279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0192 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
515 aa  1058    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  55.35 
 
 
545 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.66 
 
 
520 aa  565  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  55.72 
 
 
543 aa  561  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  56.36 
 
 
504 aa  557  1e-157  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  53.39 
 
 
553 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  54.55 
 
 
546 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.65 
 
 
511 aa  548  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  54.99 
 
 
546 aa  550  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.73 
 
 
512 aa  546  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  55.22 
 
 
546 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  54.1 
 
 
513 aa  540  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  56.3 
 
 
524 aa  536  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.77 
 
 
511 aa  533  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.86 
 
 
518 aa  533  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.79 
 
 
526 aa  528  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  55.39 
 
 
511 aa  528  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  52.54 
 
 
520 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  53.02 
 
 
500 aa  523  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.83 
 
 
503 aa  521  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  51.31 
 
 
519 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  55.56 
 
 
502 aa  512  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  48.5 
 
 
513 aa  510  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.1 
 
 
516 aa  511  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  48.34 
 
 
500 aa  504  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  48.34 
 
 
500 aa  504  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  62.77 
 
 
548 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  49.33 
 
 
493 aa  491  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.09 
 
 
528 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  49.61 
 
 
507 aa  472  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  49.69 
 
 
482 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  48.73 
 
 
484 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  48.34 
 
 
498 aa  431  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  45.26 
 
 
458 aa  407  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  45.3 
 
 
490 aa  404  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.83 
 
 
510 aa  365  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  39.77 
 
 
482 aa  357  2.9999999999999997e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.98 
 
 
466 aa  342  8e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.83 
 
 
497 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  37.83 
 
 
497 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.83 
 
 
497 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  37.45 
 
 
497 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  37.57 
 
 
511 aa  332  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.26 
 
 
477 aa  331  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 
497 aa  331  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  39.22 
 
 
477 aa  330  4e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  39.06 
 
 
477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  39.06 
 
 
477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.07 
 
 
497 aa  329  6e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.91 
 
 
489 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
511 aa  327  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 
477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 
477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 
477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 
477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 
477 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.45 
 
 
493 aa  323  3e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  37.24 
 
 
497 aa  322  8e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  37.02 
 
 
505 aa  321  1.9999999999999998e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
478 aa  319  7e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  38.03 
 
 
481 aa  318  1e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  38.13 
 
 
477 aa  318  1e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  317  3e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  317  3e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.94 
 
 
497 aa  317  4e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  37.1 
 
 
497 aa  316  8e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.13 
 
 
456 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  36.59 
 
 
507 aa  311  1e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  38.09 
 
 
477 aa  311  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  37.82 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  37.82 
 
 
477 aa  310  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  37.82 
 
 
477 aa  310  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  37.76 
 
 
481 aa  310  4e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  37.86 
 
 
485 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  39.22 
 
 
499 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.84 
 
 
472 aa  306  6e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  38.55 
 
 
478 aa  306  7e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  37.82 
 
 
493 aa  306  8.000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.68 
 
 
480 aa  306  8.000000000000001e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  37.25 
 
 
488 aa  305  9.000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  38.46 
 
 
503 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.65 
 
 
508 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  37.67 
 
 
483 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  37.74 
 
 
492 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
487 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  38.85 
 
 
503 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  38.14 
 
 
508 aa  303  6.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.19 
 
 
497 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  37.03 
 
 
502 aa  301  1e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.19 
 
 
505 aa  300  4e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  37.55 
 
 
507 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.35 
 
 
491 aa  298  2e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  35.43 
 
 
501 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  38.17 
 
 
492 aa  297  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>