More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1669 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4071  TonB-dependent receptor  43.27 
 
 		 792 aa  656    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1669  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 823 aa  1691    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.306127 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  31.67 
 
 		 782 aa  346  1e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  30.76 
 
 		 798 aa  332  2e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  29.53 
 
 		 791 aa  303  1e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4269  TonB-dependent receptor, plug  28.43 
 
 		 797 aa  296  1e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  28.47 
 
 		 799 aa  293  1e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2516  TonB-dependent receptor plug  28.91 
 
 		 772 aa  286  8e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  29.77 
 
 		 1117 aa  263  1e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0621  TonB-dependent receptor plug  27.51 
 
 		 713 aa  228  2e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3315  TonB-dependent receptor, plug  28.73 
 
 		 781 aa  220  1e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3179  TonB-dependent receptor, plug  25.84 
 
 		 788 aa  219  2e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04095  putative TonB-linked outer membrane receptor  25.31 
 
 		 767 aa  210  9e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.221249  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5346  TonB-dependent receptor plug  25.89 
 
 		 763 aa  194  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2028  TonB family protein  25.18 
 
 		 960 aa  186  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.38309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  27.69 
 
 		 932 aa  80.5  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  27.96 
 
 		 748 aa  76.6  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  25.09 
 
 		 833 aa  73.2  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  26.49 
 
 		 776 aa  72.4  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 778 aa  72  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 		 795 aa  71.6  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 735 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.27 
 
 		 645 aa  69.3  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 642 aa  68.9  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2710  TonB-dependent receptor plug  27.43 
 
 		 1127 aa  67.4  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.302213  normal  0.762273 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 638 aa  65.9  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 699 aa  65.9  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  27.31 
 
 		 769 aa  65.9  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.21 
 
 		 631 aa  65.9  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3545  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 666 aa  65.5  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3613  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 664 aa  65.5  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659898  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 642 aa  65.1  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3462  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 668 aa  65.1  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  23.74 
 
 		 753 aa  64.7  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 642 aa  64.3  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 624 aa  64.3  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  24.69 
 
 		 817 aa  63.9  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  24.12 
 
 		 750 aa  63.9  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4648  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 653 aa  62.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5776  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 779 aa  62.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  28.83 
 
 		 597 aa  63.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  24.12 
 
 		 760 aa  62.4  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 638 aa  62  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  31.13 
 
 		 611 aa  62.4  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  28.39 
 
 		 618 aa  62  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0685  TonB-dependent siderophore receptor  24.34 
 
 		 781 aa  61.6  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00630295  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 642 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 642 aa  62  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 642 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 943 aa  61.2  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  27.89 
 
 		 646 aa  61.2  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  32.17 
 
 		 613 aa  61.2  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.7 
 
 		 614 aa  60.8  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 821 aa  60.8  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.83 
 
 		 614 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 757 aa  60.8  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  24.31 
 
 		 638 aa  60.8  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.07 
 
 		 614 aa  60.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.59 
 
 		 614 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.83 
 
 		 614 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 698 aa  60.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.07 
 
 		 614 aa  60.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.83 
 
 		 614 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.83 
 
 		 614 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.07 
 
 		 614 aa  60.1  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.07 
 
 		 614 aa  60.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  24.71 
 
 		 962 aa  60.8  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.07 
 
 		 614 aa  60.1  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5798  TonB-dependent receptor plug  25.35 
 
 		 1202 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.887115  normal  0.170321 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  24.87 
 
 		 706 aa  59.7  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3121  TonB-dependent siderophore receptor  26.12 
 
 		 809 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0363  TonB-dependent receptor plug  26.14 
 
 		 649 aa  59.7  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  29.33 
 
 		 656 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3318  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.13 
 
 		 623 aa  58.9  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  24 
 
 		 812 aa  59.3  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.01 
 
 		 615 aa  59.3  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0635  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 720 aa  58.9  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  27.51 
 
 		 617 aa  58.9  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 617 aa  58.9  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  28.66 
 
 		 619 aa  58.9  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  24.77 
 
 		 783 aa  58.5  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  25.79 
 
 		 611 aa  58.5  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.72 
 
 		 631 aa  58.5  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  31.3 
 
 		 628 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.97 
 
 		 631 aa  58.2  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  23.84 
 
 		 861 aa  58.2  0.0000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1897  TonB-dependent receptor plug  23.17 
 
 		 1102 aa  58.2  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.734415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  35.23 
 
 		 697 aa  57.8  0.0000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  32.57 
 
 		 593 aa  57.8  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 692 aa  57.8  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 924 aa  57.8  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  25.88 
 
 		 695 aa  57.8  0.0000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  26.67 
 
 		 848 aa  57.4  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5278  TonB-dependent receptor plug  28 
 
 		 1163 aa  57  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.054683  normal  0.154876 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0798  hypothetical protein  28.79 
 
 		 720 aa  57  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6808  TonB-dependent receptor plug  26.12 
 
 		 1040 aa  57.4  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.14685  hitchhiker  0.0000111053 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.95 
 
 		 614 aa  57  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3191  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 720 aa  57  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126534  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3315  TonB-dependent receptor plug  28.43 
 
 		 650 aa  57  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>