279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0173 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  80.55 
 
 
545 aa  888    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  84.43 
 
 
543 aa  923    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  78.38 
 
 
546 aa  846    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  79.75 
 
 
553 aa  905    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  77.9 
 
 
548 aa  832    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  78.16 
 
 
546 aa  851    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
546 aa  1108    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  59.89 
 
 
524 aa  600  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.49 
 
 
512 aa  587  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.52 
 
 
511 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.97 
 
 
520 aa  585  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.55 
 
 
526 aa  580  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  54.81 
 
 
513 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.58 
 
 
518 aa  568  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.44 
 
 
516 aa  565  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  58.41 
 
 
511 aa  568  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  58.22 
 
 
511 aa  566  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  55.47 
 
 
520 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.81 
 
 
503 aa  554  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  51.79 
 
 
513 aa  551  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  53.98 
 
 
519 aa  548  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  52.17 
 
 
500 aa  545  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  52.17 
 
 
500 aa  544  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.7 
 
 
515 aa  524  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  53.82 
 
 
504 aa  522  1e-147  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  51.88 
 
 
500 aa  511  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  51.59 
 
 
493 aa  510  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  54.18 
 
 
502 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  52.09 
 
 
482 aa  483  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.16 
 
 
528 aa  481  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  49.33 
 
 
507 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  49.62 
 
 
484 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  48.47 
 
 
498 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  44.05 
 
 
490 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.1 
 
 
510 aa  373  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  52.68 
 
 
458 aa  354  2e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  38.81 
 
 
511 aa  323  7e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  38.02 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  38.02 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  38.02 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  38.02 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  38.02 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  38.02 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  38.02 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  38.02 
 
 
477 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.36 
 
 
482 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.83 
 
 
477 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  37.64 
 
 
477 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  37.64 
 
 
477 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  37.64 
 
 
477 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  37.07 
 
 
477 aa  320  3.9999999999999996e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  37.64 
 
 
477 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  37.45 
 
 
477 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  37.36 
 
 
497 aa  316  6e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 
497 aa  316  6e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  37.64 
 
 
493 aa  315  9.999999999999999e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.49 
 
 
456 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  37.66 
 
 
507 aa  312  7.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.55 
 
 
497 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.59 
 
 
497 aa  312  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.55 
 
 
497 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.05 
 
 
505 aa  311  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.93 
 
 
466 aa  311  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  38.73 
 
 
493 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  38.14 
 
 
478 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  38.21 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  37.76 
 
 
477 aa  310  5e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  37.76 
 
 
477 aa  309  5.9999999999999995e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  37.76 
 
 
477 aa  309  5.9999999999999995e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  36.97 
 
 
497 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.05 
 
 
511 aa  309  8e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  36.59 
 
 
497 aa  309  8e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  37.83 
 
 
477 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  37.43 
 
 
492 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.02 
 
 
489 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  38.02 
 
 
477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 
499 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  39.35 
 
 
491 aa  305  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.48 
 
 
480 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  39.2 
 
 
501 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
501 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  37.57 
 
 
503 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  39.02 
 
 
501 aa  302  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.64 
 
 
477 aa  301  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  39.02 
 
 
498 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  39.02 
 
 
498 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  38.58 
 
 
489 aa  299  7e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 
497 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.33 
 
 
497 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  38.49 
 
 
501 aa  298  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.87 
 
 
505 aa  298  2e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  37.43 
 
 
488 aa  297  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  36.83 
 
 
485 aa  296  6e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  38.31 
 
 
505 aa  296  8e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  38.23 
 
 
501 aa  295  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  36.74 
 
 
508 aa  294  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 
505 aa  293  6e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  38.65 
 
 
497 aa  292  9e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  37.29 
 
 
513 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  37.08 
 
 
515 aa  291  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.181904 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>