279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0506 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
480 aa  992    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.79 
 
 
501 aa  519  1e-146  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.79 
 
 
501 aa  518  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  52.79 
 
 
501 aa  520  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  51.86 
 
 
485 aa  514  1e-144  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  50.21 
 
 
481 aa  498  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.89 
 
 
501 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.4 
 
 
494 aa  499  1e-140  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  49.28 
 
 
481 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  50.83 
 
 
483 aa  488  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.6 
 
 
482 aa  476  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.77 
 
 
488 aa  468  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.14 
 
 
475 aa  455  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.98 
 
 
479 aa  457  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.64 
 
 
515 aa  451  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  47.62 
 
 
474 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.17 
 
 
474 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.68 
 
 
515 aa  442  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.71 
 
 
476 aa  438  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.98 
 
 
477 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.12 
 
 
474 aa  393  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.52 
 
 
510 aa  355  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.01 
 
 
470 aa  347  2e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  39.19 
 
 
461 aa  346  5e-94  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  39.27 
 
 
487 aa  343  5e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.92 
 
 
472 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  38.78 
 
 
461 aa  337  3.9999999999999995e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  38.62 
 
 
477 aa  333  4e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  37.79 
 
 
477 aa  332  1e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  38.52 
 
 
477 aa  332  1e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  331  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.66 
 
 
489 aa  330  4e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  36.44 
 
 
491 aa  329  5.0000000000000004e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  38 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 
477 aa  329  7e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  38 
 
 
477 aa  329  7e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.2 
 
 
477 aa  327  3e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  38.32 
 
 
477 aa  327  3e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  327  3e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
511 aa  327  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.19 
 
 
479 aa  325  9e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.6 
 
 
505 aa  325  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.79 
 
 
482 aa  324  2e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  38.12 
 
 
477 aa  322  7e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  37.8 
 
 
489 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  35.87 
 
 
497 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  38.56 
 
 
484 aa  320  3e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  35.37 
 
 
497 aa  320  3e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.47 
 
 
478 aa  319  7e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  37.13 
 
 
505 aa  318  1e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.41 
 
 
491 aa  318  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  36.94 
 
 
507 aa  318  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
500 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  36.09 
 
 
487 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  34.96 
 
 
497 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  34.76 
 
 
497 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  34.76 
 
 
497 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  33.94 
 
 
497 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  34.14 
 
 
511 aa  312  9e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  37.07 
 
 
493 aa  311  1e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  35.02 
 
 
489 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  35.08 
 
 
497 aa  310  5e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.09 
 
 
497 aa  310  5e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  36.68 
 
 
461 aa  309  8e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  36.83 
 
 
493 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  37.23 
 
 
492 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  37.04 
 
 
513 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.38 
 
 
526 aa  307  3e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  35.28 
 
 
546 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.03 
 
 
467 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 
497 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  36.7 
 
 
520 aa  306  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 
519 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  35.22 
 
 
545 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.63 
 
 
497 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  35.05 
 
 
546 aa  303  5.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 
508 aa  303  5.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  37.42 
 
 
493 aa  302  8.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.18 
 
 
484 aa  302  8.000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  38.23 
 
 
498 aa  302  1e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1513  RNA polymerase factor sigma-54  36.42 
 
 
461 aa  302  1e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  37.85 
 
 
491 aa  300  3e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  35.34 
 
 
488 aa  300  4e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2650  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.27 
 
 
498 aa  299  8e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.9 
 
 
525 aa  299  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  35.89 
 
 
499 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.59 
 
 
521 aa  298  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  37.45 
 
 
491 aa  297  2e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  37.35 
 
 
478 aa  298  2e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>