279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2999 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
484 aa  969    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  61.79 
 
 
507 aa  591  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  56.2 
 
 
498 aa  515  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.42 
 
 
520 aa  473  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  50.75 
 
 
545 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  50.57 
 
 
546 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  49.81 
 
 
543 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  50.09 
 
 
553 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.37 
 
 
512 aa  448  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.87 
 
 
518 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  49.43 
 
 
546 aa  451  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  48.48 
 
 
500 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  48.48 
 
 
500 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  49.05 
 
 
546 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.39 
 
 
524 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.15 
 
 
516 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  49.22 
 
 
504 aa  440  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.58 
 
 
526 aa  440  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  48.15 
 
 
519 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  48.64 
 
 
520 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  47.85 
 
 
493 aa  435  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.05 
 
 
515 aa  433  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  48.1 
 
 
500 aa  434  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  46.65 
 
 
513 aa  434  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.12 
 
 
511 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  47.14 
 
 
513 aa  422  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.92 
 
 
503 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.81 
 
 
511 aa  418  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  48.33 
 
 
502 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  49.01 
 
 
511 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  56.15 
 
 
548 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.29 
 
 
528 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  47.25 
 
 
482 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  43.15 
 
 
490 aa  365  1e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  43.03 
 
 
458 aa  349  8e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.78 
 
 
510 aa  344  2e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  39.71 
 
 
481 aa  333  6e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.3 
 
 
480 aa  329  6e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  39.27 
 
 
483 aa  329  6e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.92 
 
 
497 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  39.35 
 
 
485 aa  325  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  37.95 
 
 
497 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.92 
 
 
497 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  38.49 
 
 
481 aa  322  8e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  38.55 
 
 
497 aa  322  8e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.96 
 
 
466 aa  322  9.999999999999999e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.08 
 
 
482 aa  320  3e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.33 
 
 
497 aa  320  5e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  38.11 
 
 
489 aa  319  9e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.99 
 
 
482 aa  317  2e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.29 
 
 
497 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  36.55 
 
 
497 aa  317  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.86 
 
 
479 aa  316  6e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.02 
 
 
511 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  38.43 
 
 
497 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  38.59 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  38.59 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  38.59 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  38.59 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  38.05 
 
 
477 aa  307  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  38.38 
 
 
477 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  39.34 
 
 
499 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.42 
 
 
494 aa  305  1.0000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.79 
 
 
515 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  38.98 
 
 
488 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.27 
 
 
505 aa  303  4.0000000000000003e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.68 
 
 
505 aa  303  5.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.04 
 
 
515 aa  302  8.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.3 
 
 
477 aa  302  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  37.09 
 
 
477 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  37.09 
 
 
477 aa  300  3e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  37.09 
 
 
477 aa  300  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  37.09 
 
 
477 aa  300  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  37.09 
 
 
477 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  37.09 
 
 
477 aa  300  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  37.09 
 
 
477 aa  300  3e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  37.09 
 
 
477 aa  300  3e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  38.76 
 
 
478 aa  300  4e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.38 
 
 
508 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  38.14 
 
 
477 aa  297  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
503 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.34 
 
 
474 aa  298  2e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 
511 aa  298  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.6 
 
 
477 aa  296  4e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  37.19 
 
 
477 aa  296  6e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.87 
 
 
472 aa  296  7e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  37.81 
 
 
477 aa  295  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  38.21 
 
 
503 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  36.57 
 
 
489 aa  295  1e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.75 
 
 
497 aa  295  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  35.51 
 
 
461 aa  295  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  38.48 
 
 
492 aa  294  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.51 
 
 
456 aa  294  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  35.47 
 
 
493 aa  293  3e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 
493 aa  293  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  40.08 
 
 
475 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  36.65 
 
 
502 aa  291  2e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.61 
 
 
467 aa  291  2e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.08 
 
 
475 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.63 
 
 
470 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>