279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1513 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1513  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 461 aa  922    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  96.31 
 
 		 461 aa  885    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.61 
 
 		 470 aa  344  2e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.4 
 
 		 472 aa  323  5e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  38.78 
 
 		 461 aa  320  5e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.32 
 
 		 479 aa  306  7e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.42 
 
 		 480 aa  302  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39 
 
 		 467 aa  294  2e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  34.81 
 
 		 461 aa  291  1e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.93 
 
 		 453 aa  288  2e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  32.72 
 
 		 485 aa  282  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  35.45 
 
 		 437 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000225777  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3140  RNA polymerase factor sigma-54  34.79 
 
 		 435 aa  273  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15850  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.93 
 
 		 436 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  34.71 
 
 		 481 aa  271  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34 
 
 		 494 aa  269  8e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  34.65 
 
 		 435 aa  264  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  34.43 
 
 		 435 aa  261  1e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.61 
 
 		 475 aa  262  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  35.23 
 
 		 483 aa  262  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  34.43 
 
 		 435 aa  261  1e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  32.67 
 
 		 501 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  34.43 
 
 		 435 aa  262  1e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  34.21 
 
 		 435 aa  261  2e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  34.21 
 
 		 435 aa  261  2e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  32.74 
 
 		 501 aa  260  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 		 454 aa  259  6e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  33.99 
 
 		 435 aa  259  7e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  32.67 
 
 		 501 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  32.67 
 
 		 501 aa  259  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  32.3 
 
 		 477 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5256  RNA polymerase factor sigma-54  34.21 
 
 		 435 aa  258  1e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.584318  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  32.3 
 
 		 477 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  32.3 
 
 		 477 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  32.3 
 
 		 477 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  32.3 
 
 		 477 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.95 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  36.17 
 
 		 474 aa  258  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  32.47 
 
 		 498 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  32.47 
 
 		 498 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.39 
 
 		 501 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  32.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  32.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  34.29 
 
 		 481 aa  257  3e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  32.08 
 
 		 501 aa  255  9e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.38 
 
 		 474 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  33.77 
 
 		 435 aa  254  3e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  31.62 
 
 		 502 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  31.62 
 
 		 502 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  31.62 
 
 		 513 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  31.62 
 
 		 513 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  31.62 
 
 		 502 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  31.62 
 
 		 502 aa  253  7e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  34.43 
 
 		 435 aa  253  7e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  31.33 
 
 		 477 aa  252  8.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  31.95 
 
 		 477 aa  252  8.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  30.91 
 
 		 477 aa  251  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  31.42 
 
 		 513 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  31.42 
 
 		 513 aa  251  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  33 
 
 		 501 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  32.02 
 
 		 478 aa  250  4e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.2 
 
 		 501 aa  250  4e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.12 
 
 		 515 aa  250  4e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.2 
 
 		 501 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.83 
 
 		 479 aa  250  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  32.26 
 
 		 493 aa  249  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.36 
 
 		 488 aa  248  1e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  31.41 
 
 		 499 aa  247  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.93 
 
 		 515 aa  246  8e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.42 
 
 		 482 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  31.31 
 
 		 503 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 		 492 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  31.24 
 
 		 505 aa  244  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  31.88 
 
 		 477 aa  243  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  32.26 
 
 		 489 aa  243  6e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  31.37 
 
 		 505 aa  243  6e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  33.81 
 
 		 487 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.19 
 
 		 489 aa  241  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  31.3 
 
 		 503 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  32.06 
 
 		 491 aa  241  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 503 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.98 
 
 		 505 aa  240  4e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  31.54 
 
 		 477 aa  240  5e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.14 
 
 		 510 aa  239  8e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  31.67 
 
 		 497 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  30.88 
 
 		 497 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  31.38 
 
 		 487 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0584  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.27 
 
 		 486 aa  234  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.64 
 
 		 477 aa  233  5e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.47 
 
 		 511 aa  233  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  233  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  31.12 
 
 		 477 aa  233  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  31.59 
 
 		 488 aa  233  7.000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>