279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0427 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  71.55 
 
 		 474 aa  679    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  73.79 
 
 		 474 aa  731    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 477 aa  971    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  65.48 
 
 		 475 aa  639    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  78.83 
 
 		 476 aa  784    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  60.38 
 
 		 474 aa  591  1e-167  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.4 
 
 		 494 aa  451  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  47.24 
 
 		 481 aa  444  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  46.01 
 
 		 485 aa  442  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.39 
 
 		 480 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  45.94 
 
 		 501 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  46.83 
 
 		 481 aa  427  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  45.81 
 
 		 483 aa  426  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.74 
 
 		 501 aa  425  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.74 
 
 		 501 aa  426  1e-118  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.14 
 
 		 501 aa  420  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.33 
 
 		 482 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.25 
 
 		 515 aa  414  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.87 
 
 		 515 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.11 
 
 		 488 aa  406  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.71 
 
 		 479 aa  401  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  41.54 
 
 		 477 aa  351  1e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  39.87 
 
 		 477 aa  350  2e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.69 
 
 		 491 aa  347  3e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 		 477 aa  346  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 		 477 aa  346  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 		 477 aa  346  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 		 477 aa  346  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.88 
 
 		 510 aa  346  7e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  40.62 
 
 		 478 aa  345  8e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  41.61 
 
 		 477 aa  345  8e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 		 477 aa  345  8.999999999999999e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  41.46 
 
 		 477 aa  344  2e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.48 
 
 		 472 aa  344  2e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.77 
 
 		 505 aa  342  9e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  38.25 
 
 		 497 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  38.25 
 
 		 497 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 		 497 aa  339  8e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 		 507 aa  338  9.999999999999999e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  37.8 
 
 		 493 aa  338  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  39.49 
 
 		 511 aa  338  9.999999999999999e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  40.17 
 
 		 477 aa  336  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  37.65 
 
 		 497 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.6 
 
 		 489 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  37.45 
 
 		 497 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.2 
 
 		 497 aa  329  6e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.68 
 
 		 497 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.93 
 
 		 497 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.93 
 
 		 511 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  38.93 
 
 		 482 aa  327  3e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  37.15 
 
 		 505 aa  327  4.0000000000000003e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  326  6e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  38.7 
 
 		 487 aa  325  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  325  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  39.58 
 
 		 477 aa  325  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  39 
 
 		 491 aa  324  3e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  40.24 
 
 		 491 aa  322  8e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.8 
 
 		 497 aa  322  9.000000000000001e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  39.84 
 
 		 491 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.85 
 
 		 470 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  38.83 
 
 		 489 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  37.98 
 
 		 489 aa  322  9.999999999999999e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  40.04 
 
 		 491 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  40.44 
 
 		 491 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.47 
 
 		 479 aa  320  3.9999999999999996e-86  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  37.9 
 
 		 487 aa  318  2e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  39.96 
 
 		 492 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  38.82 
 
 		 508 aa  317  3e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  39.56 
 
 		 492 aa  316  6e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  39.56 
 
 		 492 aa  316  6e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  39.56 
 
 		 492 aa  316  6e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  39.84 
 
 		 491 aa  315  9e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  37.85 
 
 		 497 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  38.92 
 
 		 493 aa  314  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  39.16 
 
 		 492 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  37.45 
 
 		 488 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  39.24 
 
 		 497 aa  311  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  40.04 
 
 		 461 aa  311  2e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 493 aa  311  2e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  38.43 
 
 		 493 aa  310  4e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  38.3 
 
 		 461 aa  310  5e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  38.4 
 
 		 495 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  38.6 
 
 		 493 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  38.48 
 
 		 494 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  39.07 
 
 		 487 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  36.08 
 
 		 513 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.76 
 
 		 484 aa  303  5.000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  37.63 
 
 		 499 aa  302  8.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 		 513 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 		 513 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 		 502 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>