279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1105 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1105  RNA polymerase sigma-54 factor  100 
 
 		 485 aa  986    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.642604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.06 
 
 		 486 aa  391  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3177  RNA polymerase, sigma-54 factor  46.12 
 
 		 483 aa  388  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0852  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.9 
 
 		 497 aa  380  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0403  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.42 
 
 		 488 aa  375  1e-103  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0631  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.83 
 
 		 483 aa  372  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0369917 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.6 
 
 		 522 aa  366  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02740  RNA polymerase  40.49 
 
 		 484 aa  367  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0329899  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1532  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  41.25 
 
 		 490 aa  365  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.89955 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2750  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.93 
 
 		 480 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.207691  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0789  hypothetical protein  41.55 
 
 		 479 aa  325  1e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.545015 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1207  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.27 
 
 		 482 aa  264  2e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0929  sigma-54 factor  37.15 
 
 		 480 aa  261  2e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  32.76 
 
 		 499 aa  252  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  33.92 
 
 		 497 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1116  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.4 
 
 		 484 aa  247  4e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  32.08 
 
 		 503 aa  246  6.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1440  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.13 
 
 		 482 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.830934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  33.92 
 
 		 497 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 502 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 502 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1176  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.28 
 
 		 489 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.720482  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 502 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 513 aa  243  5e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 502 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 513 aa  243  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  30.92 
 
 		 492 aa  243  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  30.15 
 
 		 513 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  31.78 
 
 		 493 aa  242  9e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  31.89 
 
 		 503 aa  242  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 513 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0781  sigma-54 factor  35.35 
 
 		 478 aa  242  1e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  33.6 
 
 		 487 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.79 
 
 		 477 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1547  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.19 
 
 		 484 aa  239  6.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.3 
 
 		 536 aa  238  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  31.72 
 
 		 498 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  31.29 
 
 		 501 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  31.72 
 
 		 498 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  32.31 
 
 		 501 aa  237  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  31.36 
 
 		 501 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.53 
 
 		 491 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  31.11 
 
 		 501 aa  236  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  33.53 
 
 		 490 aa  236  9e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 497 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  31.17 
 
 		 501 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 497 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 493 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  32.34 
 
 		 511 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  30.06 
 
 		 505 aa  234  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  31.23 
 
 		 508 aa  233  5e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 		 497 aa  233  6e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  32.43 
 
 		 497 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  32.34 
 
 		 489 aa  233  9e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.28 
 
 		 472 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  33.81 
 
 		 461 aa  232  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  32.3 
 
 		 511 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  33.13 
 
 		 474 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  31.84 
 
 		 507 aa  231  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  29.68 
 
 		 505 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  32.48 
 
 		 497 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.94 
 
 		 480 aa  230  4e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  32.82 
 
 		 500 aa  230  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  32.82 
 
 		 500 aa  230  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  31.69 
 
 		 505 aa  229  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.76 
 
 		 484 aa  228  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.41 
 
 		 476 aa  228  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  29.61 
 
 		 503 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.2 
 
 		 453 aa  228  2e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  34.31 
 
 		 497 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  31.85 
 
 		 482 aa  226  6e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  30.36 
 
 		 488 aa  226  6e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  31.84 
 
 		 497 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.31 
 
 		 477 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  32.53 
 
 		 477 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  32.07 
 
 		 477 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  30.72 
 
 		 481 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  31.12 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  31.12 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.07 
 
 		 475 aa  223  7e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.6 
 
 		 474 aa  223  9e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.17 
 
 		 479 aa  222  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  32.33 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  32.33 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  32.33 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  32.33 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  32.26 
 
 		 477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  29.53 
 
 		 481 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  32.07 
 
 		 477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  31.34 
 
 		 493 aa  221  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33 
 
 		 474 aa  219  7e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  32.06 
 
 		 478 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  31.9 
 
 		 477 aa  219  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  30.92 
 
 		 477 aa  219  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>