279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0338 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
458 aa  915    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  53.99 
 
 
490 aa  456  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  46.98 
 
 
500 aa  431  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  46.75 
 
 
504 aa  421  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.78 
 
 
512 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.06 
 
 
524 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.91 
 
 
520 aa  411  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  42.29 
 
 
513 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  44.22 
 
 
500 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  44.22 
 
 
500 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  44.86 
 
 
513 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.03 
 
 
503 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.46 
 
 
466 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.06 
 
 
511 aa  393  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.69 
 
 
516 aa  395  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  42.3 
 
 
519 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  46.15 
 
 
511 aa  385  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.66 
 
 
526 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  44.11 
 
 
493 aa  385  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  53.24 
 
 
546 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  52.39 
 
 
553 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  52.68 
 
 
546 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  52.96 
 
 
548 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  52.68 
 
 
546 aa  375  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.34 
 
 
518 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  44.67 
 
 
502 aa  372  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  51.83 
 
 
545 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  52.96 
 
 
543 aa  370  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.8 
 
 
511 aa  368  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  51.13 
 
 
520 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.11 
 
 
515 aa  363  4e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  48.56 
 
 
482 aa  362  6e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  43.03 
 
 
484 aa  356  3.9999999999999996e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  41.81 
 
 
507 aa  351  2e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  42.63 
 
 
498 aa  343  4e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.76 
 
 
528 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.01 
 
 
441 aa  300  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.58 
 
 
482 aa  286  5e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.27 
 
 
497 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.79 
 
 
510 aa  284  2.0000000000000002e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.27 
 
 
497 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  36.75 
 
 
497 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.48 
 
 
497 aa  282  9e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  37.07 
 
 
497 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 
497 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  36.87 
 
 
497 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  36.58 
 
 
477 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  36.58 
 
 
477 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  36.58 
 
 
477 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  36.58 
 
 
477 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  36.58 
 
 
477 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 
477 aa  279  8e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.67 
 
 
497 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.14 
 
 
489 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36 
 
 
477 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.67 
 
 
511 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  36 
 
 
477 aa  274  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
477 aa  274  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
477 aa  274  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
477 aa  274  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
477 aa  274  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  36 
 
 
477 aa  274  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  35.5 
 
 
508 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
477 aa  274  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
477 aa  274  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  36.62 
 
 
497 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.38 
 
 
456 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.32 
 
 
478 aa  273  5.000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  36.42 
 
 
477 aa  271  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.79 
 
 
438 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  38.51 
 
 
444 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  35.52 
 
 
477 aa  270  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.62 
 
 
472 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  35.19 
 
 
507 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  37.63 
 
 
492 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  35.14 
 
 
461 aa  268  2e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 
477 aa  266  5.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.16 
 
 
474 aa  266  7e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  37.6 
 
 
507 aa  266  7e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  34.26 
 
 
505 aa  266  8e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.88 
 
 
480 aa  265  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 
477 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 
477 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  33.87 
 
 
493 aa  264  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  35.73 
 
 
477 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  36.49 
 
 
493 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.25 
 
 
508 aa  262  8.999999999999999e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  36.79 
 
 
477 aa  262  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  37.18 
 
 
499 aa  261  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.5 
 
 
453 aa  261  2e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  38.22 
 
 
478 aa  260  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  34.64 
 
 
511 aa  260  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  34.64 
 
 
485 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  34.99 
 
 
487 aa  258  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  36.53 
 
 
488 aa  258  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  36.03 
 
 
489 aa  257  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  35.07 
 
 
474 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  33.33 
 
 
500 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  34.64 
 
 
489 aa  254  3e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  35.8 
 
 
492 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>