More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4648 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4648  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 653 aa  1332    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7219  TonB-dependent receptor  50.6 
 
 		 698 aa  634  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0653  TonB-dependent receptor  29.98 
 
 		 675 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 699 aa  99.4  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  24.85 
 
 		 661 aa  99.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  24.69 
 
 		 698 aa  95.9  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  23.88 
 
 		 666 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.88 
 
 		 666 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  23.88 
 
 		 666 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  26.29 
 
 		 700 aa  95.5  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  34.44 
 
 		 647 aa  94.4  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  23.74 
 
 		 666 aa  93.6  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  31.5 
 
 		 653 aa  92.8  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  24.04 
 
 		 597 aa  90.9  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  24.16 
 
 		 663 aa  89  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  24.59 
 
 		 636 aa  89.4  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  24.16 
 
 		 663 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  24.16 
 
 		 663 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  24.16 
 
 		 663 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  24.16 
 
 		 659 aa  89  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  24.16 
 
 		 663 aa  88.2  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  24.16 
 
 		 663 aa  88.2  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  35.95 
 
 		 651 aa  87.8  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1301  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 634 aa  87  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  24.85 
 
 		 753 aa  86.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  37.31 
 
 		 697 aa  84.3  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  36.59 
 
 		 1128 aa  84  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  37.12 
 
 		 688 aa  84  0.000000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  36.57 
 
 		 620 aa  83.2  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25.55 
 
 		 646 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  24.17 
 
 		 693 aa  83.2  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  22.49 
 
 		 627 aa  82.4  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  24.41 
 
 		 652 aa  82.4  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  31.79 
 
 		 760 aa  82  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.33 
 
 		 1023 aa  81.6  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  24.45 
 
 		 646 aa  81.3  0.00000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  32.9 
 
 		 653 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  37.12 
 
 		 621 aa  81.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  32.1 
 
 		 707 aa  81.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 798 aa  80.9  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 694 aa  80.9  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1001  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 628 aa  80.5  0.00000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.11298  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  32.26 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 702 aa  79.3  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  32.58 
 
 		 799 aa  79.3  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  23.29 
 
 		 695 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 619 aa  79.3  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  34.09 
 
 		 617 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  32.07 
 
 		 649 aa  79  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1206  putative TonB-dependent receptor  35.88 
 
 		 688 aa  78.2  0.0000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 681 aa  78.2  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  31.06 
 
 		 732 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  23.72 
 
 		 628 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  23.73 
 
 		 647 aa  77.8  0.0000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  39.01 
 
 		 751 aa  77.8  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 842 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  32.45 
 
 		 641 aa  77.8  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  32.72 
 
 		 698 aa  76.6  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  32.58 
 
 		 791 aa  76.6  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  32.72 
 
 		 698 aa  76.6  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  31.13 
 
 		 650 aa  76.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  32.72 
 
 		 698 aa  76.6  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.81 
 
 		 619 aa  77  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  31.13 
 
 		 650 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  31.13 
 
 		 650 aa  76.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  31.13 
 
 		 650 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0621  TonB-dependent receptor plug  33.59 
 
 		 713 aa  76.6  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  31.47 
 
 		 750 aa  76.6  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  31.13 
 
 		 650 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 593 aa  77  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 679 aa  75.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  34.75 
 
 		 848 aa  76.3  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 		 705 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  32.61 
 
 		 647 aa  76.3  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  34.35 
 
 		 614 aa  76.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.83 
 
 		 613 aa  75.5  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  39.01 
 
 		 668 aa  75.9  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2871  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 935 aa  75.5  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4071  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 792 aa  75.5  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  31.51 
 
 		 634 aa  75.1  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  23.37 
 
 		 641 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  24.28 
 
 		 639 aa  74.7  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  21.81 
 
 		 639 aa  74.7  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  34.4 
 
 		 782 aa  74.7  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  33.33 
 
 		 659 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 658 aa  74.3  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  22.22 
 
 		 677 aa  74.3  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 748 aa  74.3  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  32.62 
 
 		 624 aa  73.9  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0883  ferric enterobactin receptor, putative  27.42 
 
 		 627 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.277897  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  35.11 
 
 		 650 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  21.7 
 
 		 662 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  33.09 
 
 		 678 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1064  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 661 aa  73.2  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00188221  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  32.2 
 
 		 653 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  26.87 
 
 		 655 aa  72.4  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1518  TonB-dependent receptor plug  33.56 
 
 		 727 aa  72.8  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  35.48 
 
 		 650 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  21.51 
 
 		 662 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  23.32 
 
 		 617 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>