More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5346 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5346  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 763 aa  1569    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3315  TonB-dependent receptor, plug  32.44 
 
 		 781 aa  382  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2516  TonB-dependent receptor plug  31.5 
 
 		 772 aa  322  9.999999999999999e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 798 aa  322  1.9999999999999998e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04095  putative TonB-linked outer membrane receptor  29.27 
 
 		 767 aa  313  1e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.221249  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  31 
 
 		 791 aa  299  2e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  30.76 
 
 		 1117 aa  297  6e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  29.01 
 
 		 782 aa  286  7e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4269  TonB-dependent receptor, plug  29.26 
 
 		 797 aa  286  9e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  28.21 
 
 		 799 aa  276  2.0000000000000002e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3179  TonB-dependent receptor, plug  29.26 
 
 		 788 aa  275  3e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4071  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 792 aa  265  2e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0621  TonB-dependent receptor plug  29.03 
 
 		 713 aa  265  3e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2028  TonB family protein  28.03 
 
 		 960 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.38309 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1669  TonB-dependent receptor plug  25.89 
 
 		 823 aa  194  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.306127 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 917 aa  86.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  28.02 
 
 		 769 aa  80.1  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  28.63 
 
 		 861 aa  77.4  0.0000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  26.24 
 
 		 760 aa  76.6  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  24.88 
 
 		 748 aa  77  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  24.26 
 
 		 753 aa  75.1  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 733 aa  73.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  29.41 
 
 		 618 aa  72.8  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6129  TonB-dependent receptor plug  26.63 
 
 		 721 aa  72  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4648  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 653 aa  72  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34211  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  27.18 
 
 		 848 aa  70.5  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 757 aa  70.5  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.71 
 
 		 631 aa  68.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.65 
 
 		 631 aa  67  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  24.38 
 
 		 613 aa  67  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 763 aa  67.4  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 836 aa  66.6  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0932  TonB-dependent receptor plug  30.48 
 
 		 1012 aa  66.2  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.112276  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 778 aa  66.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 734 aa  66.2  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  20.86 
 
 		 750 aa  65.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  25.74 
 
 		 645 aa  65.1  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1897  TonB-dependent receptor plug  27.23 
 
 		 1102 aa  65.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.734415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  28.76 
 
 		 776 aa  65.1  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2818  TonB-dependent receptor, plug  34.19 
 
 		 691 aa  65.1  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 920 aa  64.7  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  27.31 
 
 		 747 aa  64.7  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3092  TonB-dependent receptor, plug  27.31 
 
 		 726 aa  64.7  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 763 aa  64.3  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2172  TonB-dependent receptor, plug  32.48 
 
 		 687 aa  63.5  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.36 
 
 		 631 aa  63.9  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 688 aa  63.5  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5092  TonB-dependent receptor plug  26.51 
 
 		 988 aa  63.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.303703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0203  TonB-dependent receptor, plug  29.32 
 
 		 700 aa  62.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.583502  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  27.36 
 
 		 817 aa  62  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  22.34 
 
 		 807 aa  61.6  0.00000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 614 aa  61.6  0.00000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 641 aa  61.6  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 		 707 aa  61.2  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  26.24 
 
 		 623 aa  61.2  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 828 aa  61.2  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  25.87 
 
 		 795 aa  60.8  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  26.88 
 
 		 647 aa  60.8  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 611 aa  60.8  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6039  TonB-dependent receptor plug  30.67 
 
 		 1059 aa  60.5  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.29047  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  21.83 
 
 		 757 aa  60.1  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0363  TonB-dependent receptor plug  25.49 
 
 		 649 aa  60.1  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  30.43 
 
 		 651 aa  60.5  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  27.54 
 
 		 628 aa  60.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  27.78 
 
 		 676 aa  60.1  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 626 aa  60.8  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 626 aa  60.8  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  26.12 
 
 		 620 aa  59.7  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6791  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 		 1138 aa  59.7  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00672159 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  24.09 
 
 		 932 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 759 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  27.94 
 
 		 627 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  28.67 
 
 		 623 aa  60.1  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 1004 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.21 
 
 		 615 aa  59.3  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 705 aa  58.9  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 627 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3462  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 668 aa  58.9  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 873 aa  58.9  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.58 
 
 		 614 aa  59.3  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.35 
 
 		 623 aa  59.3  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  30.88 
 
 		 650 aa  59.3  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4039  TonB-dependent siderophore receptor  26.97 
 
 		 814 aa  58.9  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3613  TonB-dependent receptor plug  27.93 
 
 		 664 aa  58.5  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659898  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1572  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 780 aa  58.5  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0693034  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3545  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 666 aa  58.5  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 697 aa  58.9  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  23.18 
 
 		 918 aa  58.5  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 613 aa  58.2  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1487  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 		 958 aa  58.2  0.0000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  24.72 
 
 		 663 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  24.72 
 
 		 663 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  24.72 
 
 		 659 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  24.72 
 
 		 663 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1328  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 798 aa  57.8  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0322179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  24.72 
 
 		 663 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7219  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 698 aa  57.8  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  24.72 
 
 		 663 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6547  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 		 791 aa  57.8  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.32752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  24.72 
 
 		 663 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>