  334  2e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  48.94 
 
 
397 aa  333  4e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.76 
 
 
447 aa  325  9e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  44.67 
 
 
465 aa  323  3e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.79 
 
 
411 aa  317  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  50.47 
 
 
440 aa  315  9.999999999999999e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  47.07 
 
 
405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  49.64 
 
 
401 aa  313  3.9999999999999997e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  46.35 
 
 
488 aa  303  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  42.52 
 
 
490 aa  303  4.0000000000000003e-81  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  45.79 
 
 
517 aa  302  7.000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46 
 
 
387 aa  302  9e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.9 
 
 
433 aa  295  1e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  48.37 
 
 
412 aa  294  2e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  49.77 
 
 
417 aa  286  7e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.15 
 
 
430 aa  283  5.000000000000001e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  41.99 
 
 
440 aa  253  5.000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  37.47 
 
 
422 aa  227  4e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  36.36 
 
 
471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  38.73 
 
 
404 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  38.5 
 
 
404 aa  219  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  38.5 
 
 
404 aa  219  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  37.32 
 
 
405 aa  213  5.999999999999999e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  36.67 
 
 
395 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  36.97 
 
 
402 aa  193  5e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  30.32 
 
 
454 aa  189  7e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  30.7 
 
 
405 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  26.74 
 
 
419 aa  172  1e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  31.15 
 
 
397 aa  169  9e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.95 
 
 
449 aa  169  9e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  27.99 
 
 
435 aa  169  1e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  30.21 
 
 
439 aa  169  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3456  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.23 
 
 
449 aa  168  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0344  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.4 
 
 
512 aa  167  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.660641  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.25 
 
 
463 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  25.81 
 
 
454 aa  167  4e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.24 
 
 
455 aa  167  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  30.3 
 
 
457 aa  167  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.25 
 
 
463 aa  167  5e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.84 
 
 
439 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  32.08 
 
 
419 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0378  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.33 
 
 
513 aa  164  3e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0129185 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  26.99 
 
 
460 aa  163  6e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.17 
 
 
468 aa  163  7e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  28.29 
 
 
458 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  31.6 
 
 
436 aa  161  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  25.81 
 
 
455 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.1 
 
 
442 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  29.28 
 
 
446 aa  160  6e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  30.84 
 
 
407 aa  159  9e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.91 
 
 
450 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.85 
 
 
450 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.43 
 
 
444 aa  158  2e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.8 
 
 
445 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  35.81 
 
 
443 aa  157  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.42 
 
 
450 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  22.25 
 
 
415 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.14 
 
 
449 aa  156  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  34.44 
 
 
445 aa  156  8e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.45 
 
 
444 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.63 
 
 
450 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0138  (Uracil-5)-methyltransferase  30.13 
 
 
441 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00300358 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  28.08 
 
 
460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.39 
 
 
449 aa  153  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  27.68 
 
 
453 aa  153  5e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.63 
 
 
450 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  27.83 
 
 
453 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  29.62 
 
 
438 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  26.88 
 
 
459 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  30.43 
 
 
457 aa  150  5e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  29.61 
 
 
473 aa  150  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  27.86 
 
 
443 aa  150  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  26.16 
 
 
448 aa  149  7e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.7 
 
 
443 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  29.42 
 
 
439 aa  149  8e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30 
 
 
440 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.36 
 
 
444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  23.52 
 
 
446 aa  148  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  29 
 
 
439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  27.63 
 
 
451 aa  147  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  27.9 
 
 
453 aa  147  3e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  33.12 
 
 
465 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  27.67 
 
 
458 aa  147  5e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02630  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  29.98 
 
 
433 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00985329  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02592  hypothetical protein  29.98 
 
 
433 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00971306  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0428  RNA methyltransferase, TrmA family  27.29 
 
 
460 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  26.61 
 
 
468 aa  145  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3390  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.45 
 
 
449 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02988  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  30.41 
 
 
456 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>