279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3938 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 472 aa  969    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  59.79 
 
 		 470 aa  569  1e-161  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  50.63 
 
 		 461 aa  477  1e-133  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  52.29 
 
 		 461 aa  474  1e-132  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.81 
 
 		 467 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.99 
 
 		 479 aa  428  1e-119  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  41.68 
 
 		 481 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  40.88 
 
 		 483 aa  373  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  40.34 
 
 		 485 aa  366  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  40.8 
 
 		 481 aa  360  2e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.26 
 
 		 482 aa  355  7.999999999999999e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40 
 
 		 453 aa  346  5e-94  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.72 
 
 		 515 aa  345  1e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.15 
 
 		 494 aa  344  2e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.14 
 
 		 477 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  37.38 
 
 		 501 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.13 
 
 		 515 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.14 
 
 		 479 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.92 
 
 		 480 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.18 
 
 		 501 aa  335  9e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.18 
 
 		 501 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.1 
 
 		 476 aa  330  4e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.47 
 
 		 488 aa  328  9e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.9 
 
 		 501 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1513  RNA polymerase factor sigma-54  36.4 
 
 		 461 aa  323  5e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 		 461 aa  323  5e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  37.42 
 
 		 477 aa  320  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15850  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.03 
 
 		 436 aa  320  5e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.08 
 
 		 474 aa  319  6e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 477 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 477 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 477 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 477 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  36.72 
 
 		 478 aa  318  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 477 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.46 
 
 		 475 aa  317  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  37.61 
 
 		 474 aa  316  6e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 507 aa  315  9.999999999999999e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  36.59 
 
 		 477 aa  313  5.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  36.17 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  36.17 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.17 
 
 		 477 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  35.97 
 
 		 477 aa  310  4e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.58 
 
 		 510 aa  309  5.9999999999999995e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 		 477 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  35.01 
 
 		 493 aa  308  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.36 
 
 		 474 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  35.6 
 
 		 482 aa  305  9.000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  35.55 
 
 		 477 aa  305  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.09 
 
 		 491 aa  304  3.0000000000000004e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.55 
 
 		 477 aa  303  5.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.55 
 
 		 477 aa  302  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.55 
 
 		 477 aa  302  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  35.44 
 
 		 489 aa  302  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  35.43 
 
 		 487 aa  301  2e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.06 
 
 		 520 aa  299  7e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  35.18 
 
 		 497 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2650  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.61 
 
 		 498 aa  298  2e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  35.48 
 
 		 489 aa  298  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  33.73 
 
 		 497 aa  298  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  35.14 
 
 		 491 aa  297  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  33.8 
 
 		 497 aa  296  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  37.26 
 
 		 437 aa  296  5e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000225777  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  33.47 
 
 		 464 aa  293  6e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.84 
 
 		 515 aa  293  6e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  36.87 
 
 		 484 aa  292  8e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  33.47 
 
 		 464 aa  292  1e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.03 
 
 		 505 aa  291  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  34.27 
 
 		 489 aa  290  4e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  32.8 
 
 		 497 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  33.66 
 
 		 511 aa  289  6e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  33.73 
 
 		 497 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 511 aa  289  9e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  34.23 
 
 		 543 aa  288  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  34.61 
 
 		 546 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 497 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 		 497 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.53 
 
 		 497 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  34.27 
 
 		 505 aa  287  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  33.68 
 
 		 489 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  35.56 
 
 		 504 aa  284  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 484 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  36.03 
 
 		 487 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  35.05 
 
 		 497 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  34.57 
 
 		 502 aa  282  8.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.05 
 
 		 497 aa  282  8.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  35.31 
 
 		 513 aa  281  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  33.95 
 
 		 478 aa  281  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.11 
 
 		 526 aa  281  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  33.87 
 
 		 493 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  35.21 
 
 		 500 aa  279  8e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  32.95 
 
 		 546 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 		 435 aa  278  1e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  34.29 
 
 		 497 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>