278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0297 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 498 aa  996    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  59.25 
 
 		 507 aa  538  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  58.12 
 
 		 484 aa  520  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  46.33 
 
 		 545 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  46.86 
 
 		 546 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  47.5 
 
 		 543 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  48.47 
 
 		 546 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.95 
 
 		 516 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  46.48 
 
 		 546 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.22 
 
 		 524 aa  432  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  48.21 
 
 		 500 aa  432  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.34 
 
 		 526 aa  432  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  45.35 
 
 		 553 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.58 
 
 		 515 aa  429  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  47.49 
 
 		 500 aa  427  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.05 
 
 		 520 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  46.29 
 
 		 513 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  47.49 
 
 		 500 aa  427  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.03 
 
 		 512 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  48.64 
 
 		 519 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  46.81 
 
 		 493 aa  420  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  46.27 
 
 		 513 aa  417  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.22 
 
 		 511 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  47.77 
 
 		 520 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.04 
 
 		 518 aa  415  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  52.89 
 
 		 548 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  45.33 
 
 		 504 aa  407  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.3 
 
 		 528 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  48.25 
 
 		 511 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  49.4 
 
 		 502 aa  403  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.05 
 
 		 511 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.11 
 
 		 503 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  51.79 
 
 		 482 aa  371  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  43.6 
 
 		 490 aa  349  7e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  43.63 
 
 		 458 aa  340  2.9999999999999998e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.57 
 
 		 510 aa  326  6e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  38.87 
 
 		 482 aa  318  1e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.48 
 
 		 480 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.07 
 
 		 477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.71 
 
 		 466 aa  310  4e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  36.87 
 
 		 477 aa  309  9e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  36.87 
 
 		 477 aa  309  9e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  36.87 
 
 		 477 aa  309  9e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  36.87 
 
 		 477 aa  309  9e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  36.87 
 
 		 477 aa  309  9e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  36.87 
 
 		 477 aa  309  9e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  36.87 
 
 		 477 aa  309  9e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  36.87 
 
 		 477 aa  309  9e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  37.58 
 
 		 477 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  37.58 
 
 		 477 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  37.58 
 
 		 477 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.49 
 
 		 511 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  36.67 
 
 		 477 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  36.67 
 
 		 477 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  36.67 
 
 		 477 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  36.67 
 
 		 477 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  37.25 
 
 		 477 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  36.67 
 
 		 477 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.72 
 
 		 478 aa  301  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  36.9 
 
 		 477 aa  301  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  36.98 
 
 		 477 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  37.18 
 
 		 477 aa  301  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.17 
 
 		 497 aa  299  6e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.48 
 
 		 453 aa  298  2e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  36.69 
 
 		 497 aa  297  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  37.98 
 
 		 485 aa  296  7e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  38.37 
 
 		 493 aa  295  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.11 
 
 		 456 aa  295  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  37.3 
 
 		 481 aa  294  2e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 		 497 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  36.78 
 
 		 497 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  35.57 
 
 		 477 aa  294  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  36.61 
 
 		 497 aa  295  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  36.74 
 
 		 497 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.97 
 
 		 474 aa  293  4e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  37.13 
 
 		 502 aa  290  6e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.27 
 
 		 489 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.74 
 
 		 472 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.18 
 
 		 497 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  36.27 
 
 		 497 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  34.06 
 
 		 505 aa  288  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  36.24 
 
 		 511 aa  288  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  34.78 
 
 		 487 aa  286  5e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.28 
 
 		 505 aa  286  7e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  33.86 
 
 		 500 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.31 
 
 		 482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  37.9 
 
 		 503 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  34.39 
 
 		 493 aa  284  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 		 513 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  36.69 
 
 		 530 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  37.4 
 
 		 501 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.7 
 
 		 536 aa  282  8.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  36.65 
 
 		 513 aa  282  9e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  36.65 
 
 		 513 aa  282  9e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.95 
 
 		 497 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  37.08 
 
 		 498 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 		 501 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  37.08 
 
 		 498 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  36.45 
 
 		 513 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  37.4 
 
 		 501 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>