279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_3334 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 510 aa  1046    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  43.53 
 
 		 482 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  41.59 
 
 		 507 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.75 
 
 		 477 aa  395  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  42.55 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  42.55 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  42.55 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  42.16 
 
 		 497 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  42.55 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  41.99 
 
 		 497 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  42.55 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  42.55 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  42.55 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  42.97 
 
 		 497 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  42.86 
 
 		 497 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  42.55 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  42.24 
 
 		 481 aa  389  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  42.35 
 
 		 497 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  42.63 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.49 
 
 		 520 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  42.63 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  41.76 
 
 		 497 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  41.97 
 
 		 511 aa  392  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  43.55 
 
 		 489 aa  391  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  42.63 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  42.86 
 
 		 489 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  42.35 
 
 		 497 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  41.93 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  41.1 
 
 		 511 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  42.29 
 
 		 489 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  42.8 
 
 		 491 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  42.13 
 
 		 477 aa  383  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  43.33 
 
 		 497 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.21 
 
 		 526 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  41.91 
 
 		 477 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  44.01 
 
 		 488 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  40.39 
 
 		 485 aa  381  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.88 
 
 		 494 aa  379  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 477 aa  381  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  40.93 
 
 		 508 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  40.67 
 
 		 483 aa  378  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  41.1 
 
 		 546 aa  378  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  40.66 
 
 		 481 aa  378  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  40.97 
 
 		 478 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.36 
 
 		 505 aa  376  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  43.11 
 
 		 487 aa  376  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  40.59 
 
 		 505 aa  373  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  41.26 
 
 		 477 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  41.81 
 
 		 543 aa  375  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  41.65 
 
 		 553 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  40.86 
 
 		 477 aa  375  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  39.73 
 
 		 487 aa  371  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  39.61 
 
 		 493 aa  372  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  43.74 
 
 		 502 aa  370  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.25 
 
 		 515 aa  371  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.15 
 
 		 491 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.21 
 
 		 524 aa  366  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  41.04 
 
 		 504 aa  368  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.4 
 
 		 512 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.54 
 
 		 482 aa  364  2e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  39.96 
 
 		 501 aa  362  6e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.52 
 
 		 480 aa  362  8e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.52 
 
 		 515 aa  362  9e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.96 
 
 		 501 aa  361  1e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.96 
 
 		 501 aa  362  1e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  41.85 
 
 		 493 aa  361  1e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.33 
 
 		 516 aa  362  1e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  43.16 
 
 		 493 aa  362  1e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.84 
 
 		 497 aa  360  4e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  40.26 
 
 		 545 aa  360  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.75 
 
 		 515 aa  359  5e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.86 
 
 		 484 aa  358  9e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  42.72 
 
 		 497 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.27 
 
 		 475 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  40.27 
 
 		 475 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  41.85 
 
 		 487 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.75 
 
 		 497 aa  355  1e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  41.93 
 
 		 492 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  39.48 
 
 		 546 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  41.65 
 
 		 493 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  41.93 
 
 		 492 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  41.93 
 
 		 492 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  41.93 
 
 		 492 aa  353  5e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  40.46 
 
 		 513 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42 
 
 		 518 aa  352  7e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.58 
 
 		 475 aa  352  1e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  41.94 
 
 		 491 aa  352  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  42.55 
 
 		 495 aa  351  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  41.75 
 
 		 491 aa  351  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42 
 
 		 511 aa  351  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  41.75 
 
 		 491 aa  350  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.57 
 
 		 479 aa  350  3e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.27 
 
 		 501 aa  350  4e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.07 
 
 		 503 aa  349  7e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  41.6 
 
 		 491 aa  349  8e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2226  sigma-54 RpoN  41.54 
 
 		 477 aa  348  1e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>