279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oant_0170 on replicon NC_009667
Organism: Ochrobactrum anthropi ATCC 49188



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  80.63 
 
 		 500 aa  825    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 513 aa  1044    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  80.82 
 
 		 500 aa  827    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  57.47 
 
 		 519 aa  598  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  57.69 
 
 		 520 aa  598  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  58.45 
 
 		 513 aa  597  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  55.12 
 
 		 493 aa  565  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  51.89 
 
 		 543 aa  553  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  50.37 
 
 		 545 aa  541  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  50.28 
 
 		 553 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  51.68 
 
 		 546 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  51.79 
 
 		 546 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.94 
 
 		 526 aa  537  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  51.12 
 
 		 546 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.45 
 
 		 520 aa  525  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.81 
 
 		 524 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.23 
 
 		 512 aa  519  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.23 
 
 		 516 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  48.72 
 
 		 548 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  53.46 
 
 		 482 aa  513  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.03 
 
 		 518 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.09 
 
 		 503 aa  495  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  49.32 
 
 		 500 aa  497  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.68 
 
 		 511 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50 
 
 		 511 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  50.68 
 
 		 511 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  49.51 
 
 		 504 aa  488  1e-137  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.04 
 
 		 528 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.41 
 
 		 515 aa  477  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  49.14 
 
 		 502 aa  466  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  47.52 
 
 		 507 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  46.65 
 
 		 484 aa  426  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  46.27 
 
 		 498 aa  417  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  44.09 
 
 		 490 aa  405  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  42.29 
 
 		 458 aa  388  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.55 
 
 		 466 aa  363  3e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.69 
 
 		 510 aa  331  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  37.77 
 
 		 497 aa  324  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  37.18 
 
 		 497 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  36.59 
 
 		 497 aa  315  9e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  36.59 
 
 		 497 aa  315  9e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  36.4 
 
 		 497 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 		 497 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.02 
 
 		 456 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  35.51 
 
 		 497 aa  311  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  36.4 
 
 		 489 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  35.63 
 
 		 511 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  37.38 
 
 		 497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.81 
 
 		 477 aa  307  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  35.6 
 
 		 493 aa  306  7e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  35.62 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  35.62 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  35.62 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  35.62 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  35.62 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  35.62 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  35.62 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  35.62 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  36.68 
 
 		 511 aa  304  3.0000000000000004e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  35.81 
 
 		 477 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  35.81 
 
 		 477 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  35.81 
 
 		 477 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  35.81 
 
 		 477 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  36.96 
 
 		 488 aa  303  6.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  35.56 
 
 		 482 aa  302  7.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  35.81 
 
 		 477 aa  302  8.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.06 
 
 		 497 aa  298  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.56 
 
 		 441 aa  297  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  36.52 
 
 		 477 aa  297  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  35.23 
 
 		 477 aa  297  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.42 
 
 		 497 aa  295  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  37.03 
 
 		 477 aa  295  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 477 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  35.35 
 
 		 502 aa  291  2e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  34.95 
 
 		 505 aa  291  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  37.23 
 
 		 493 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  35.28 
 
 		 478 aa  290  5.0000000000000004e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.25 
 
 		 477 aa  289  8e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.25 
 
 		 477 aa  289  9e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.25 
 
 		 477 aa  289  9e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  35.84 
 
 		 508 aa  288  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.03 
 
 		 477 aa  288  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  37.21 
 
 		 492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  36.92 
 
 		 505 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  35.18 
 
 		 507 aa  285  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  36.15 
 
 		 491 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.77 
 
 		 508 aa  283  4.0000000000000003e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  35.99 
 
 		 500 aa  282  9e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  35.07 
 
 		 485 aa  282  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  36.8 
 
 		 501 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  34.3 
 
 		 481 aa  280  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  35.2 
 
 		 489 aa  280  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  36.76 
 
 		 501 aa  280  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  36.66 
 
 		 501 aa  280  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  36.61 
 
 		 498 aa  279  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  36.61 
 
 		 498 aa  279  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  37.8 
 
 		 499 aa  279  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  36.56 
 
 		 478 aa  278  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  34.58 
 
 		 489 aa  278  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  36.19 
 
 		 503 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>