279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0403 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 488 aa  993    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  68.1 
 
 		 486 aa  679    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  65.57 
 
 		 484 aa  658    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  53.4 
 
 		 490 aa  504  1e-141  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.12 
 
 		 497 aa  468  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  50.61 
 
 		 483 aa  456  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.31 
 
 		 483 aa  450  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  42.42 
 
 		 485 aa  375  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.05 
 
 		 480 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.45 
 
 		 522 aa  353  4e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  42.97 
 
 		 479 aa  352  8e-96  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 497 aa  260  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  33.08 
 
 		 497 aa  259  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 497 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 497 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  33.66 
 
 		 497 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  33.4 
 
 		 493 aa  256  6e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.25 
 
 		 489 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  32.5 
 
 		 497 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  33.27 
 
 		 489 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  33.08 
 
 		 497 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.52 
 
 		 511 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  36.05 
 
 		 480 aa  249  6e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  33.79 
 
 		 478 aa  249  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  36.73 
 
 		 454 aa  249  8e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  36.73 
 
 		 435 aa  247  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  31.25 
 
 		 501 aa  247  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.07 
 
 		 521 aa  247  3e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  36.73 
 
 		 435 aa  247  4e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.27 
 
 		 530 aa  247  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  36.73 
 
 		 435 aa  247  4e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5256  RNA polymerase factor sigma-54  36.73 
 
 		 435 aa  247  4e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.584318  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  36.73 
 
 		 435 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  36.73 
 
 		 435 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 502 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 502 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 502 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 502 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 513 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 513 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  29.76 
 
 		 513 aa  246  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  34 
 
 		 477 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  30.13 
 
 		 513 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  31.49 
 
 		 530 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  31.72 
 
 		 507 aa  244  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  36.19 
 
 		 435 aa  243  5e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  36.19 
 
 		 435 aa  243  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  32.82 
 
 		 511 aa  243  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  32.62 
 
 		 493 aa  243  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  30.83 
 
 		 501 aa  243  6e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  36.19 
 
 		 435 aa  243  6e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  32.14 
 
 		 515 aa  243  7.999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  33.8 
 
 		 477 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  33.8 
 
 		 477 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  33.8 
 
 		 477 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  36.66 
 
 		 435 aa  242  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  33.8 
 
 		 477 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 477 aa  242  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.59 
 
 		 497 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  32.18 
 
 		 508 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  30.83 
 
 		 501 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  31.06 
 
 		 501 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  30.83 
 
 		 498 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  30.83 
 
 		 498 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  31.34 
 
 		 482 aa  239  8e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  29.48 
 
 		 505 aa  239  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  31.56 
 
 		 464 aa  239  1e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  31.56 
 
 		 464 aa  238  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  30.64 
 
 		 501 aa  239  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  33.13 
 
 		 477 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  30.71 
 
 		 503 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  31.78 
 
 		 499 aa  238  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  238  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  33.2 
 
 		 477 aa  238  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.75 
 
 		 491 aa  237  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  237  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  32.62 
 
 		 492 aa  237  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  237  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.47 
 
 		 525 aa  237  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  29.21 
 
 		 503 aa  236  8e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  32.88 
 
 		 497 aa  236  8e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  30.52 
 
 		 503 aa  236  9e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.84 
 
 		 525 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  33 
 
 		 487 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.55 
 
 		 526 aa  236  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  31.61 
 
 		 478 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.6 
 
 		 477 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  32.79 
 
 		 477 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 505 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  32.87 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  32.87 
 
 		 489 aa  234  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  32.87 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.87 
 
 		 477 aa  233  7.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  32.35 
 
 		 491 aa  233  8.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>