279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3177 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  100 
 
 		 483 aa  978    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  65.5 
 
 		 483 aa  631  1e-180  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.76 
 
 		 497 aa  531  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  55.1 
 
 		 490 aa  526  1e-148  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.12 
 
 		 488 aa  482  1e-135  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  49.69 
 
 		 484 aa  480  1e-134  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.64 
 
 		 486 aa  477  1e-133  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  51.33 
 
 		 479 aa  447  1.0000000000000001e-124  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.79 
 
 		 522 aa  421  1e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  47.36 
 
 		 485 aa  404  1e-111  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.79 
 
 		 480 aa  389  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.66 
 
 		 484 aa  294  2e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  36.2 
 
 		 475 aa  290  5.0000000000000004e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.2 
 
 		 475 aa  290  5.0000000000000004e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38 
 
 		 482 aa  288  1e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  38.16 
 
 		 480 aa  287  4e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  34.11 
 
 		 507 aa  286  8e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  35.48 
 
 		 482 aa  282  8.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  35.57 
 
 		 497 aa  282  9e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  35.65 
 
 		 511 aa  281  3e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  35.12 
 
 		 511 aa  280  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  35.04 
 
 		 497 aa  279  8e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  34.72 
 
 		 497 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  37.18 
 
 		 485 aa  278  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  36.9 
 
 		 481 aa  278  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  35.25 
 
 		 493 aa  276  5e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  34.78 
 
 		 497 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  34.78 
 
 		 497 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  35.77 
 
 		 481 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 508 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  34.86 
 
 		 489 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  35.28 
 
 		 477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  35.28 
 
 		 477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  35.28 
 
 		 477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  35.28 
 
 		 477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  35.08 
 
 		 477 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.76 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  35.02 
 
 		 478 aa  271  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.75 
 
 		 484 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  34.19 
 
 		 497 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  34.55 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  34.55 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 477 aa  270  5e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  37.25 
 
 		 478 aa  270  5.9999999999999995e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  34.83 
 
 		 477 aa  269  7e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  35.51 
 
 		 477 aa  268  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  35.51 
 
 		 477 aa  268  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.27 
 
 		 489 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.01 
 
 		 494 aa  267  2.9999999999999995e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  34.39 
 
 		 497 aa  267  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  34.22 
 
 		 477 aa  266  8.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  35.09 
 
 		 483 aa  265  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.55 
 
 		 515 aa  264  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  35.87 
 
 		 487 aa  264  3e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.36 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.25 
 
 		 477 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.25 
 
 		 477 aa  261  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  35.27 
 
 		 461 aa  261  2e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.25 
 
 		 477 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  33.14 
 
 		 505 aa  259  5.0000000000000005e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  35.53 
 
 		 488 aa  260  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  32.57 
 
 		 499 aa  259  7e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  33.2 
 
 		 493 aa  259  7e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.54 
 
 		 453 aa  259  9e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.8 
 
 		 491 aa  258  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  33.95 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.08 
 
 		 482 aa  258  2e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  34.39 
 
 		 497 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.48 
 
 		 474 aa  256  4e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  34.66 
 
 		 489 aa  257  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  32.7 
 
 		 503 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.21 
 
 		 510 aa  256  6e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  34.52 
 
 		 489 aa  256  8e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.28 
 
 		 482 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.98 
 
 		 497 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  31.8 
 
 		 513 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  32.68 
 
 		 492 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  34 
 
 		 489 aa  255  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.99 
 
 		 470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  33.07 
 
 		 488 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  32.7 
 
 		 503 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 513 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 502 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 502 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 502 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  33.73 
 
 		 491 aa  253  5.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 513 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33 
 
 		 480 aa  253  7e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 502 aa  253  7e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 513 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.46 
 
 		 505 aa  252  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  33.47 
 
 		 478 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  35.1 
 
 		 494 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.67 
 
 		 497 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.57 
 
 		 472 aa  251  3e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>